#bioinformatics

Referentie-genoomassemblages als een API — aangedreven door NCBI Assembly, het register van genoomversies voor organismen in de hele levensboom. Zoek assemblages op organisme (of vrije tekst) en raadpleeg de metadata van elke assemblage: de accession (GCF_… RefSeq of GCA_… GenBank), naam (bijv. GRCh38.p14), organisme en taxon-id, assemblage-niveau (volledig genoom, chromosoom, scaffold of contig), contiguïteitsstatistieken (contig- en scaffold-N50), sequentiedekking, RefSeq-categorie, UCSC- en Ensembl-namen, de indienende organisatie, releasedatum en FTP-downloadpaden. Van het menselijke referentiegenoom tot elk gesequenced microbe, plant of dier, het verandert het genoomassemblage-register in een schone zoek-en-haal API. Een genoomassemblage-register — te onderscheiden van sequentie (ENA), genoomannotatie (Ensembl), variant (ClinVar, dbVar) en genexpressie (GEO) databases. Open data van NCBI Assembly (publiek domein).

api.oanor.com/genomes-api

Functionele-genomica-experimenten als een API — aangedreven door NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), de grootste openbare repository van genexpressiegegevens. GEO archiveert expressieseries en samengestelde datasets van microarray- en high-throughput-sequencing-experimenten voor elk organisme. Zoek experimenten op trefwoord en optioneel op organisme, en raadpleeg elke serie of dataset om de metadata te krijgen: titel, samenvatting, assaytype (expressieprofilering door array of door sequencing), organisme, aantal monsters, platform en de publicatie erachter. Van β-celstressstudies tot kankertranscriptomics bij mens en muis, het verandert het GEO-archief in een eenvoudige zoek-en-ophaal-API voor transcriptomics, bio-informatica en onderzoeksgegevensontdekking. Een genexpressie / functionele-genomica-datasetrepository — te onderscheiden van sequentie- (ENA), variant- (ClinVar, dbVar), structuur- (PDB) en ontologiedatabases. Open data van NCBI GEO (publiek domein).

api.oanor.com/geodatasets-api

Menselijke genomische structurele variatie als een API — aangedreven door NCBI dbVar, het archief van structurele varianten (SVs): copy-number varianten (CNVs), grote deleties, duplicaties, inserties, inversies en translocaties, typisch groter dan 50 basenparen. Dit is de structurele tegenhanger van single-nucleotide variant databases: zoek naar structurele varianten die een gen overlappen (of via vrije tekst) en verkrijg de dbVar-accessie van elke variant, de studie waar deze vandaan komt, het type, de genen die het overlapt, de genomische plaatsing op GRCh38 en de klinische significantie; zoek vervolgens elke variant op voor het volledige record — plaatsingen op zowel GRCh37- als GRCh38-assemblages, varianttype, genen, klinische significantie, studietype, methoden en varianttellingen. Van BRCA1 CNVs tot Cri-du-chat deleties, het is ideaal voor genomica, cytogenetica, zeldzame ziekten en bioinformatica werk. Een structurele variatie / CNV-bron — anders dan klinische single-nucleotide variant interpretatie (ClinVar), populatie allelfrequenties (gnomAD) en eigenschapsassociaties (GWAS). Open data van NCBI dbVar (publiek domein).

api.oanor.com/dbvar-api

Eiwit-eiwit interactienetwerken als een API — aangedreven door STRING, de database van bekende en voorspelde eiwitassociaties die bewijs uit laboratoriumexperimenten, samengestelde pathway-databases, gen-co-expressie, genomische context en geautomatiseerde tekstmining combineert in één betrouwbaarheidsscore, voor duizenden organismen. Verkrijg de top interactiepartners van een eiwit (elk met de gecombineerde betrouwbaarheidsscore en de zeven bewijskanaal-subscores), het interactienetwerk tussen een willekeurige set eiwitten als gescoorde randen, en functionele verrijking voor een genset — de oververtegenwoordigde GO-termen, KEGG-pathways, Pfam-domeinen en meer, elk met zijn p-waarde, FDR en lidgenen. Geef gensymbolen (TP53) of STRING/Ensembl-id's, voor menselijk (standaard) of elke soort via NCBI-taxon-id. Het is een hoeksteen van systeembiologie — ideaal voor netwerkanalyse, functionele genomica, pathway- en bioinformatica-tools. Een eiwit-interactienetwerk-bron — onderscheiden van biologische pathways (Reactome), samengestelde eiwitcomplexen (Complex Portal) en Gene Ontology-annotaties (QuickGO). Open data van STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

Polygene (risico)scores als een API — mogelijk gemaakt door de NHGRI-EBI PGS Catalogus, de open database van gepubliceerde polygene scores: gewogen combinaties van genetische varianten die worden gebruikt om de genetische aanleg van een persoon voor een eigenschap of ziekte te schatten. Zoek eigenschappen op naam om hun ontologie-ID's te vinden, vermeld elke polygene score die voor een eigenschap is ontwikkeld, en lees de volledige metadata van een score — de gerapporteerde en in kaart gebrachte (EFO/MONDO) eigenschappen, het aantal varianten in de score, de ontwikkelingsmethode, genoomassemblage, de voorouderverdeling van de monsters waarop het is gebouwd en geëvalueerd, de publicatie erachter (titel, tijdschrift, datum, PubMed-ID), de releasedatum, licentie en een directe link naar het scorebestand. Van borstkanker en coronaire hartziekte tot diabetes type 2 en BMI, het is ideaal voor statistische genetica, genomica, risicovoorspellingsonderzoek en bioinformatica-tools. Een polygene-score / genetische-risicovoorspellingsbron — verschillend van studies naar enkelvoudige variantassociaties (GWAS Catalogus), populatie-allelfrequenties (gnomAD) en klinische variantinterpretatie (ClinVar). Open data van de NHGRI-EBI PGS Catalogus (CC BY 4.0).

api.oanor.com/pgs-api

Genfunctie als API — aangedreven door EMBL-EBI's QuickGO en de Gene Ontology (GO), de standaard vocabulaire die beschrijft wat genproducten doen over drie aspecten: moleculaire functie, biologisch proces en cellulaire component. Gegeven een gen of eiwit (een UniProt-accessie), vermeld elke GO-annotatie die ervoor is gemaakt — de GO-term, het aspect, de kwalificatie, de bewijscode, de ondersteunende referentie (bijv. een PubMed-id), het organisme en wie het heeft toegewezen — optioneel gefilterd op aspect of organisme. Zoek elke GO-term op om de definitie, het aspect, synoniemen en het aantal kindtermen te krijgen; en doorzoek de ontologie op naam om de juiste GO-termen te vinden. GO-termnamen worden automatisch opgelost bij annotaties. Van TP53 tot elk eiwit in elke soort, het is de ruggengraat van functionele genomica — ideaal voor verrijkingsanalyse, annotatiepijplijnen, bio-informatica en onderzoekstools. Een gen-functieannotatiebron (welke genen welke functies hebben, met bewijs) — anders dan generieke ontologie-termopzoekingen. Open data van EMBL-EBI QuickGO en het GO Consortium (CC BY 4.0).

api.oanor.com/quickgo-api

Menselijke genetische eigenschapsassociaties als een API — aangedreven door de NHGRI-EBI GWAS Catalog, de samengestelde referentie van gepubliceerde genoomwijde associatiestudies. Het beantwoordt de kernvraag van statistische genetica: welke genetische varianten (SNP's) zijn geassocieerd met welke eigenschappen en ziekten, en hoe sterk. Zoek een SNP op om de functionele klasse, genomische locatie en in kaart gebrachte genen te krijgen; haal elke eigenschapsassociatie op die ervoor is gerapporteerd — de eigenschap, p-waarde, effectgrootte (odds ratio of bèta), risico-allel en frequentie, en door de auteur gerapporteerde genen; en lees de studie achter het bewijs — eigenschap, steekproefgroottes, afkomsten, genotyperingstechnologie en de publicatie (PubMed-id, auteurs, tijdschrift, datum). Van diabetes type 2 en de ziekte van Crohn tot systemische lupus erythematosus en honderdduizenden associaties, het is ideaal voor genomics, bio-informatica, statistische genetica en biomedische onderzoeksinstrumenten. Een gepubliceerde genetische-associatie-evidentiebasis — anders dan populatie-allelfrequenties (gnomAD), klinische variantinterpretatie (ClinVar) en genoomannotatie (Ensembl). Open data van de NHGRI-EBI GWAS Catalog (EMBL-EBI).

api.oanor.com/gwas-api

BioSamples als API, aangedreven door EMBL-EBI — de database die de metadata van biologische monsters opslaat en koppelt, de fysieke specimens achter biologische experimenten. Een monster in BioSamples heeft een stabiele toegang (zoals SAMEA3231268) en een rijke set kenmerken — organisme, weefsel of orgaandeel, celtype, geslacht, ziekte, ontwikkelingsstadium, stam en alle door de indiener verstrekte attributen — en wordt gerefereerd door andere EBI-archieven, waaronder het European Nucleotide Archive (ENA), ArrayExpress en PRIDE. /v1/search?q=liver doorzoekt monsters op vrije tekst en retourneert de toegang, naam, organisme en releasedatum van elke overeenkomst. /v1/sample?id=SAMEA3231268 retourneert de metadata van een monster — de toegang, naam, NCBI-taxon-id, organisme, release- en updatedatums, het aantal relaties met andere monsters, en de kenmerken afgevlakt tot een schone sleutel→waarde-kaart. Toegangen zien eruit als SAMEA…, SAMN… of SAMD…; haal er een uit het zoekendpoint. Ideaal voor levenswetenschappelijke data-integratie, monstertracking, metadata-harmonisatie en het koppelen van sequencing- of expressiegegevens terug naar het oorspronkelijke specimen. Gegevens van EMBL-EBI BioSamples (openbaar). Dit is een biologisch-monster-metadataregister — te onderscheiden van studie- (BioStudies), sequentie- (ENA), variant- (ClinVar) en structuurdatabases.

api.oanor.com/biosamples-api

BioStudies als API, aangedreven door EMBL-EBI — de database die de beschrijvingen van biologische studies bevat en hun gegevens verbindt over EBI-bronnen heen, waaronder beeldvorming (BioImage Archive), functionele genomica (ArrayExpress), proteomics en de literatuur (Europe PMC). Elke studie heeft een accession, een titel en samenvatting, de collectie waartoe het behoort en links naar de onderliggende gegevens en publicaties. /v1/search?query=covid doorzoekt de studies en retourneert de accession (bijv. S-EPMC8017430), titel, auteur, studietype, releasedatum en link/bestandtellingen van elke overeenkomst. /v1/study?id=S-EPMC8017430 retourneert de metadata van een studie — de accession, de collectie waartoe het behoort (zoals EuropePMC, ArrayExpress of BioImages), titel, samenvatting, releasedatum, auteurs en het aantal gekoppelde bronnen. Accessions zien eruit als S-EPMC8017430 of S-BSST123; haal er een uit het zoekendpoint. Ideaal voor onderzoeksgegevensontdekking, het koppelen van literatuur aan de onderliggende datasets, systematische reviews en reproduceerbaarheidstools. Gegevens van EMBL-EBI BioStudies (openbaar). Dit is een index van studies en datasets metadata — verschillend van de sequentie- (UniProt, ENA), structuur- (PDB, EMDB), variant- (ClinVar) en ontologiedatabases.

api.oanor.com/biostudies-api

De Electron Microscopy Data Bank (EMDB) als API, aangedreven door EMBL-EBI — het openbare archief van driedimensionale elektronenmicroscopie-dichtheidskaarten van eiwitten, nucleïnezuren en grote macromoleculaire complexen. EMDB is de elektronenmicroscopie-tegenhanger van de Protein Data Bank, met kaarten opgelost door single-particle cryo-EM, elektronentomografie en elektronenkristallografie, de techniek achter de recente 'resolutie-revolutie' in de structurele biologie. /v1/search?q=ribosome doorzoekt het archief en retourneert voor elke overeenkomende vermelding de EMDB-id (bijv. EMD-1010), titel, elektronenmicroscopiemethode en resolutie in ångström. /v1/entry?id=EMD-1010 retourneert de metadata van een vermelding — de titel, de EM-methode (single particle, tomografie, …), de aggregatietoestand, de resolutie, het bestudeerde biologische monster, classificatie-sleutelwoorden, de datums van deponering, kaartpublicatie en laatste update, en de indienende auteurs. EMDB-ids zien eruit als EMD-1010, en u kunt alleen het nummer doorgeven. Ideaal voor structurele-biologie- en cryo-EM-tools, structuurvergelijking- en visualisatie-apps, en onderwijs. Gegevens van EMBL-EBI EMDB (publiek domein). Dit is het archief van experimentele elektronenmicroscopie-KAARTEN — te onderscheiden van atomaire-coördinaatstructuren (de PDB), voorspelde structuren (AlphaFold) en eiwitsequentiedatabases (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

BioModels als API, aangedreven door EMBL-EBI — 's werelds grootste repository van gecureerde, gepubliceerde wiskundige modellen van biologische systemen. BioModels verzamelt computationele modellen (meestal in SBML, de Systems Biology Markup Language) van metabolisme, celsignalering, genregulatienetwerken, de celcyclus, ziekteprocessen en fysiologie, elk gekoppeld aan de peer-reviewed publicatie waaruit het afkomstig is. /v1/search?query=glycolysis doorzoekt de repository en retourneert voor elk overeenkomend model de id (zoals BIOMD0000000012), naam, formaat, indiener en inzendings-/wijzigingsdatums. /v1/model?id=BIOMD0000000012 retourneert de metadata van een model — de naam en beschrijving, het coderingsformaat, de modelleringsaanpak (bijv. gewone differentiaalvergelijkingmodel), de curatiestatus, de publicatie erachter (titel, tijdschrift, jaar, auteurs) en de modelbestanden. Model-ID's zien eruit als BIOMD0000000012 voor gecureerde modellen of MODEL1234567890 voor niet-gecureerde inzendingen; haal ze op uit het zoekendpoint. Ideaal voor systeembiologie- en computationele modelleringstools, reproduceerbaar onderzoek en modelhergebruikworkflows, en onderwijs. Gegevens van EMBL-EBI BioModels (CC0). Dit is een systeembiologie-/computationeel-modelrepository — te onderscheiden van sequentie- (UniProt, ENA), structuur- (PDB, AlphaFold), pathway- en variantdatabases (ClinVar).

api.oanor.com/biomodels-api

De UCSC Genome Browser als API — referentiegenoomgegevens voor honderden soorten, van de gerenommeerde UCSC Genome Browser aan UC Santa Cruz. /v1/genomes toont de 220+ genoomassemblages die UCSC host, elk met zijn assemblage-ID (zoals hg38 voor mens, mm39 voor muis, danRer11 voor zebravis), organisme, beschrijving en gegevensbron. /v1/chromosomes?genome=hg38 retourneert de chromosomen en sequenties van een assemblage met hun grootte in basenparen, grootste eerst. /v1/sequence?genome=hg38&chrom=chrM&start=0&end=100 haalt de ruwe DNA-sequentie op van elk genomisch gebied (0-gebaseerde start, half-open einde; gebieden zijn beperkt tot 100.000 basen per aanroep). Assemblage-ID's komen van /v1/genomes en chromosoomnamen zien eruit als chr1, chrX of chrM. Ideaal voor bioinformatica-pijplijnen, genoomvisualisatie- en primerontwerptools, regio- en sequentieopzoekingen, vergelijkende genomica en onderwijs. Gegevens van de UCSC Genome Browser (gratis voor academisch, non-profit en persoonlijk gebruik). Dit is de genoomassemblages en ruwe referentiesequentie van de browser — te onderscheiden van gen-annotatie- en eiwitsequentiedatabases zoals Ensembl, UniProt en ENA.

api.oanor.com/ucsc-api

ClinVar als API, aangedreven door de US National Library of Medicine via NCBI E-utilities. ClinVar is het openbare archief van de relaties tussen menselijke genetische varianten en gezondheid, waarbij de klinische betekenis (interpretatie) van elke variant wordt vastgelegd — of deze pathogeen, waarschijnlijk pathogeen, van onzekere betekenis, waarschijnlijk goedaardig of goedaardig is — samen met de aandoeningen waarmee deze geassocieerd is. /v1/search?gene=BRCA1 doorzoekt ClinVar op gensymbool, of op vrije tekst met q= (bijv. een ziekte of HGVS-expressie), en retourneert het totale aantal overeenkomende varianten en een lijst met ClinVar-variant-ID's. /v1/variant?id=4852102 retourneert een samenvatting van een variant: de ClinVar-toegang (VCV…), titel, varianttype, de variant- en cDNA-namen, de klinische classificatie en beoordelingsstatus, de geassocieerde aandoening(en), het/de gen(en) en primaire gen, het chromosoom en de locatie, de eiwitverandering en de moleculaire consequentie, plus een link naar de ClinVar-record. Haal een variant-ID op van /v1/search en haal vervolgens de details op. Ideaal voor klinisch-genomische en variant-annotatiepijplijnen, zeldzame-ziekte- en genetische-counselingtools, en onderzoeksdashboards. Gegevens van NCBI ClinVar (publiek domein). Dit is klinische variantinterpretatie — anders dan populatie-allelfrequentiedatabases (zoals gnomAD) en eiwit-/sequentiedatabases. Houd verzoekfrequenties bescheiden onder NCBI fair-use.

api.oanor.com/clinvar-api

Het European Nucleotide Archive (ENA) als API, aangedreven door EMBL-EBI — een van de drie INSDC-partners naast NCBI GenBank en DDBJ, en het uitgebreide openbare archief van 's werelds nucleotidesequentiegegevens. ENA bevat ruwe sequencing-reads, geassembleerde en geannoteerde genomen, individuele sequenties, biologische monsters en de studies erachter, voor elk domein van het leven — de ruggengraatbron voor genomica, microbiologie, ecologie, evolutie en klinisch onderzoek. Deze API biedt een heldere driestappenworkflow over dat archief. Eerst lost /v1/taxon een organismenaam (bijv. "Homo sapiens") op naar zijn NCBI-taxon-id, wetenschappelijke naam, taxonomische rang en volledige afstamming — of zoekt een taxon direct op via id. Vervolgens doorzoekt /v1/search het archief naar records van dat taxon van een gekozen type: genoomassemblages (met assemblagenaam, niveau en basistelling), sequencing-runs (met platform, instrument en leestellingen), biologische monsters (met verzamelingsdatum en land), geannoteerde sequenties, leesexperimenten, analyses, coderende en niet-coderende sequenties, en studies — standaard inclusief alle afstammende taxa, of beperkt tot het exacte taxon. Ten slotte retourneert /v1/record een samenvatting voor elke ENA-accessie — assemblages (GCA_…), studies en projecten (PRJ…), monsters (SAM…/ERS…), sequencing-runs (ERR…/SRR…) en sequenties — met de titel, gegevenstype, taxon, wetenschappelijke naam, basis- en sequentietellingen en openbare status. Ideaal voor bioinformatica-pijplijnen, genoomgegevensontdekking, sequencing-metadata-oogst, biodiversiteits- en metagenomica-tooling, en reproduceerbaarheid van onderzoek. Taxon-id's zien eruit als 9606 (mens); accessies zoals GCA_000001405. Gegevens van EMBL-EBI ENA, een INSDC-archief, gratis te gebruiken.

api.oanor.com/ena-api

MGnify als API, aangedreven door EMBL-EBI — 's werelds grootste gratis bron voor de analyse en archivering van microbiomsequencinggegevens, en de metagenomische zuster van PRIDE (proteomics) en MetaboLights (metabolomics). MGnify bevat tienduizenden openbare metagenomische en metabarcodingstudies die het menselijke darmmicrobioom, mariene en zoetwateromgevingen, bodems, afvalwater, de gebouwde omgeving en gastheer-geassocieerde gemeenschappen omvatten. Doorzoek de studies op trefwoord en verkrijg de MGnify-toegang (MGYS...), naam, samenvatting, bioom, aantal monsters en het bronsequencing BioProject van elke studie; lees de volledige metadata van een studie, inclusief naam en samenvatting, bioomclassificatie, aantal monsters, indienend centrum, openbare status, gegevensherkomst en datum van laatste update; en blader door de GOLD-stijl bioomclassificatieboom — van root:Host-associated:Human:Digestive system tot root:Environmental:Aquatic:Marine — met per-bioom monster- en studietellingen, voor ontdekking per omgeving. Ideaal voor microbiom- en omgevingsgenomica-onderzoek, hergebruik van datasets en meta-analyse, bioinformatica-pijplijnen en onderwijs. Studie-toegangen zien eruit als MGYS00006862. Gegevens van EMBL-EBI MGnify.

api.oanor.com/mgnify-api

Cellosaurus als API, aangedreven door het SIB Swiss Institute of Bioinformatics — de referentie-encyclopedie van cellijnen die in biomedisch onderzoek worden gebruikt. Met meer dan 150.000 vermeldingen, variërend van kankercellijnen, hybridoma's, geïnduceerde pluripotente stamcellen en cellijnen van honderden soorten, is Cellosaurus de gezaghebbende catalogus die onderzoekers gebruiken om de cellijnen achter gepubliceerde experimenten te identificeren en te valideren. Doorzoek de cellijnen op naam of trefwoord en verkrijg de Cellosaurus-toegang (CVCL_…), naam, categorie, soort en ziekte van elke lijn; en lees het volledige record van een cellijn — de naam en synoniemen, categorie (bijv. kankercellijn, hybridoma, stamcel), soort met NCBI-taxonomie-id, geslacht, leeftijd, de ziekte waarvan het is afgeleid met NCIt/ontologie-identificatoren, het weefsel of anatomische plaats van herkomst, de oudercellijn en het aantal afgeleide dochtercellijnen, het aantal literatuurverwijzingen en de vele kruisverwijzingen (naar ATCC, DSMZ, ECACC, Wikidata en meer), relevante webpagina's, en — cruciaal voor reproduceerbaarheid van onderzoek — of de lijn is gemarkeerd als PROBLEMATISCH, wat betekent dat deze verkeerd is geïdentificeerd of kruisbesmet is, samen met de toelichtende notities. Ideaal voor laboratoriumkwaliteitscontrole en cellijnauthenticatie, biomedisch en kankeronderzoek, gegevenscuratie en reproduceerbaarheidscontroles. Toegangen zien eruit als CVCL_0030 (HeLa). Gegevens van Cellosaurus (CC-BY 4.0).

api.oanor.com/cellosaurus-api

De AlphaFold-eiwitstructuurdatabase als API, aangedreven door EMBL-EBI en Google DeepMind. AlphaFold voorspelt de driedimensionale structuur van een eiwit op basis van de aminozuursequentie met experimentele nauwkeurigheid, en de database bevat nu meer dan 200 miljoen eiwitten — bijna elke sequentie in UniProt. Zoek het AlphaFold-model voor elk eiwit op via de UniProt-toegangscode en verkrijg de gen- en eiwitbeschrijving, organisme en sequentielengte, modelversie en aanmaakdatum, de globale betrouwbaarheidsmaatstaf, de volledige aminozuursequentie en directe downloadlinks naar de voorspelde structuur als mmCIF, PDB en BinaryCIF samen met de Predicted Aligned Error (PAE)-plotafbeelding en -gegevens; en lees de structurele dekking van een eiwit — de voorspelde AlphaFold-modellen en eventuele gekoppelde structuren met hun aanbieder, modelcategorie, methode en het gedekte UniProt-residubereik. Ideaal voor structurele biologie, medicijnontdekking en doelwitevaluatie, eiwitengineering, moleculaire visualisatie en onderwijs. Eiwitten worden geïdentificeerd door UniProt-toegangscodes (bijvoorbeeld P00520 of P38398). Gegevens van de AlphaFold DB (CC-BY 4.0). Voor experimenteel bepaalde 3D-structuren, zie de PDB API, voor eiwitsequenties en functionele annotatie de UniProt API, en voor families en domeinen InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

De Complex Portal als API, mogelijk gemaakt door EMBL-EBI — een handmatig samengestelde, encyclopedische database van stabiele macromoleculaire complexen: assemblages van twee of meer eiwitten (en soms nucleïnezuren, liganden of kleine moleculen) die samenwerken als een enkele functionele eenheid, zoals ribosomen, proteasomen, RNA- en DNA-polymerasen, het spliceosoom, ademhalingsketencomplexen en duizenden andere in vele soorten. Zoek de complexen op trefwoord en optioneel op organisme, en verkrijg voor elk complex de Complex Portal-toegang (CPX-…), naam, organisme, beschrijving en of het computationeel voorspeld is; lees een volledig samengesteld record van een complex inclusief de aanbevolen en systematische namen, synoniemen, soort, biologische functie, de deelnemende subeenheden elk met hun molecuulidentificatie (bijvoorbeeld een UniProt-toegang) en stoichiometrie, eventuele geassocieerde liganden en ziekten, het bewijstype en kruisverwijzingen naar UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata en meer; en haal alleen de subeenheidsamenstelling van een complex op. Ideaal voor structurele en systeembiologie, pad- en netwerkanalyse, eiwitfunctieonderzoek en bioinformatica-pijplijnen. Complex-toegangen zien eruit als CPX-6036. Gegevens van EMBL-EBI Complex Portal (IMEx-consortium, CC-BY). Voor eiwit-eiwitinteractienetwerken zie de STRING API, voor eiwitsequenties UniProt, voor biologische routes Reactome en voor families en domeinen InterPro.

api.oanor.com/complexes-api

De Rfam-database van niet-coderende RNA-families als een API, mogelijk gemaakt door EMBL-EBI. Rfam groepeert functionele RNA's die een gemeenschappelijke evolutionaire oorsprong delen in families, elk gemodelleerd door een covariantiemodel gebouwd uit een samengestelde seed-uitlijning en secundaire structuur. Doorzoek de families op naam, beschrijving of RNA-type — riboswitches en andere cis-regulerende elementen, ribozymen, microRNA-families, ribosomaal RNA, transfer-RNA, kleine nucleaire en kleine nucleolaire RNA's, lange niet-coderende RNA's en CRISPR directe herhalingen — en verkrijg de Rfam-toegang, naam, beschrijving, RNA-type en curatoren van elke familie; lees het volledige record van een familie inclusief de beschrijving, RNA-type-classificatie, de curatoren die het hebben gebouwd, het aantal sequenties in de volledige en seed-uitlijningen, de structuurbron, de curatoropmerking, de clan (groep van verwante families) waartoe het behoort en de Rfam-release; en blader door de families op RNA-klasse. Ideaal voor RNA-biologie, bioinformatica-pijplijnen, niet-coderende RNA-annotatie, vergelijkende genomica en onderwijs. Familie-toegangen zien eruit als RF00005 (transfer-RNA). Gegevens van EMBL-EBI Rfam. Voor eiwitfamilies en -domeinen, zie de InterPro API, voor eiwitsequenties UniProt, voor proteomics-datasets PRIDE en voor metabolomics MetaboLights.

api.oanor.com/rfam-api

MetaboLights als API, aangedreven door EMBL-EBI — 's werelds belangrijkste open repository voor metabolomics-experimenten (NMR-spectroscopie en massaspectrometrie) en een zusterbron van PRIDE voor proteomics. Doorzoek de openbare metabolomics-studies op trefwoord (met terugkeer van elke studie's toegangscode, titel, beschrijving en organisme); lees de volledige metadata van een studie inclusief de samenvatting, status, inzendings- en releasedatums, studiedesign-beschrijvingen, experimentele factoren, de analytische assays met hun meettype, technologie en platform, de bijdragers en hun rollen, de gelinkte publicaties met DOI- en PubMed-identificaties, indieners, aantal monsters, FTP-download-URL en datalicentie; inspecteer de analytische workflow — elk protocol met zijn naam, type, beschrijving en parameters (monsterverzameling, extractie, chromatografie, NMR/MS-spectroscopie, datatransformatie en metabolietidentificatie); en vermeld de bestudeerde organismen en organismendelen met hun ontologieteremen. Ideaal voor metabolomics- en systeembiologie-onderzoek, hergebruik van datasets en meta-analyse, bioinformatica-pijplijnen en tools die experimenteel bewijs integreren. Studie-toegangscodes zien eruit als MTBLS1. Gegevens van EMBL-EBI MetaboLights.

api.oanor.com/metabolights-api

Het PRIDE-proteomicsarchief als API, aangedreven door het EMBL-EBI PRIDE Archive — 's werelds grootste openbare repository van massaspectrometrie-proteomicsgegevens en een oprichtend lid van ProteomeXchange. Doorzoek de openbare proteomics-experimenten op trefwoord (met terugkeer van elk project's toegangsnummer, titel, organismen, ziekten en instrumenten); lees de volledige metadata van een project inclusief de beschrijving, trefwoorden, organismen en orgaandelen, massaspectrometrie-instrumenten, software, de geïdentificeerde eiwitmodificaties, monster- en dataverwerkingsprotocollen, indieners, affiliaties en de gekoppelde publicatie (DOI en PubMed); toon de gegevensbestanden van een project met hun categorie, formaat, grootte en een directe downloadlink; en verken facetten — de ziekten, organismen, instrumenten, experimenttypen, software en landen die vertegenwoordigd zijn in overeenkomende projecten — voor ontdekking. Ideaal voor proteomics- en systeembiologieonderzoek, hergebruik van datasets en meta-analyse, bioinformatica-pijplijnen en tools die experimenteel bewijs integreren. Projecttoegangsnummers zien eruit als PXD000001. Gegevens van EMBL-EBI.

api.oanor.com/pride-api

Proteïnefamilies, domeinen en functionele sites als een API, aangedreven door de EBI InterPro-database. InterPro classificeert eiwitten in families en identificeert de domeinen, herhalingen en belangrijke sites die ze bevatten, door de voorspellende handtekeningen van vele lid-databases (Pfam, SMART, PROSITE, CDD, PANTHER, SUPERFAMILY, NCBIfam en meer) te combineren in één geïntegreerde bron. Zoek een InterPro-entry op — een familie, domein, herhaling, geconserveerde/bindende/actieve site of post-translationele modificatie — met de beschrijving, Gene Ontology-termen en de lid-database handtekeningen die het definiëren; doorzoek entries op naam en type; lees de metadata van een eiwit; en, het meest nuttig, toon de InterPro-entries die op een eiwit worden gevonden samen met hun start-eindposities, zodat je de domeinarchitectuur van een eiwit kunt zien. Ideaal voor eiwitannotatie en functievoorspelling, vergelijkende genomica, structurele biologie en bioinformatica-pijplijnen, en onderzoeks- en onderwijs-tools. Entry-id's zijn IPR gevolgd door zes cijfers; eiwit-id's zijn UniProt-toegangsnummers. Gegevens van EMBL-EBI.

api.oanor.com/interpro-api

Geneesmiddeldoelwit-ziekte-associaties als een API, aangedreven door het Open Targets Platform. Open Targets integreert menselijke genetica, genomica, transcriptomica, bekende geneesmiddelen, diermodellen en de wetenschappelijke literatuur om systematisch te scoren hoe sterk een doelwit (gen/eiwit) geassocieerd is met een ziekte — het bewijs dat ten grondslag ligt aan moderne geneesmiddelenontdekking. Zoek over doelwitten, ziekten en geneesmiddelen; lees een doelwit voor zijn goedgekeurde symbool, biotype, functie, genomische locatie en UniProt-IDs samen met de ziekten waarmee het het sterkst geassocieerd is en hun algemene associatiescores; lees een ziekte voor zijn beschrijving, therapeutische gebieden en de top geassocieerde doelwitten met scores; en lees een geneesmiddel voor zijn modaliteit, maximale klinische fase, handelsnamen, synoniemen en werkingsmechanismen. Ideaal voor geneesmiddelenontdekking en doelwitidentificatiepijplijnen, therapeutisch gebiedsonderzoek, biomedische datawetenschap en farmaceutische intelligentietools. Doelwit-IDs zijn Ensembl-gen-IDs, ziekte-IDs zijn EFO/MONDO/Orphanet-IDs, geneesmiddel-IDs zijn ChEMBL-IDs. Gegevens zijn open (CC0).

api.oanor.com/opentargets-api

De KEGG moleculaire database als een API, aangedreven door de officiële KEGG REST-service. KEGG (de Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) verbindt genomen, chemie en ziekte. Haal elk KEGG-item op geparseerd naar JSON — een metabolische verbinding, KEGG Orthology-groep (KO), enzym (EC-nummer), reactie, module, medicijn, ziekte, glycaan, gen of pathway-kaart; doorzoek elke KEGG-database op naam; vermeld de items van een database; kruisverwijs items tussen databases (een gen naar zijn pathways, een pathway naar zijn verbindingen, een enzym naar zijn reacties); en converteer KEGG-identificaties naar en van externe naamruimten (NCBI Gene/Protein, UniProt, ChEBI, PubChem). Ideaal voor systeembiologie- en metabolomics-pijplijnen, enzym- en orthologie-mapping, medicijn- en ziekteonderzoek, gen-naar-pathway-annotatie en bioinformatica-ID-conversie. KEGG-IDs hebben een lettervoorvoegsel (C verbinding, K orthologie, D medicijn, H ziekte, M module, R reactie, G glycaan) of zijn organisme-gecodeerd (hsa mens, eco E. coli).

api.oanor.com/kegg-api

Populatiegenetica als API, aangedreven door het Broad Institute's gnomAD (Genome Aggregation Database) — allelfrequenties en genconstraint geaggregeerd uit meer dan 800.000 menselijke exomen en genomen. Zoek de constraintscores van een gen (pLI, LOEUF, waargenomen versus verwacht verlies-van-functie, missense Z) en genomische locatie; verkrijg de allelfrequenties van een variant uitgesplitst naar afkomstpopulatie (Afrikaans/Afro-Amerikaans, Gemengd Amerikaans, Asjkenazisch Joods, Oost-Aziatisch, Fins, Niet-Fins Europees, Zuid-Aziatisch, Midden-Oosters…) in zowel genoom- als exoomcallsets, met rsID's, homozygoottellingen en voorspelde consequentie; zoek genen op symbool; lees de constraint van een transcript; en maak een lijst van de varianten in een klein genomisch gebied. Ondersteunt GRCh38 en GRCh37 en de gnomAD v4/v3/v2 datasets. Ideaal voor klinische en populatiegenetica, variantinterpretatie en -prioritering, onderzoek naar zeldzame ziekten en farmacogenomica, en bioinformatica-pijplijnen. Variant-ID's zijn chrom-pos-ref-alt.

api.oanor.com/gnomad-api

De STRING-eiwit-eiwitinteractiedatabase als een API — het samengestelde en voorspelde netwerk van functionele associaties tussen eiwitten, aangedreven door de officiële STRING API. Los gen- of eiwitnamen op naar STRING-identificatoren met annotaties; verkrijg de belangrijkste interactiepartners van een eiwit met een gecombineerde betrouwbaarheidsscore en bewijs per kanaal (experimenteel, samengestelde databases, co-expressie, text-mining, genfusie, nabuurschap en co-occurrence); bouw het interactienetwerk tussen een set eiwitten als gescoorde randen; voer functionele verrijking uit van een genset over Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro en meer met p-waarden en false-discovery rates; en score homologie tussen eiwitten. Bestrijkt 12.000+ organismen (standaard mens, NCBI taxon 9606). Ideaal voor systeembiologie- en netwerkbiologie-pijplijnen, genset- en pathway-analyse, geneesmiddeldoelwit- en ziektegenonderzoek, en bioinformatica-dashboards.

api.oanor.com/string-api

De Reactome pathway-kennisbank als API — de open, peer-reviewed database van biologische pathways en reacties, aangedreven door de officiële Reactome ContentService. Doorzoek de samengestelde archieven van pathways, reacties en moleculen; lees elke entiteit op basis van zijn Reactome stabiele ID (een pathway, reactie, complex of eiwit: naam, type, soort, compartimenten, samenvatting en ziekte-indicator); toon de gebeurtenissen (sub-pathways en reacties) in een pathway; toon de moleculen die deelnemen aan een pathway of reactie met hun referentie-identificatoren; verkrijg de top-level pathways voor elk modelorganisme; koppel een UniProt-eiwit aan de pathways waarin het deelneemt; en toon de ondersteunde soorten. Omvat mens en 15+ modelorganismen in metabolisme, signaaltransductie, celcyclus, immuunsysteem, ziekte en meer. Ideaal voor systeembiologie en bioinformatica-pijplijnen, pathway-verrijkings- en medicijndoelwit-tools, biomedische onderzoeksapps, lesmateriaal en levenswetenschap-chatbots.

api.oanor.com/reactome-api

De RCSB Protein Data Bank als API — 3D-macromoleculaire structuren van eiwitten, nucleïnezuren en complexen, aangedreven door de officiële RCSB PDB-gegevens en zoekdiensten. Haal een structuurinvoer op met de 4-karakter PDB-id voor de titel, experimentele methode (röntgen, cryo-EM, NMR), resolutie, trefwoorden, deponerings- en releasedatums, auteurs, primaire citatie en entiteit- & assemblage-aantallen; voer een full-text zoekopdracht uit over het hele archief die overeenkomende PDB-id's en het totale aantal hits retourneert; lees een polymeer-entiteit voor de eiwit- of nucleïnezuurnaam, één-letter sequentie, lengte, bronorganisme, ketens en gekoppelde UniProt-id's; lees een biologische assemblage voor de oligomere toestand, symmetrie en keten- & atoomtellingen; vermeld de liganden die in een structuur zijn gebonden met hun component-id's en namen; en zoek een chemische component (ligand) op code voor de formule, gewicht, SMILES en InChIKey. Ideaal voor structurele biologie en geneesmiddelenontdekkingstools, moleculaire viewers, bioinformatica-pijplijnen, onderwijsapps en onderzoeksdashboards.

api.oanor.com/pdb-api

De Ensembl-genoomdatabase als een API, aangedreven door de officiële Ensembl REST-service van EMBL-EBI. Zoek elk gen op via symbool of Ensembl stabiel ID voor zijn biotype, genomische locatie, streng, beschrijving en transcripten; los elk kenmerk (gen, transcript, exon) op via stabiel ID; haal externe database-verwijzingen op; haak sequentievarianten op via rsID met hun allelen, meest ernstige consequentie, frequentie van het minst voorkomende allel, klinische significantie en genomische mapping; maak een lijst van de genen, transcripten, exonen, variaties of herhalingen die overlappen met een genomische regio; verkrijg genomische, cDNA, CDS of eiwitsequenties via ID; en lees genoomassemblage-metadata inclusief het karyotype en chromosoomlengtes. Voor mens, muis en 300+ gewervelde soorten. Ideaal voor bioinformatica-pijplijnen, genoomviewers en variantannotatietools, genetisch onderzoeksapps, klinisch-genomische dashboards en levenswetenschap-chatbots.

api.oanor.com/ensembl-api

De UniProt-eiwitkennisdatabase als een API, aangedreven door de officiële UniProt REST-service, samengesteld door EMBL-EBI, SIB en PIR. Zoek elk eiwit op via zijn UniProt-toegangsnummer voor eiwit- en gennamen, organisme, lengte, massa, functie, trefwoorden, Gene Ontology (GO)-termen en gekoppelde PDB 3D-structuren; voer full-text eiwitzoekopdrachten uit, gefilterd op organisme (NCBI-taxon-id) en Swiss-Prot-beoordelingsstatus; haal aminozuursequenties op met FASTA, molecuulgewicht en CRC64-checksum; vermeld sequentiekenmerken zoals signaalpeptiden, ketens, domeinen, actieve en bindingsplaatsen, gemodificeerde residuen en natuurlijke varianten, met een uitsplitsing per type; los NCBI-taxonomieknooppunten op met hun volledige afstamming; en haal referentieproteomen op met eiwitaantallen en genoomassemblage-ID's. Over alle rijken van het leven, van mens tot bacterie. Ideaal voor bioinformatica-pijplijnen, geneesmiddelenontdekking en proteomicatools, sequentieanalyse-dashboards, academische onderzoeksapps en levenswetenschap-chatbots.

api.oanor.com/uniprot-api