A family's full record
API · /rfam-api
Rfam API
gezond
4,715 Abonnees
De Rfam-database van niet-coderende RNA-families als een API, mogelijk gemaakt door EMBL-EBI. Rfam groepeert functionele RNA's die een gemeenschappelijke evolutionaire oorsprong delen in families, elk gemodelleerd door een covariantiemodel gebouwd uit een samengestelde seed-uitlijning en secundaire structuur. Doorzoek de families op naam, beschrijving of RNA-type — riboswitches en andere cis-regulerende elementen, ribozymen, microRNA-families, ribosomaal RNA, transfer-RNA, kleine nucleaire en kleine nucleolaire RNA's, lange niet-coderende RNA's en CRISPR directe herhalingen — en verkrijg de Rfam-toegang, naam, beschrijving, RNA-type en curatoren van elke familie; lees het volledige record van een familie inclusief de beschrijving, RNA-type-classificatie, de curatoren die het hebben gebouwd, het aantal sequenties in de volledige en seed-uitlijningen, de structuurbron, de curatoropmerking, de clan (groep van verwante families) waartoe het behoort en de Rfam-release; en blader door de families op RNA-klasse. Ideaal voor RNA-biologie, bioinformatica-pijplijnen, niet-coderende RNA-annotatie, vergelijkende genomica en onderwijs. Familie-toegangen zien eruit als RF00005 (transfer-RNA). Gegevens van EMBL-EBI Rfam. Voor eiwitfamilies en -domeinen, zie de InterPro API, voor eiwitsequenties UniProt, voor proteomics-datasets PRIDE en voor metabolomics MetaboLights.
api.oanor.com/rfam-api
API-gezondheid
gezond- Uptime
- 100.00%
- Serversondes · 24 uur
- Gem. latentie
- 724 ms
- Serversondes · 24 uur
- Abonnees
- 4,715
- actief
- Totaal aantal oproepen
- 12
- laatste 7 dagen
Prijzen
Kies een niveau: maandelijks gefactureerd en op elk gewenst moment opzegbaar.
Free
Vrij
- 560 oproepen / maand
- 2 verzoeken / tweede
- Hard cap (429 boven quotum, geen overschrijding)
- 560 oproepen/maand
- 2 verzoeken/sec
- Zoeken, familie & bladeren
- Geen creditcard
Starter
€6.40 /maand
- 20,000 oproepen / maand
- 6 verzoeken / tweede
- Hard cap (429 boven quotum, geen overschrijding)
- 20k oproepen/maand
- 6 verzoeken/sec
- Volledige familiedossiers
- E-mailondersteuning
Pro
€19.80 /maand
- 91,000 oproepen / maand
- 15 verzoeken / tweede
- Hard cap (429 boven quotum, geen overschrijding)
- 91k oproepen/maand
- 15 verzoeken/sec
- RNA-annotatiepijplijnen
- Prioritaire ondersteuning
Mega
€55.00 /maand
- 378,000 oproepen / maand
- 40 verzoeken / tweede
- Hard cap (429 boven quotum, geen overschrijding)
- 378k oproepen/maand
- 40 verzoeken/sec
- High-throughput vergelijkende genomica
- Toegewijde SLA
Gebouwd door
Gerelateerd APIs
Andere APIs met overlappende tags.
Genome Assemblies API
Referentie-genoomassemblages als een API — aangedreven door NCBI Assembly, het register van genoomversies voor organismen in de hele levensboom. Zoek assemblages op organisme (of vrije tekst) en raadpleeg de metadata van elke assemblage: de accession (GCF_… RefSeq of GCA_… GenBank), naam (bijv. GRCh38.p14), organisme en taxon-id, assemblage-niveau (volledig genoom, chromosoom, scaffold of contig), contiguïteitsstatistieken (contig- en scaffold-N50), sequentiedekking, RefSeq-categorie, UCSC- en Ensembl-namen, de indienende organisatie, releasedatum en FTP-downloadpaden. Van het menselijke referentiegenoom tot elk gesequenced microbe, plant of dier, het verandert het genoomassemblage-register in een schone zoek-en-haal API. Een genoomassemblage-register — te onderscheiden van sequentie (ENA), genoomannotatie (Ensembl), variant (ClinVar, dbVar) en genexpressie (GEO) databases. Open data van NCBI Assembly (publiek domein).
api.oanor.com/genomes-api
Gene Expression API
Functionele-genomica-experimenten als een API — aangedreven door NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), de grootste openbare repository van genexpressiegegevens. GEO archiveert expressieseries en samengestelde datasets van microarray- en high-throughput-sequencing-experimenten voor elk organisme. Zoek experimenten op trefwoord en optioneel op organisme, en raadpleeg elke serie of dataset om de metadata te krijgen: titel, samenvatting, assaytype (expressieprofilering door array of door sequencing), organisme, aantal monsters, platform en de publicatie erachter. Van β-celstressstudies tot kankertranscriptomics bij mens en muis, het verandert het GEO-archief in een eenvoudige zoek-en-ophaal-API voor transcriptomics, bio-informatica en onderzoeksgegevensontdekking. Een genexpressie / functionele-genomica-datasetrepository — te onderscheiden van sequentie- (ENA), variant- (ClinVar, dbVar), structuur- (PDB) en ontologiedatabases. Open data van NCBI GEO (publiek domein).
api.oanor.com/geodatasets-api
Structural Variants API
Menselijke genomische structurele variatie als een API — aangedreven door NCBI dbVar, het archief van structurele varianten (SVs): copy-number varianten (CNVs), grote deleties, duplicaties, inserties, inversies en translocaties, typisch groter dan 50 basenparen. Dit is de structurele tegenhanger van single-nucleotide variant databases: zoek naar structurele varianten die een gen overlappen (of via vrije tekst) en verkrijg de dbVar-accessie van elke variant, de studie waar deze vandaan komt, het type, de genen die het overlapt, de genomische plaatsing op GRCh38 en de klinische significantie; zoek vervolgens elke variant op voor het volledige record — plaatsingen op zowel GRCh37- als GRCh38-assemblages, varianttype, genen, klinische significantie, studietype, methoden en varianttellingen. Van BRCA1 CNVs tot Cri-du-chat deleties, het is ideaal voor genomica, cytogenetica, zeldzame ziekten en bioinformatica werk. Een structurele variatie / CNV-bron — anders dan klinische single-nucleotide variant interpretatie (ClinVar), populatie allelfrequenties (gnomAD) en eigenschapsassociaties (GWAS). Open data van NCBI dbVar (publiek domein).
api.oanor.com/dbvar-api
Protein Interactions API
Eiwit-eiwit interactienetwerken als een API — aangedreven door STRING, de database van bekende en voorspelde eiwitassociaties die bewijs uit laboratoriumexperimenten, samengestelde pathway-databases, gen-co-expressie, genomische context en geautomatiseerde tekstmining combineert in één betrouwbaarheidsscore, voor duizenden organismen. Verkrijg de top interactiepartners van een eiwit (elk met de gecombineerde betrouwbaarheidsscore en de zeven bewijskanaal-subscores), het interactienetwerk tussen een willekeurige set eiwitten als gescoorde randen, en functionele verrijking voor een genset — de oververtegenwoordigde GO-termen, KEGG-pathways, Pfam-domeinen en meer, elk met zijn p-waarde, FDR en lidgenen. Geef gensymbolen (TP53) of STRING/Ensembl-id's, voor menselijk (standaard) of elke soort via NCBI-taxon-id. Het is een hoeksteen van systeembiologie — ideaal voor netwerkanalyse, functionele genomica, pathway- en bioinformatica-tools. Een eiwit-interactienetwerk-bron — onderscheiden van biologische pathways (Reactome), samengestelde eiwitcomplexen (Complex Portal) en Gene Ontology-annotaties (QuickGO). Open data van STRING (CC BY 4.0).
api.oanor.com/stringdb-api
Veelgestelde vragen
Snelle antwoorden over prijzen, quota's en integratie.
Hoe krijg ik een API-sleutel voor Rfam API?
Registreer gratis op oanor.com, genereer een API-sleutel in het ontwikkelaarsdashboard en roep Rfam API aan met de x-oanor-key-header. Geen creditcard nodig voor het gratis abonnement.
Wat is de rate-limit voor Rfam API?
Het gratis pakket staat 1 verzoek per seconde toe. Betaalde pakketten schalen tot 50 verzoeken per seconde op het Mega-niveau. Harde limieten geven HTTP 429 boven de quota — geen verrassende meerkosten.
Wat kost Rfam API?
Rfam API heeft een gratis pakket met 100 calls / maand. Betaalde pakketten beginnen bij €6.40 / maand met hogere quota's en snellere rate-limits.
Kan ik mijn abonnement op elk moment opzeggen?
Ja. Abonnementen worden maandelijks gefactureerd en je kunt op elk moment opzeggen via je facturatie-dashboard. Geen langetermijncontracten en geen opzegkosten.
Voldoet Rfam API aan de AVG?
Alle aanvragen aan Rfam API lopen via onze EU-gateway. Je upstream-API-sleutel verlaat nooit onze server en er worden geen persoonsgegevens gedeeld met de upstream-leverancier behalve de aanvraag zelf.
Kies een eindpunt uit de lijst aan de linkerkant om de details ervan te bekijken en het te proberen.
Codefragmenten
Meld u aan om een API-sleutel te krijgen en roep vervolgens een pad onder uw naaktslak aan.
curl https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH \
-H "x-oanor-key: oanor_test_..."const res = await fetch("https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH", {
headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();$ch = curl_init("https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);import requests
r = requests.get(
"https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH",
headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())Beoordelingen
Log in om te beoordelen.
Nog geen beoordelingen.
Discussie
Stel vragen, deel tips, krijg antwoorden van de aanbieder en andere ontwikkelaars. Openbaar — iedereen kan meelezen.
Meld je aan om te schrijven of te antwoorden.
InloggenNieuwe discussie
📌 Vastgepind
🔒 Vergrendeld
·
·
·
-
Antwoord van aanbieder
🔒 Deze discussie is vergrendeld — geen nieuwe antwoorden.
-
·
- Nog geen discussies — start de eerste.
Support
Privé 1:1-support met de aanbieder — facturatie, integratie, account. Alleen jij en het aanbiedersteam zien deze threads.
Meld je aan om een supportticket te openen.
InloggenNieuw ticket openen
Beschrijf waar je hulp bij nodig hebt. Het team krijgt een mail en antwoordt op de ticketpagina.
-
·
Urgent - Nog geen tickets voor deze API.