#bioinformatics

Συναρμολογήσεις γονιδιώματος αναφοράς ως API — με τη δύναμη του NCBI Assembly, του καταλόγου γονιδιωματικών κατασκευών για οργανισμούς σε όλο το δέντρο της ζωής. Αναζητήστε συναρμολογήσεις ανά οργανισμό (ή ελεύθερο κείμενο) και δείτε τα μεταδεδομένα οποιασδήποτε συναρμολόγησης: την πρόσβασή της (GCF_… RefSeq ή GCA_… GenBank), το όνομα (π.χ. GRCh38.p14), τον οργανισμό και το αναγνωριστικό taxon, το επίπεδο συναρμολόγησης (πλήρες γονιδίωμα, χρωμόσωμα, σκαλωσιά ή contig), στατιστικά συνέχειας (N50 contig και scaffold), κάλυψη αλληλούχισης, κατηγορία RefSeq, ονόματα UCSC και Ensembl, τον οργανισμό υποβολής, ημερομηνία κυκλοφορίας και διαδρομές λήψης FTP. Από το ανθρώπινο γονιδίωμα αναφοράς έως οποιονδήποτε αλληλουχημένο μικροοργανισμό, φυτό ή ζώο, μετατρέπει τον κατάλογο συναρμολογήσεων γονιδιώματος σε ένα καθαρό API αναζήτησης και λήψης. Ένας κατάλογος συναρμολογήσεων γονιδιώματος — διακριτός από βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (ENA), γονιδιωματικής σχολιασμού (Ensembl), παραλλαγών (ClinVar, dbVar) και γονιδιακής έκφρασης (GEO). Ανοικτά δεδομένα από το NCBI Assembly (δημόσιος τομέας).

api.oanor.com/genomes-api

Πειράματα λειτουργικής γονιδιωματικής ως API — υποστηρίζεται από το NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), το μεγαλύτερο δημόσιο αποθετήριο δεδομένων γονιδιακής έκφρασης. Το GEO αρχειοθετεί σειρές έκφρασης και επιμελημένα σύνολα δεδομένων από πειράματα μικροσυστοιχιών και αλληλούχησης υψηλής απόδοσης σε κάθε οργανισμό. Αναζητήστε πειράματα με λέξη-κλειδί και προαιρετικά με οργανισμό, και αναζητήστε οποιαδήποτε σειρά ή σύνολο δεδομένων για να λάβετε τα μεταδεδομένα του: τίτλο, περίληψη, τύπο ανάλυσης (προφίλ έκφρασης με μικροσυστοιχία ή με αλληλούχηση), οργανισμό, αριθμό δειγμάτων, πλατφόρμα και τη δημοσίευση που το υποστηρίζει. Από μελέτες στρες β-κυττάρων έως μεταγραφομική καρκίνου σε άνθρωπο και ποντίκι, μετατρέπει το αρχείο GEO σε ένα απλό API αναζήτησης και ανάκτησης για μεταγραφομική, βιοπληροφορική και ανακάλυψη ερευνητικών δεδομένων. Ένα αποθετήριο συνόλων δεδομένων γονιδιακής έκφρασης / λειτουργικής γονιδιωματικής — διακριτό από βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (ENA), παραλλαγών (ClinVar, dbVar), δομής (PDB) και οντολογιών. Ανοικτά δεδομένα από το NCBI GEO (δημόσιος τομέας).

api.oanor.com/geodatasets-api

Ανθρώπινη γονιδιωματική δομική παραλλαγή ως API — υποστηρίζεται από το NCBI dbVar, το αρχείο δομικών παραλλαγών (SVs): παραλλαγές αριθμού αντιγράφων (CNVs), μεγάλες διαγραφές, διπλασιασμοί, ενθέσεις, αναστροφές και μετατοπίσεις, συνήθως μεγαλύτερες από 50 ζεύγη βάσεων. Αυτό είναι το δομικό αντίστοιχο των βάσεων δεδομένων παραλλαγών μονού νουκλεοτιδίου: αναζητήστε δομικές παραλλαγές που επικαλύπτουν ένα γονίδιο (ή με ελεύθερο κείμενο) και λάβετε την πρόσβαση dbVar κάθε παραλλαγής, τη μελέτη από την οποία προήλθε, τον τύπο της, τα γονίδια που επικαλύπτει, τη γονιδιωματική της θέση στο GRCh38 και την κλινική της σημασία· στη συνέχεια, αναζητήστε οποιαδήποτε παραλλαγή για το πλήρες αρχείο — θέσεις και στα δύο συναρμολογήματα GRCh37 και GRCh38, τύπο παραλλαγής, γονίδια, κλινική σημασία, τύπο μελέτης, μεθόδους και αριθμούς παραλλαγών. Από CNVs BRCA1 έως διαγραφές Cri-du-chat, είναι ιδανικό για εργασίες γονιδιωματικής, κυτταρογενετικής, σπάνιων ασθενειών και βιοπληροφορικής. Ένας πόρος δομικής παραλλαγής / CNV — διακριτός από την ερμηνεία κλινικών παραλλαγών μονού νουκλεοτιδίου (ClinVar), τις συχνότητες αλληλόμορφων πληθυσμού (gnomAD) και τις συσχετίσεις χαρακτηριστικών (GWAS). Ανοικτά δεδομένα από το NCBI dbVar (δημόσιος τομέας).

api.oanor.com/dbvar-api

Δίκτυα αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης-πρωτεΐνης ως API — υποστηρίζεται από το STRING, τη βάση δεδομένων γνωστών και προβλεπόμενων συσχετίσεων πρωτεϊνών που συνδυάζει στοιχεία από εργαστηριακά πειράματα, επιμελημένες βάσεις δεδομένων μονοπατιών, γονιδιακή συνεκφραση, γονιδιωματικό πλαίσιο και αυτοματοποιημένη εξόρυξη κειμένου σε μια ενιαία βαθμολογία εμπιστοσύνης, σε χιλιάδες οργανισμούς. Λάβετε τους κορυφαίους συνεργάτες αλληλεπίδρασης μιας πρωτεΐνης (καθένας με τη συνδυασμένη βαθμολογία εμπιστοσύνης και τις επτά υποβαθμολογίες καναλιών απόδειξης), το δίκτυο αλληλεπίδρασης μεταξύ οποιουδήποτε συνόλου πρωτεϊνών ως βαθμολογημένες ακμές και λειτουργικό εμπλουτισμό για ένα σύνολο γονιδίων — τους υπερ-αντιπροσωπευόμενους όρους GO, μονοπάτια KEGG, τομείς Pfam και άλλα, το καθένα με την p-τιμή, το FDR και τα μέλη γονίδιά του. Περάστε σύμβολα γονιδίων (TP53) ή αναγνωριστικά STRING/Ensembl, για άνθρωπο (προεπιλογή) ή οποιοδήποτε είδος με αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI. Είναι ακρογωνιαίος λίθος της συστημικής βιολογίας — ιδανικό για ανάλυση δικτύων, λειτουργική γονιδιωματική, μονοπάτια και εργαλεία βιοπληροφορικής. Ένας πόρος δικτύου αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών — διακριτός από βιολογικά μονοπάτια (Reactome), επιμελημένα σύμπλοκα πρωτεϊνών (Complex Portal) και σχολιασμούς Γονιδιακής Οντολογίας (QuickGO). Ανοιχτά δεδομένα από το STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

Πολυγονικές (επικινδυνότητας) βαθμολογίες ως API — υποστηριζόμενες από το NHGRI-EBI PGS Catalog, την ανοιχτή βάση δεδομένων δημοσιευμένων πολυγονικών βαθμολογιών: σταθμισμένοι συνδυασμοί γενετικών παραλλαγών που χρησιμοποιούνται για την εκτίμηση της γενετικής προδιάθεσης ενός ατόμου σε ένα χαρακτηριστικό ή μια ασθένεια. Αναζητήστε χαρακτηριστικά με όνομα για να βρείτε τα αναγνωριστικά οντολογίας τους, καταγράψτε κάθε πολυγονική βαθμολογία που έχει αναπτυχθεί για ένα χαρακτηριστικό και διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα μιας βαθμολογίας — τα αναφερόμενα και αντιστοιχισμένα (EFO/MONDO) χαρακτηριστικά, τον αριθμό των παραλλαγών στη βαθμολογία, τη μέθοδο ανάπτυξης, την έκδοση γονιδιώματος, την κατανομή καταγωγής των δειγμάτων στα οποία βασίστηκε και αξιολογήθηκε, τη δημοσίευση πίσω από αυτήν (τίτλος, περιοδικό, ημερομηνία, αναγνωριστικό PubMed), την ημερομηνία κυκλοφορίας, την άδεια χρήσης και έναν άμεσο σύνδεσμο προς το αρχείο βαθμολόγησης. Από τον καρκίνο του μαστού και τη στεφανιαία νόσο έως τον διαβήτη τύπου 2 και τον ΔΜΣ, είναι ιδανικό για στατιστική γενετική, γονιδιωματική, έρευνα πρόβλεψης κινδύνου και εργαλεία βιοπληροφορικής. Ένας πόρος πολυγονικής βαθμολογίας / γενετικής πρόβλεψης κινδύνου — διακριτός από μελέτες συσχέτισης μεμονωμένων παραλλαγών (GWAS Catalog), συχνότητες αλληλόμορφων πληθυσμού (gnomAD) και κλινική ερμηνεία παραλλαγών (ClinVar). Ανοιχτά δεδομένα από το NHGRI-EBI PGS Catalog (CC BY 4.0).

api.oanor.com/pgs-api

Γονιδιακή λειτουργία ως API — υποστηρίζεται από το QuickGO του EMBL-EBI και τη Γονιδιακή Οντολογία (GO), το πρότυπο λεξιλόγιο που περιγράφει τι κάνουν τα γονιδιακά προϊόντα σε τρεις πτυχές: μοριακή λειτουργία, βιολογική διαδικασία και κυτταρικό συστατικό. Δεδομένου ενός γονιδίου ή πρωτεΐνης (μιας πρόσβασης UniProt), καταγράψτε κάθε σχόλιο GO που έγινε για αυτό — τον όρο GO, την πτυχή του, τον προσδιοριστή, τον κωδικό απόδειξης, την υποστηρικτική αναφορά (π.χ. ένα PubMed id), τον οργανισμό και ποιος το ανέθεσε — προαιρετικά φιλτραρισμένο ανά πτυχή ή οργανισμό. Αναζητήστε οποιονδήποτε όρο GO για να λάβετε τον ορισμό του, την πτυχή, τα συνώνυμα και τον αριθμό των θυγατρικών όρων· και αναζητήστε την οντολογία με όνομα για να βρείτε τους σωστούς όρους GO. Τα ονόματα όρων GO επιλύονται αυτόματα στις σχολιασμούς. Από το TP53 έως οποιαδήποτε πρωτεΐνη σε οποιοδήποτε είδος, είναι η ραχοκοκαλιά της λειτουργικής γονιδιωματικής — ιδανικό για ανάλυση εμπλουτισμού, αγωγούς σχολιασμού, βιοπληροφορική και ερευνητικά εργαλεία. Ένας πόρος σχολιασμού γονιδιακής λειτουργίας (ποια γονίδια έχουν ποιες λειτουργίες, με αποδείξεις) — διακριτός από τη γενική αναζήτηση όρων οντολογίας. Ανοιχτά δεδομένα από το QuickGO του EMBL-EBI και την Κοινοπραξία GO (CC BY 4.0).

api.oanor.com/quickgo-api

Συσχετίσεις ανθρώπινων γενετικών χαρακτηριστικών ως API — με τη δύναμη του NHGRI-EBI GWAS Catalog, της επιμελημένης αναφοράς δημοσιευμένων μελετών συσχέτισης σε όλο το γονιδίωμα. Απαντά στην κεντρική ερώτηση της στατιστικής γενετικής: ποιες γενετικές παραλλαγές (SNPs) σχετίζονται με ποια χαρακτηριστικά και ασθένειες, και πόσο ισχυρά. Αναζητήστε ένα SNP για να λάβετε τη λειτουργική του κατηγορία, γονιδιωματική θέση και χαρτογραφημένα γονίδια· εξάγετε κάθε συσχέτιση χαρακτηριστικού που αναφέρεται για αυτό — το χαρακτηριστικό, την τιμή p, το μέγεθος επίδρασης (λόγος πιθανοτήτων ή βήτα), το αλληλόμορφο κινδύνου και τη συχνότητά του, και τα γονίδια που αναφέρονται από τον συγγραφέα· και διαβάστε τη μελέτη πίσω από τα στοιχεία — χαρακτηριστικό, μεγέθη δειγμάτων, καταγωγές, τεχνολογία γονοτύπησης και τη δημοσίευση (PubMed id, συγγραφείς, περιοδικό, ημερομηνία). Από τον διαβήτη τύπου 2 και τη νόσο του Crohn έως τον συστηματικό ερυθηματώδη λύκο και εκατοντάδες χιλιάδες συσχετίσεις, είναι ιδανικό για εργαλεία γονιδιωματικής, βιοπληροφορικής, στατιστικής γενετικής και βιοϊατρικής έρευνας. Μια δημοσιευμένη βάση αποδεικτικών στοιχείων γενετικής συσχέτισης — διακριτή από τις συχνότητες αλληλομόρφων πληθυσμού (gnomAD), την κλινική ερμηνεία παραλλαγών (ClinVar) και τη γονιδιωματική σχολιασμό (Ensembl). Ανοικτά δεδομένα από το NHGRI-EBI GWAS Catalog (EMBL-EBI).

api.oanor.com/gwas-api

BioSamples ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — η βάση δεδομένων που αποθηκεύει και συνδέει τα μεταδεδομένα βιολογικών δειγμάτων, τα φυσικά δείγματα πίσω από βιολογικά πειράματα. Ένα δείγμα στο BioSamples φέρει μια σταθερή πρόσβαση (όπως SAMEA3231268) και ένα πλούσιο σύνολο χαρακτηριστικών — οργανισμός, ιστός ή μέρος οργανισμού, τύπος κυττάρου, φύλο, ασθένεια, αναπτυξιακό στάδιο, στέλεχος και οποιαδήποτε χαρακτηριστικά παρέχονται από τον υποβάλλοντα — και αναφέρεται από άλλα αρχεία του EBI, συμπεριλαμβανομένων του European Nucleotide Archive (ENA), του ArrayExpress και του PRIDE. Το /v1/search?q=liver αναζητά δείγματα με ελεύθερο κείμενο και επιστρέφει την πρόσβαση, το όνομα, τον οργανισμό και την ημερομηνία κυκλοφορίας κάθε αντιστοιχίας. Το /v1/sample?id=SAMEA3231268 επιστρέφει τα μεταδεδομένα ενός δείγματος — την πρόσβαση, το όνομα, το αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI, τον οργανισμό, τις ημερομηνίες κυκλοφορίας και ενημέρωσης, τον αριθμό σχέσεων με άλλα δείγματα και τα χαρακτηριστικά του που έχουν μετατραπεί σε έναν καθαρό χάρτη κλειδιού→τιμής. Οι προσβάσεις μοιάζουν με SAMEA…, SAMN… ή SAMD…· μπορείτε να λάβετε μία από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για ενοποίηση δεδομένων βιοεπιστημών, παρακολούθηση δειγμάτων, εναρμόνιση μεταδεδομένων και σύνδεση δεδομένων αλληλούχισης ή έκφρασης με το αρχικό δείγμα. Δεδομένα από το EMBL-EBI BioSamples (δημόσια). Πρόκειται για ένα μητρώο μεταδεδομένων βιολογικών δειγμάτων — διακριτό από βάσεις δεδομένων μελετών (BioStudies), αλληλουχιών (ENA), παραλλαγών (ClinVar) και δομών.

api.oanor.com/biosamples-api

Το BioStudies ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — η βάση δεδομένων που περιέχει τις περιγραφές βιολογικών μελετών και συνδέει τα δεδομένα τους σε όλους τους πόρους του EBI, συμπεριλαμβανομένων της απεικόνισης (BioImage Archive), της λειτουργικής γονιδιωματικής (ArrayExpress), της πρωτεομικής και της βιβλιογραφίας (Europe PMC). Κάθε μελέτη έχει έναν κωδικό πρόσβασης, έναν τίτλο και μια περίληψη, τη συλλογή στην οποία ανήκει και συνδέσμους προς τα υποκείμενα δεδομένα και τις δημοσιεύσεις της. Το /v1/search?query=covid αναζητά τις μελέτες και επιστρέφει τον κωδικό πρόσβασης κάθε αντιστοιχίας (π.χ. S-EPMC8017430), τον τίτλο, τον συγγραφέα, τον τύπο μελέτης, την ημερομηνία κυκλοφορίας και τον αριθμό συνδέσμων/αρχείων. Το /v1/study?id=S-EPMC8017430 επιστρέφει τα μεταδεδομένα μιας μελέτης — τον κωδικό πρόσβασης, τη συλλογή στην οποία ανήκει (όπως EuropePMC, ArrayExpress ή BioImages), τον τίτλο, την περίληψη, την ημερομηνία κυκλοφορίας, τους συγγραφείς και τον αριθμό των συνδεδεμένων πόρων. Οι κωδικοί πρόσβασης μοιάζουν με S-EPMC8017430 ή S-BSST123· λάβετε έναν από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για ανακάλυψη ερευνητικών δεδομένων, σύνδεση βιβλιογραφίας με τα υποκείμενα σύνολα δεδομένων, συστηματικές ανασκοπήσεις και εργαλεία αναπαραγωγιμότητας. Δεδομένα από το EMBL-EBI BioStudies (δημόσια). Πρόκειται για ένα ευρετήριο μεταδεδομένων μελετών και συνόλων δεδομένων — διακριτό από τις βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (UniProt, ENA), δομής (PDB, EMDB), παραλλαγών (ClinVar) και οντολογιών.

api.oanor.com/biostudies-api

Η Τράπεζα Δεδομένων Ηλεκτρονικής Μικροσκοπίας (EMDB) ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — το δημόσιο αρχείο τρισδιάστατων χαρτών πυκνότητας ηλεκτρονικής μικροσκοπίας πρωτεϊνών, νουκλεϊκών οξέων και μεγάλων μακρομοριακών συμπλόκων. Το EMDB είναι το αντίστοιχο της Τράπεζας Δεδομένων Πρωτεϊνών για την ηλεκτρονική μικροσκοπία, περιέχοντας χάρτες που επιλύθηκαν με κρυο-ΗΜ μονοσωματιδίου, ηλεκτρονική τομογραφία και ηλεκτρονική κρυσταλλογραφία, την τεχνική πίσω από την πρόσφατη «επανάσταση ανάλυσης» στη δομική βιολογία. Το /v1/search?q=ribosome αναζητά στο αρχείο και επιστρέφει για κάθε αντίστοιχη εγγραφή το αναγνωριστικό EMDB (π.χ. EMD-1010), τον τίτλο, τη μέθοδο ηλεκτρονικής μικροσκοπίας και την ανάλυση σε ångström. Το /v1/entry?id=EMD-1010 επιστρέφει τα μεταδεδομένα μιας εγγραφής — τον τίτλο της, τη μέθοδο ΗΜ (μονοσωματίδιο, τομογραφία, …), την κατάσταση συσσωμάτωσης, την ανάλυση, το βιολογικό δείγμα που μελετήθηκε, λέξεις-κλειδιά ταξινόμησης, τις ημερομηνίες κατάθεσης, απελευθέρωσης χάρτη και τελευταίας ενημέρωσης, και τους συγγραφείς κατάθεσης. Τα αναγνωριστικά EMDB μοιάζουν με EMD-1010, και μπορείτε να περάσετε μόνο τον αριθμό. Ιδανικό για εργαλεία δομικής βιολογίας και κρυο-ΗΜ, εφαρμογές σύγκρισης δομών και οπτικοποίησης, και εκπαίδευση. Δεδομένα από το EMBL-EBI EMDB (δημόσιος τομέας). Αυτό είναι το αρχείο πειραματικών ΧΑΡΤΩΝ ηλεκτρονικής μικροσκοπίας — διακριτό από δομές ατομικών συντεταγμένων (PDB), προβλεπόμενες δομές (AlphaFold) και βάσεις δεδομένων αλληλουχιών πρωτεϊνών (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

BioModels ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — το μεγαλύτερο αποθετήριο στον κόσμο επιμελημένων, δημοσιευμένων μαθηματικών μοντέλων βιολογικών συστημάτων. Το BioModels συλλέγει υπολογιστικά μοντέλα (κυρίως σε SBML, τη Γλώσσα Σήμανσης Συστημάτων Βιολογίας) μεταβολισμού, σηματοδότησης κυττάρων, γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων, κυτταρικού κύκλου, διαδικασιών ασθενειών και φυσιολογίας, το καθένα συνδεδεμένο με την αξιολογημένη από ομοτίμους δημοσίευση από την οποία προέρχεται. Το /v1/search?query=glycolysis αναζητά στο αποθετήριο και επιστρέφει κάθε ταιριαστό μοντέλο με το id του (όπως BIOMD0000000012), όνομα, μορφή, υποβολέα και ημερομηνίες υποβολής/τροποποίησης. Το /v1/model?id=BIOMD0000000012 επιστρέφει τα μεταδεδομένα ενός μοντέλου — το όνομα και την περιγραφή του, τη μορφή κωδικοποίησης, την προσέγγιση μοντελοποίησης (π.χ. μοντέλο συνήθων διαφορικών εξισώσεων), την κατάσταση επιμέλειας, τη δημοσίευση πίσω από αυτό (τίτλος, περιοδικό, έτος, συγγραφείς) και τα αρχεία μοντέλου. Τα id μοντέλων μοιάζουν με BIOMD0000000012 για επιμελημένα μοντέλα ή MODEL1234567890 για μη επιμελημένες υποβολές· λάβετε τα από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για εργαλεία συστημικής βιολογίας και υπολογιστικής μοντελοποίησης, ροές εργασίας αναπαραγώγιμης έρευνας και επαναχρησιμοποίησης μοντέλων, και διδασκαλία. Δεδομένα από EMBL-EBI BioModels (CC0). Πρόκειται για ένα αποθετήριο συστημικής βιολογίας / υπολογιστικών μοντέλων — διακριτό από βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (UniProt, ENA), δομής (PDB, AlphaFold), μονοπατιών και παραλλαγών (ClinVar).

api.oanor.com/biomodels-api

Το UCSC Genome Browser ως API — δεδομένα γονιδιώματος αναφοράς για εκατοντάδες είδη, από το διάσημο UCSC Genome Browser στο UC Santa Cruz. Το /v1/genomes παραθέτει τις 220+ συναρμολογήσεις γονιδιώματος που φιλοξενεί το UCSC, καθεμία με το αναγνωριστικό συναρμολόγησης (όπως hg38 για άνθρωπο, mm39 για ποντίκι, danRer11 για ψάρι ζέβρα), οργανισμό, περιγραφή και πηγή δεδομένων. Το /v1/chromosomes?genome=hg38 επιστρέφει τα χρωμοσώματα και τις αλληλουχίες μιας συναρμολόγησης με τα μεγέθη τους σε ζεύγη βάσεων, από το μεγαλύτερο στο μικρότερο. Το /v1/sequence?genome=hg38&chrom=chrM&start=0&end=100 ανακτά την ακατέργαστη αλληλουχία DNA οποιασδήποτε γονιδιωματικής περιοχής (έναρξη βάσει 0, ημι-ανοιχτό τέλος· οι περιοχές περιορίζονται σε 100.000 βάσεις ανά κλήση). Τα αναγνωριστικά συναρμολόγησης προέρχονται από το /v1/genomes και τα ονόματα χρωμοσωμάτων μοιάζουν με chr1, chrX ή chrM. Ιδανικό για βιοπληροφορικές αγωγούς, εργαλεία οπτικοποίησης γονιδιώματος και σχεδιασμού εκκινητών, αναζητήσεις περιοχών και αλληλουχιών, συγκριτική γονιδιωματική και διδασκαλία. Δεδομένα από το UCSC Genome Browser (δωρεάν για ακαδημαϊκή, μη κερδοσκοπική και προσωπική χρήση). Πρόκειται για τις συναρμολογήσεις και την ακατέργαστη αλληλουχία αναφοράς του προγράμματος περιήγησης γονιδιώματος — διακριτό από βάσεις δεδομένων γονιδιακής σήμανσης και πρωτεϊνικής αλληλουχίας όπως Ensembl, UniProt και ENA.

api.oanor.com/ucsc-api

Το ClinVar ως API, υποστηριζόμενο από την Εθνική Βιβλιοθήκη Ιατρικής των ΗΠΑ μέσω των NCBI E-utilities. Το ClinVar είναι το δημόσιο αρχείο των σχέσεων μεταξύ ανθρώπινων γενετικών παραλλαγών και υγείας, καταγράφοντας την κλινική σημασία (ερμηνεία) κάθε παραλλαγής — είτε είναι Παθογόνο, Πιθανά παθογόνο, Αβέβαιης σημασίας, Πιθανά καλοήθες ή Καλοήθες — μαζί με τις καταστάσεις με τις οποίες σχετίζεται. Το /v1/search?gene=BRCA1 αναζητά στο ClinVar με σύμβολο γονιδίου ή με ελεύθερο κείμενο με q= (π.χ. μια ασθένεια ή έκφραση HGVS), επιστρέφοντας τον συνολικό αριθμό των ταιριαστών παραλλαγών και μια λίστα με αναγνωριστικά παραλλαγών ClinVar. Το /v1/variant?id=4852102 επιστρέφει μια περίληψη παραλλαγής: την πρόσβαση ClinVar (VCV…), τον τίτλο, τον τύπο παραλλαγής, τα ονόματα παραλλαγής και cDNA, την κλινική ταξινόμηση και την κατάσταση αναθεώρησης, τη(τις) σχετική(ές) κατάσταση(εις), το(τα) γονίδιο(α) και το κύριο γονίδιο, το χρωμόσωμα και τη θέση, την πρωτεϊνική αλλαγή και τη μοριακή συνέπεια, καθώς και έναν σύνδεσμο προς την εγγραφή ClinVar. Λάβετε ένα αναγνωριστικό παραλλαγής από το /v1/search και, στη συνέχεια, ανακτήστε τις λεπτομέρειές του. Ιδανικό για κλινικές-γονιδιωματικές και σχολιασμού παραλλαγών ροές εργασίας, εργαλεία σπάνιων ασθενειών και γενετικής συμβουλευτικής, και πίνακες ελέγχου έρευνας. Δεδομένα από το NCBI ClinVar (δημόσιος τομέας). Πρόκειται για κλινική ερμηνεία παραλλαγών — διακριτή από βάσεις δεδομένων συχνότητας αλληλόμορφων πληθυσμού (όπως το gnomAD) και από βάσεις δεδομένων πρωτεϊνών/αλληλουχιών. Παρακαλούμε διατηρήστε τα ποσοστά αιτημάτων σε λογικά επίπεδα σύμφωνα με την ορθή χρήση του NCBI.

api.oanor.com/clinvar-api

Το Ευρωπαϊκό Αρχείο Νουκλεοτιδίων (ENA) ως API, υποστηριζόμενο από το EMBL-EBI — ένας από τους τρεις συνεργάτες του INSDC μαζί με τα NCBI GenBank και DDBJ, και το ολοκληρωμένο δημόσιο αρχείο των δεδομένων νουκλεοτιδικών αλληλουχιών του κόσμου. Το ENA περιέχει ακατέργαστες αναγνώσεις αλληλουχιών, συναρμολογημένα και σχολιασμένα γονιδιώματα, μεμονωμένες αλληλουχίες, βιολογικά δείγματα και τις μελέτες πίσω από αυτά, για κάθε τομέα της ζωής — τον βασικό πόρο για γονιδιωματική, μικροβιολογία, οικολογία, εξέλιξη και κλινική έρευνα. Αυτό το API παρέχει μια καθαρή ροή εργασίας τριών βημάτων πάνω από αυτό το αρχείο. Πρώτα, το /v1/taxon αναλύει ένα όνομα οργανισμού (π.χ. "Homo sapiens") στο αναγνωριστικό taxon NCBI, επιστημονική ονομασία, ταξινομική βαθμίδα και πλήρη γενεαλογία — ή αναζητά ένα taxon απευθείας με αναγνωριστικό. Στη συνέχεια, το /v1/search αναζητά στο αρχείο εγγραφές αυτού του taxon ενός επιλεγμένου τύπου: γονιδιωματικές συναρμολογήσεις (με όνομα συναρμολόγησης, επίπεδο και αριθμό βάσεων), αλληλουχίες αλληλούχησης (με πλατφόρμα, όργανο και αριθμούς αναγνώσεων), βιολογικά δείγματα (με ημερομηνία συλλογής και χώρα), σχολιασμένες αλληλουχίες, πειράματα ανάγνωσης, αναλύσεις, κωδικές και μη κωδικές αλληλουχίες και μελέτες — από προεπιλογή συμπεριλαμβάνοντας όλα τα απόγονα taxa, ή περιορισμένα στο ακριβές taxon. Τέλος, το /v1/record επιστρέφει μια περίληψη για οποιαδήποτε πρόσβαση ENA — συναρμολογήσεις (GCA_…), μελέτες και έργα (PRJ…), δείγματα (SAM…/ERS…), αλληλουχίες αλληλούχησης (ERR…/SRR…) και αλληλουχίες — με τον τίτλο, τον τύπο δεδομένων, το taxon, την επιστημονική ονομασία, τον αριθμό βάσεων και αλληλουχιών και τη δημόσια κατάσταση. Ιδανικό για βιοπληροφορικές σωληνώσεις, ανακάλυψη γονιδιωματικών δεδομένων, συλλογή μεταδεδομένων αλληλούχησης, εργαλεία βιοποικιλότητας και μεταγονιδιωματικής και αναπαραγωγιμότητα έρευνας. Τα αναγνωριστικά taxon μοιάζουν με 9606 (άνθρωπος); οι προσβάσεις όπως GCA_000001405. Δεδομένα από το EMBL-EBI ENA, ένα αρχείο INSDC, δωρεάν για χρήση.

api.oanor.com/ena-api

Το MGnify ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — του μεγαλύτερου δωρεάν πόρου στον κόσμο για την ανάλυση και αρχειοθέτηση δεδομένων αλληλούχισης μικροβιώματος, και της αδελφής μεταγονιδιωματικής πλατφόρμας των PRIDE (πρωτεομική) και MetaboLights (μεταβολομική). Το MGnify περιέχει δεκάδες χιλιάδες δημόσιες μεταγονιδιωματικές και μεταβαρκοδικές μελέτες που καλύπτουν το ανθρώπινο εντερικό μικροβίωμα, θαλάσσια και γλυκά νερά, εδάφη, λύματα, το δομημένο περιβάλλον και κοινότητες που σχετίζονται με ξενιστές. Αναζητήστε μελέτες με λέξη-κλειδί, λαμβάνοντας τον αριθμό πρόσβασης MGnify (MGYS...), όνομα, περίληψη, βίωμα, αριθμό δειγμάτων και το πηγαίο BioProject αλληλούχισης· διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα μιας μελέτης, συμπεριλαμβανομένων του ονόματος και της περίληψής της, της ταξινόμησης βιώματος, του αριθμού δειγμάτων, του κέντρου υποβολής, της κατάστασης δημοσιότητας, της προέλευσης δεδομένων και της ημερομηνίας τελευταίας ενημέρωσης· και περιηγηθείτε στο δέντρο ταξινόμησης βιώματος τύπου GOLD — από root:Host-associated:Human:Digestive system έως root:Environmental:Aquatic:Marine — με μετρήσεις δειγμάτων και μελετών ανά βίωμα, για ανακάλυψη ανά περιβάλλον. Ιδανικό για έρευνα μικροβιώματος και περιβαλλοντικής γονιδιωματικής, επαναχρησιμοποίηση δεδομένων και μετα-ανάλυση, βιοπληροφορικές ροές εργασίας και διδασκαλία. Οι αριθμοί πρόσβασης μελετών μοιάζουν με MGYS00006862. Δεδομένα από EMBL-EBI MGnify.

api.oanor.com/mgnify-api

Cellosaurus ως API, με την υποστήριξη του SIB Swiss Institute of Bioinformatics — η εγκυκλοπαίδεια αναφοράς κυτταρικών σειρών που χρησιμοποιούνται στη βιοϊατρική έρευνα. Με περισσότερες από 150.000 εγγραφές που καλύπτουν κυτταρικές σειρές καρκίνου, υβριδώματα, επαγόμενα πολυδύναμα βλαστοκύτταρα και σειρές από εκατοντάδες είδη, το Cellosaurus είναι ο έγκυρος κατάλογος που χρησιμοποιούν οι ερευνητές για να αναγνωρίσουν και να επικυρώσουν τις κυτταρικές σειρές πίσω από δημοσιευμένα πειράματα. Αναζητήστε κυτταρικές σειρές με όνομα ή λέξη-κλειδί, λαμβάνοντας για κάθε σειρά το αναγνωριστικό Cellosaurus (CVCL_…), όνομα, κατηγορία, είδος και ασθένεια· και διαβάστε την πλήρη εγγραφή μιας κυτταρικής σειράς — το όνομα και τα συνώνυμά της, κατηγορία (π.χ. κυτταρική σειρά καρκίνου, υβρίδωμα, βλαστοκύτταρο), είδος με αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI, φύλο, ηλικία, την ασθένεια από την οποία προέρχεται με αναγνωριστικά οντολογίας NCIt, τον ιστό ή την ανατομική θέση προέλευσης, τη μητρική κυτταρική σειρά και τον αριθμό των θυγατρικών σειρών, τον αριθμό των βιβλιογραφικών αναφορών και τις πολλές διασταυρούμενες αναφορές (σε ATCC, DSMZ, ECACC, Wikidata και άλλα), σχετικές ιστοσελίδες, και — κρίσιμο για την αναπαραγωγιμότητα της έρευνας — αν η σειρά επισημαίνεται ως ΠΡΟΒΛΗΜΑΤΙΚΗ, που σημαίνει ότι έχει ταυτοποιηθεί λανθασμένα ή έχει διασταυρωθεί μολυσμένη, μαζί με επεξηγηματικές σημειώσεις. Ιδανικό για ποιοτικό έλεγχο εργαστηρίου και πιστοποίηση κυτταρικών σειρών, βιοϊατρική και καρκινική έρευνα, επιμέλεια δεδομένων και ελέγχους αναπαραγωγιμότητας. Τα αναγνωριστικά μοιάζουν με CVCL_0030 (HeLa). Δεδομένα από Cellosaurus (CC-BY 4.0).

api.oanor.com/cellosaurus-api

Η βάση δεδομένων δομών πρωτεϊνών AlphaFold ως API, με την υποστήριξη των EMBL-EBI και Google DeepMind. Το AlphaFold προβλέπει την τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης από την αλληλουχία αμινοξέων της με ακρίβεια πειραματικού επιπέδου και η βάση δεδομένων καλύπτει πλέον πάνω από 200 εκατομμύρια πρωτεΐνες — σχεδόν κάθε αλληλουχία στο UniProt. Αναζητήστε το μοντέλο AlphaFold για οποιαδήποτε πρωτεΐνη με το αναγνωριστικό UniProt της και λάβετε την περιγραφή γονιδίου και πρωτεΐνης, τον οργανισμό και το μήκος αλληλουχίας, την έκδοση μοντέλου και την ημερομηνία δημιουργίας, τη συνολική μετρική εμπιστοσύνης, την πλήρη αλληλουχία αμινοξέων και άμεσους συνδέσμους λήψης της προβλεπόμενης δομής ως mmCIF, PDB και BinaryCIF μαζί με την εικόνα και τα δεδομένα του Προβλεπόμενου Σφάλματος Ευθυγράμμισης (PAE)· και διαβάστε τη δομική κάλυψη μιας πρωτεΐνης — τα προβλεπόμενα μοντέλα AlphaFold και τυχόν συνδεδεμένες δομές με τον πάροχο, την κατηγορία μοντέλου, τη μέθοδο και το εύρος υπολειμμάτων UniProt που καλύπτεται. Ιδανικό για δομική βιολογία, ανακάλυψη φαρμάκων και αξιολόγηση στόχων, πρωτεϊνική μηχανική, μοριακή οπτικοποίηση και διδασκαλία. Οι πρωτεΐνες αναγνωρίζονται με αναγνωριστικό UniProt (για παράδειγμα P00520 ή P38398). Δεδομένα από τη βάση δεδομένων AlphaFold (CC-BY 4.0). Για πειραματικά προσδιορισμένες τρισδιάστατες δομές, δείτε το API PDB, για αλληλουχίες πρωτεϊνών και λειτουργική σήμανση το API UniProt και για οικογένειες και τομείς το InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

Το Complex Portal ως API, υποστηριζόμενο από το EMBL-EBI — μια χειροκίνητα επιμελημένη, εγκυκλοπαιδική βάση δεδομένων σταθερών μακρομοριακών συμπλόκων: συναρμολογήσεις δύο ή περισσότερων πρωτεϊνών (και μερικές φορές νουκλεϊκών οξέων, προσδεμάτων ή μικρών μορίων) που λειτουργούν μαζί ως μια ενιαία λειτουργική μονάδα, όπως ριβοσώματα, πρωτεασώματα, RNA και DNA πολυμεράσες, το σωμάτιο ματίσματος, σύμπλοκα της αναπνευστικής αλυσίδας και χιλιάδες ακόμη σε πολλά είδη. Αναζητήστε τα σύμπλοκα με λέξη-κλειδί και προαιρετικά με οργανισμό, λαμβάνοντας για κάθε σύμπλοκο την πρόσβαση του Complex Portal (CPX-…), το όνομα, τον οργανισμό, την περιγραφή και αν είναι υπολογιστικά προβλεπόμενο· διαβάστε μια πλήρη επιμελημένη εγγραφή συμπλόκου, συμπεριλαμβανομένων των προτεινόμενων και συστηματικών ονομάτων, συνωνύμων, είδους, βιολογικής λειτουργίας, των συμμετεχόντων υπομονάδων με το αναγνωριστικό μορίου τους (για παράδειγμα μια πρόσβαση UniProt) και στοιχειομετρία, τυχόν σχετικούς προσδέτες και ασθένειες, τον τύπο απόδειξης και διασταυρούμενες αναφορές σε UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata και άλλα· και εξάγετε μόνο τη σύνθεση υπομονάδων ενός συμπλόκου. Ιδανικό για δομική και συστημική βιολογία, ανάλυση μονοπατιών και δικτύων, έρευνα λειτουργίας πρωτεϊνών και βιοπληροφορικές αγωγούς. Οι προσβάσεις συμπλόκων μοιάζουν με CPX-6036. Δεδομένα από το EMBL-EBI Complex Portal (IMEx consortium, CC-BY). Για δίκτυα αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών-πρωτεϊνών δείτε το STRING API, για αλληλουχίες πρωτεϊνών το UniProt, για βιολογικά μονοπάτια το Reactome και για οικογένειες & τομείς το InterPro.

api.oanor.com/complexes-api

Η βάση δεδομένων Rfam οικογενειών μη-κωδικοποιητικών RNA ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI. Το Rfam ομαδοποιεί λειτουργικά RNA που μοιράζονται μια κοινή εξελικτική προέλευση σε οικογένειες, κάθε μία από τις οποίες μοντελοποιείται από ένα μοντέλο συνδιακύμανσης που βασίζεται σε μια επιμελημένη στοίχιση σπόρων και δευτεροταγή δομή. Αναζητήστε τις οικογένειες με όνομα, περιγραφή ή τύπο RNA — ριβοδιακόπτες και άλλα ρυθμιστικά στοιχεία cis, ριβοένζυμα, οικογένειες microRNA, ριβοσωμικά RNA, μεταφορικά RNA, μικρά πυρηνικά και μικρά πυρηνιδιακά RNA, μακρά μη-κωδικοποιητικά RNA και άμεσες επαναλήψεις CRISPR — λαμβάνοντας για κάθε οικογένεια το αναγνωριστικό Rfam, το όνομα, την περιγραφή, τον τύπο RNA και τους επιμελητές· διαβάστε την πλήρη εγγραφή μιας οικογένειας συμπεριλαμβανομένης της περιγραφής της, της ταξινόμησης τύπου RNA, των επιμελητών που την κατασκεύασαν, του αριθμού αλληλουχιών στις πλήρεις και σπορ στοιχίσεις, της πηγής δομής, του σχολίου του επιμελητή, της ομάδας (clan) στην οποία ανήκει και της έκδοσης Rfam· και περιηγηθείτε στις οικογένειες ανά κατηγορία RNA. Ιδανικό για βιολογία RNA, βιοπληροφορικές ροές εργασίας, σχολιασμό μη-κωδικοποιητικών RNA, συγκριτική γονιδιωματική και διδασκαλία. Τα αναγνωριστικά οικογενειών μοιάζουν με RF00005 (μεταφορικό RNA). Δεδομένα από το EMBL-EBI Rfam. Για οικογένειες και τομείς πρωτεϊνών δείτε το API InterPro, για πρωτεϊνικές αλληλουχίες το UniProt, για σύνολα δεδομένων πρωτεομικής το PRIDE και για μεταβολομική το MetaboLights.

api.oanor.com/rfam-api

Το MetaboLights ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — το κορυφαίο ανοιχτό αποθετήριο στον κόσμο για πειράματα μεταβολομικής (φασματοσκοπία NMR και φασματομετρία μάζας) και αδελφός πόρος του PRIDE για πρωτεομική. Αναζητήστε τις δημόσιες μελέτες μεταβολομικής με λέξη-κλειδί (επιστρέφοντας τον κωδικό πρόσβασης, τον τίτλο, την περιγραφή και τον οργανισμό κάθε μελέτης)· διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα μιας μελέτης, συμπεριλαμβανομένης της περίληψης, της κατάστασης, των ημερομηνιών υποβολής και δημοσίευσης, των περιγραφικών παραγόντων σχεδιασμού της μελέτης, των πειραματικών παραγόντων, των αναλυτικών δοκιμασιών με τον τύπο μέτρησης, την τεχνολογία και την πλατφόρμα τους, των συντελεστών και των ρόλων τους, των συνδεδεμένων δημοσιεύσεων με αναγνωριστικά DOI και PubMed, των υποβαλλόντων, του αριθμού δειγμάτων, της διεύθυνσης URL λήψης FTP και της άδειας δεδομένων· επιθεωρήστε την αναλυτική ροή εργασίας — κάθε πρωτόκολλο με το όνομα, τον τύπο, την περιγραφή και τις παραμέτρους του (συλλογή δειγμάτων, εκχύλιση, χρωματογραφία, φασματοσκοπία NMR/MS, μετασχηματισμός δεδομένων και ταυτοποίηση μεταβολιτών)· και καταγράψτε τους οργανισμούς και τα μέρη οργανισμών που μελετήθηκαν με τους όρους οντολογίας τους. Ιδανικό για έρευνα μεταβολομικής και συστημικής βιολογίας, επαναχρησιμοποίηση συνόλων δεδομένων και μετα-ανάλυση, βιοπληροφορικές αγωγούς και εργαλεία που ενσωματώνουν πειραματικές αποδείξεις. Οι κωδικοί πρόσβασης μελετών μοιάζουν με MTBLS1. Δεδομένα από το EMBL-EBI MetaboLights.

api.oanor.com/metabolights-api

Το αρχείο πρωτεομικής PRIDE ως API, που υποστηρίζεται από το EMBL-EBI PRIDE Archive — το μεγαλύτερο δημόσιο αποθετήριο δεδομένων πρωτεομικής φασματομετρίας μάζας στον κόσμο και ιδρυτικό μέλος του ProteomeXchange. Αναζητήστε δημόσια πειράματα πρωτεομικής με λέξη-κλειδί (επιστρέφοντας το accession, τον τίτλο, τους οργανισμούς, τις ασθένειες και τα όργανα κάθε έργου). Διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα ενός έργου, συμπεριλαμβανομένων της περιγραφής, των λέξεων-κλειδιών, των οργανισμών και των μερών οργανισμών, των οργάνων φασματομετρίας μάζας, του λογισμικού, των ταυτοποιημένων τροποποιήσεων πρωτεϊνών, των πρωτοκόλλων επεξεργασίας δειγμάτων και δεδομένων, των υποβαλλόντων, των συνεργασιών και της συνδεδεμένης δημοσίευσης (DOI και PubMed). Καταγράψτε τα αρχεία δεδομένων ενός έργου με την κατηγορία, τη μορφή, το μέγεθος και έναν άμεσο σύνδεσμο λήψης. Εξερευνήστε πτυχές — τις ασθένειες, τους οργανισμούς, τα όργανα, τους τύπους πειραμάτων, το λογισμικό και τις χώρες που εκπροσωπούνται σε αντίστοιχα έργα — για ανακάλυψη. Ιδανικό για έρευνα πρωτεομικής και συστημικής βιολογίας, επαναχρησιμοποίηση συνόλων δεδομένων και μετα-ανάλυση, βιοπληροφορικές ροές εργασίας και εργαλεία που ενσωματώνουν πειραματικά δεδομένα. Τα accessions έργων μοιάζουν με PXD000001. Δεδομένα από EMBL-EBI.

api.oanor.com/pride-api

Οικογένειες πρωτεϊνών, τομείς και λειτουργικές θέσεις ως API, με τη δύναμη της βάσης δεδομένων EBI InterPro. Το InterPro ταξινομεί τις πρωτεΐνες σε οικογένειες και αναγνωρίζει τους τομείς, τις επαναλήψεις και τις σημαντικές θέσεις που περιέχουν, συνδυάζοντας τις προγνωστικές υπογραφές πολλών μελών βάσεων δεδομένων (Pfam, SMART, PROSITE, CDD, PANTHER, SUPERFAMILY, NCBIfam και άλλες) σε έναν ενιαίο ολοκληρωμένο πόρο. Αναζητήστε μια καταχώρηση InterPro — μια οικογένεια, τομέα, επανάληψη, συντηρημένη/δεσμευτική/ενεργή θέση ή μετα-μεταφραστική τροποποίηση — με την περιγραφή της, όρους Gene Ontology και τις υπογραφές των μελών βάσεων δεδομένων που την ορίζουν· αναζητήστε καταχωρήσεις με όνομα και τύπο· διαβάστε τα μεταδεδομένα μιας πρωτεΐνης· και, το πιο χρήσιμο, δείτε τις καταχωρήσεις InterPro που βρίσκονται σε μια πρωτεΐνη μαζί με τις θέσεις έναρξης-λήξης τους, ώστε να μπορείτε να δείτε την αρχιτεκτονική τομέων μιας πρωτεΐνης. Ιδανικό για σχολιασμό πρωτεϊνών και πρόβλεψη λειτουργίας, συγκριτική γονιδιωματική, δομική βιολογία και βιοπληροφορικές ροές εργασίας, καθώς και εργαλεία έρευνας και διδασκαλίας. Τα αναγνωριστικά καταχωρήσεων είναι IPR ακολουθούμενα από έξι ψηφία· τα αναγνωριστικά πρωτεϊνών είναι προσβάσεις UniProt. Δεδομένα από EMBL-EBI.

api.oanor.com/interpro-api

Συσχετίσεις φαρμακευτικών στόχων–ασθενειών ως API, με τη δύναμη της πλατφόρμας Open Targets. Το Open Targets ενσωματώνει ανθρώπινη γενετική, γονιδιωματική, μεταγραφομική, γνωστά φάρμακα, ζωικά μοντέλα και την επιστημονική βιβλιογραφία για να βαθμολογήσει συστηματικά πόσο ισχυρά συνδέεται ένας στόχος (γονίδιο/πρωτεΐνη) με μια ασθένεια — τα στοιχεία που στηρίζουν τη σύγχρονη ανακάλυψη φαρμάκων. Αναζητήστε σε στόχους, ασθένειες και φάρμακα· διαβάστε έναν στόχο για το εγκεκριμένο σύμβολό του, τον βιότυπο, τη λειτουργία, τη γονιδιωματική θέση και τα αναγνωριστικά UniProt μαζί με τις ασθένειες με τις οποίες συνδέεται πιο ισχυρά και τις συνολικές βαθμολογίες συσχέτισης· διαβάστε μια ασθένεια για την περιγραφή της, τις θεραπευτικές περιοχές και τους κορυφαίους συνδεδεμένους στόχους με βαθμολογίες· και διαβάστε ένα φάρμακο για τον τρόπο δράσης του, το μέγιστο κλινικό στάδιο, τις εμπορικές ονομασίες, τα συνώνυμα και τους μηχανισμούς δράσης. Ιδανικό για αγωγούς ανακάλυψης φαρμάκων και ταυτοποίησης στόχων, έρευνα θεραπευτικών περιοχών, βιοϊατρική επιστήμη δεδομένων και εργαλεία φαρμακευτικής ευφυΐας. Τα αναγνωριστικά στόχων είναι Ensembl gene ids, τα αναγνωριστικά ασθενειών είναι EFO/MONDO/Orphanet ids, τα αναγνωριστικά φαρμάκων είναι ChEMBL ids. Τα δεδομένα είναι ανοιχτά (CC0).

api.oanor.com/opentargets-api

Η μοριακή βάση δεδομένων KEGG ως API, που υποστηρίζεται από την επίσημη υπηρεσία KEGG REST. Το KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) συνδέει γονιδιώματα, χημεία και ασθένειες. Λάβετε οποιαδήποτε καταχώρηση KEGG αναλυμένη σε JSON — μια μεταβολική ένωση, ομάδα KEGG Orthology (KO), ένζυμο (αριθμός EC), αντίδραση, ενότητα, φάρμακο, ασθένεια, γλυκάνη, γονίδιο ή χάρτη μονοπατιού· αναζητήστε οποιαδήποτε βάση δεδομένων KEGG με όνομα· λίστα καταχωρήσεων μιας βάσης δεδομένων· διασυνδέστε καταχωρήσεις μεταξύ βάσεων δεδομένων (ένα γονίδιο στα μονοπάτια του, ένα μονοπάτι στις ενώσεις του, ένα ένζυμο στις αντιδράσεις του)· και μετατρέψτε αναγνωριστικά KEGG προς και από εξωτερικούς χώρους ονομάτων (NCBI Gene/Protein, UniProt, ChEBI, PubChem). Ιδανικό για συστημική βιολογία και μεταβολομική, χαρτογράφηση ενζύμων και ορθολογίας, έρευνα φαρμάκων και ασθενειών, σχολιασμό γονιδίου-μονοπατιού και μετατροπή αναγνωριστικών βιοπληροφορικής. Τα αναγνωριστικά KEGG έχουν πρόθεμα γράμματος (C ένωση, K ορθολογία, D φάρμακο, H ασθένεια, M ενότητα, R αντίδραση, G γλυκάνη) ή είναι κωδικοποιημένα με οργανισμό (hsa άνθρωπος, eco E. coli).

api.oanor.com/kegg-api

Πληθυσμιακή γενετική ως API, με τη δύναμη του gnomAD (Genome Aggregation Database) του Broad Institute — συχνότητες αλληλόμορφων και γονιδιακοί περιορισμοί συγκεντρωμένοι από πάνω από 800.000 ανθρώπινα εξώματα και γονιδιώματα. Αναζητήστε τις βαθμολογίες περιορισμού ενός γονιδίου (pLI, LOEUF, παρατηρούμενη έναντι αναμενόμενης απώλειας λειτουργίας, missense Z) και γονιδιωματική θέση· λάβετε τις συχνότητες αλληλόμορφων μιας παραλλαγής ανά πληθυσμό καταγωγής (Αφρικανός/Αφροαμερικανός, Ανάμεικτος Αμερικανός, Ασκεναζί Εβραίος, Ανατολικοασιάτης, Φινλανδός, Μη Φινλανδός Ευρωπαίος, Νοτιοασιάτης, Μέσης Ανατολής…) τόσο σε γονιδιωματικά όσο και σε εξωμικά σύνολα, με rsIDs, αριθμούς ομοζυγωτών και προβλεπόμενη συνέπεια· αναζητήστε γονίδια με σύμβολο· διαβάστε τον περιορισμό ενός μεταγράφου· και λίστα παραλλαγών σε μια μικρή γονιδιωματική περιοχή. Υποστηρίζει GRCh38 και GRCh37 και τα σύνολα δεδομένων gnomAD v4/v3/v2. Ιδανικό για κλινική και πληθυσμιακή γενετική, ερμηνεία και ιεράρχηση παραλλαγών, έρευνα σπάνιων νοσημάτων και φαρμακογονιδιωματικής, και βιοπληροφορικές αγωγούς. Τα αναγνωριστικά παραλλαγών είναι chrom-pos-ref-alt.

api.oanor.com/gnomad-api

Η βάση δεδομένων αλληλεπιδράσεων πρωτεϊνών STRING ως API — το επιμελημένο και προβλεπόμενο δίκτυο λειτουργικών συσχετίσεων μεταξύ πρωτεϊνών, που υποστηρίζεται από το επίσημο STRING API. Επιλύστε ονόματα γονιδίων ή πρωτεϊνών σε αναγνωριστικά STRING με σχολιασμούς· λάβετε τους κορυφαίους συνεργάτες αλληλεπίδρασης μιας πρωτεΐνης με συνδυασμένη βαθμολογία εμπιστοσύνης και ανά κανάλι αποδείξεις (πειραματικές, επιμελημένες βάσεις δεδομένων, συνέκφραση, εξόρυξη κειμένου, γονιδιακή σύντηξη, γειτνίαση και συν-εμφάνιση)· δημιουργήστε το δίκτυο αλληλεπιδράσεων μεταξύ ενός συνόλου πρωτεϊνών ως ακμές με βαθμολογία· εκτελέστε λειτουργικό εμπλουτισμό ενός συνόλου γονιδίων σε Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro και άλλα με p-τιμές και ποσοστά ψευδούς ανακάλυψης· και βαθμολογήστε ομολογία μεταξύ πρωτεϊνών. Καλύπτει 12.000+ οργανισμούς (προεπιλογή άνθρωπος, NCBI taxon 9606). Ιδανικό για συστημική βιολογία και δίκτυα βιολογίας, ανάλυση γονιδιακών συνόλων και μονοπατιών, έρευνα φαρμακευτικών στόχων και γονιδίων ασθενειών, και πίνακες ελέγχου βιοπληροφορικής.

api.oanor.com/string-api

Η βάση γνώσεων μονοπατιών Reactome ως API — η ανοιχτή, αξιολογημένη από ομοτίμους βάση δεδομένων βιολογικών μονοπατιών και αντιδράσεων, που υποστηρίζεται από την επίσημη Υπηρεσία Περιεχομένου Reactome. Αναζητήστε την επιμελημένη συλλογή μονοπατιών, αντιδράσεων και μορίων· διαβάστε οποιαδήποτε οντότητα με το σταθερό αναγνωριστικό Reactome (ένα μονοπάτι, αντίδραση, σύμπλοκο ή πρωτεΐνη: όνομα, τύπος, είδος, διαμερίσματα, περίληψη και δείκτης ασθένειας)· λίστα γεγονότων (υπο-μονοπάτια και αντιδράσεις) που περιέχονται σε ένα μονοπάτι· λίστα μορίων που συμμετέχουν σε ένα μονοπάτι ή αντίδραση με τα αναγνωριστικά αναφοράς τους· λάβετε τα κορυφαία μονοπάτια για οποιονδήποτε οργανισμό-μοντέλο· αντιστοιχίστε μια πρωτεΐνη UniProt στα μονοπάτια στα οποία συμμετέχει· και λίστα των υποστηριζόμενων ειδών. Καλύπτει ανθρώπους και 15+ οργανισμούς-μοντέλα σε μεταβολισμό, μεταγωγή σήματος, κυτταρικό κύκλο, ανοσοποιητικό σύστημα, ασθένειες και άλλα. Ιδανικό για συστημική βιολογία και βιοπληροφορικές ροές εργασίας, εργαλεία εμπλουτισμού μονοπατιών και φαρμακευτικών στόχων, εφαρμογές βιοϊατρικής έρευνας, εκπαιδευτικούς πόρους και chatbots επιστημών ζωής.

api.oanor.com/reactome-api

Η RCSB Protein Data Bank ως API — τρισδιάστατες μακρομοριακές δομές πρωτεϊνών, νουκλεϊκών οξέων και συμπλόκων, υποστηριζόμενες από τα επίσημα δεδομένα και τις υπηρεσίες αναζήτησης του RCSB PDB. Λάβετε μια καταχώρηση δομής με το 4-χαρακτήρων αναγνωριστικό PDB για τον τίτλο, τη μέθοδο πειραματισμού (ακτίνες Χ, cryo-EM, NMR), την ανάλυση, λέξεις-κλειδιά, ημερομηνίες κατάθεσης και δημοσίευσης, συγγραφείς, κύρια παραπομπή και μετρήσεις οντοτήτων & συναρμολογήσεων· εκτελέστε αναζήτηση πλήρους κειμένου σε ολόκληρο το αρχείο επιστρέφοντας τα αντίστοιχα αναγνωριστικά PDB και τον συνολικό αριθμό αποτελεσμάτων· διαβάστε μια πολυμερή οντότητα για το όνομα της πρωτεΐνης ή του νουκλεϊκού οξέος, την αλληλουχία μονογραμμάτων, το μήκος, τον οργανισμό προέλευσης, τις αλυσίδες και τα συνδεδεμένα αναγνωριστικά UniProt· διαβάστε μια βιολογική συναρμολόγηση για την ολιγομερή κατάσταση, τη συμμετρία και τις μετρήσεις αλυσίδων & ατόμων· λίστα των συνδεδεμένων προσδετών σε μια δομή με τα αναγνωριστικά συστατικών και τα ονόματά τους· και αναζητήστε οποιοδήποτε χημικό συστατικό (προσδέτη) με κωδικό για τον τύπο, το βάρος, το SMILES και το InChIKey. Ιδανικό για εργαλεία δομικής βιολογίας και ανακάλυψης φαρμάκων, μοριακούς θεατές, βιοπληροφορικές αγωγούς, εκπαιδευτικές εφαρμογές και πίνακες ελέγχου έρευνας.

api.oanor.com/pdb-api

Η βάση δεδομένων γονιδιώματος Ensembl ως API, που υποστηρίζεται από την επίσημη υπηρεσία REST Ensembl του EMBL-EBI. Αναζητήστε οποιοδήποτε γονίδιο με σύμβολο ή σταθερό αναγνωριστικό Ensembl για τον βιότυπο, τη γονιδιωματική θέση, τον κλώνο, την περιγραφή και τα μεταγραφήματά του· εντοπίστε οποιοδήποτε χαρακτηριστικό (γονίδιο, μεταγράφημα, εξώνιο) με σταθερό αναγνωριστικό· ανακτήστε διασταυρούμενες αναφορές εξωτερικών βάσεων δεδομένων· λάβετε παραλλαγές αλληλουχίας με rsID, τα αλληλόμορφά τους, την πιο σοβαρή συνέπεια, τη συχνότητα του σπάνιου αλληλόμορφου, την κλινική σημασία και τις γονιδιωματικές αντιστοιχίσεις· καταγράψτε τα γονίδια, μεταγραφήματα, εξώνια, παραλλαγές ή επαναλήψεις που επικαλύπτουν οποιαδήποτε γονιδιωματική περιοχή· ανακτήστε γονιδιωματικές, cDNA, CDS ή πρωτεϊνικές αλληλουχίες με αναγνωριστικό· και διαβάστε μεταδεδομένα συναρμολόγησης γονιδιώματος, συμπεριλαμβανομένων του καρυότυπου και των μηκών χρωμοσωμάτων. Σε ανθρώπους, ποντίκια και 300+ είδη σπονδυλωτών. Ιδανικό για βιοπληροφορικές σωληνώσεις, περιηγητές γονιδιώματος και εργαλεία σχολιασμού παραλλαγών, εφαρμογές έρευνας γενετικής, πίνακες ελέγχου κλινικής γονιδιωματικής και chatbots επιστημών ζωής.

api.oanor.com/ensembl-api

Η βάση γνώσης πρωτεϊνών UniProt ως API, που υποστηρίζεται από την επίσημη υπηρεσία REST UniProt που επιμελούνται οι EMBL-EBI, SIB και PIR. Αναζητήστε οποιαδήποτε πρωτεΐνη με το αναγνωριστικό UniProt για ονόματα πρωτεϊνών και γονιδίων, οργανισμό, μήκος, μάζα, λειτουργία, λέξεις-κλειδιά, όρους Gene Ontology (GO) και συνδεδεμένες τρισδιάστατες δομές PDB· εκτελέστε αναζητήσεις πλήρους κειμένου πρωτεϊνών φιλτραρισμένες ανά οργανισμό (αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI) και κατάσταση αναθεώρησης Swiss-Prot· λάβετε αλληλουχίες αμινοξέων με FASTA, μοριακό βάρος και άθροισμα ελέγχου CRC64· καταγράψτε χαρακτηριστικά αλληλουχίας όπως πεπτίδια σήματος, αλυσίδες, τομείς, ενεργές θέσεις και θέσεις δέσμευσης, τροποποιημένα κατάλοιπα και φυσικές παραλλαγές, με ανάλυση ανά τύπο· επιλύστε κόμβους ταξινομίας NCBI με την πλήρη γενεαλογία τους· και αντλήστε πρωτεώματα αναφοράς με μετρήσεις πρωτεϊνών και αναγνωριστικά συναρμολόγησης γονιδιώματος. Σε όλα τα βασίλεια της ζωής, από τον άνθρωπο έως τα βακτήρια. Ιδανικό για βιοπληροφορικές σωληνώσεις, εργαλεία ανακάλυψης φαρμάκων και πρωτεωμικής, πίνακες ελέγχου ανάλυσης αλληλουχιών, εφαρμογές ακαδημαϊκής έρευνας και chatbots επιστημών ζωής.

api.oanor.com/uniprot-api