#life-sciences

BioSamples als API, aangedreven door EMBL-EBI — de database die de metadata van biologische monsters opslaat en koppelt, de fysieke specimens achter biologische experimenten. Een monster in BioSamples heeft een stabiele toegang (zoals SAMEA3231268) en een rijke set kenmerken — organisme, weefsel of orgaandeel, celtype, geslacht, ziekte, ontwikkelingsstadium, stam en alle door de indiener verstrekte attributen — en wordt gerefereerd door andere EBI-archieven, waaronder het European Nucleotide Archive (ENA), ArrayExpress en PRIDE. /v1/search?q=liver doorzoekt monsters op vrije tekst en retourneert de toegang, naam, organisme en releasedatum van elke overeenkomst. /v1/sample?id=SAMEA3231268 retourneert de metadata van een monster — de toegang, naam, NCBI-taxon-id, organisme, release- en updatedatums, het aantal relaties met andere monsters, en de kenmerken afgevlakt tot een schone sleutel→waarde-kaart. Toegangen zien eruit als SAMEA…, SAMN… of SAMD…; haal er een uit het zoekendpoint. Ideaal voor levenswetenschappelijke data-integratie, monstertracking, metadata-harmonisatie en het koppelen van sequencing- of expressiegegevens terug naar het oorspronkelijke specimen. Gegevens van EMBL-EBI BioSamples (openbaar). Dit is een biologisch-monster-metadataregister — te onderscheiden van studie- (BioStudies), sequentie- (ENA), variant- (ClinVar) en structuurdatabases.

api.oanor.com/biosamples-api

BioStudies als API, aangedreven door EMBL-EBI — de database die de beschrijvingen van biologische studies bevat en hun gegevens verbindt over EBI-bronnen heen, waaronder beeldvorming (BioImage Archive), functionele genomica (ArrayExpress), proteomics en de literatuur (Europe PMC). Elke studie heeft een accession, een titel en samenvatting, de collectie waartoe het behoort en links naar de onderliggende gegevens en publicaties. /v1/search?query=covid doorzoekt de studies en retourneert de accession (bijv. S-EPMC8017430), titel, auteur, studietype, releasedatum en link/bestandtellingen van elke overeenkomst. /v1/study?id=S-EPMC8017430 retourneert de metadata van een studie — de accession, de collectie waartoe het behoort (zoals EuropePMC, ArrayExpress of BioImages), titel, samenvatting, releasedatum, auteurs en het aantal gekoppelde bronnen. Accessions zien eruit als S-EPMC8017430 of S-BSST123; haal er een uit het zoekendpoint. Ideaal voor onderzoeksgegevensontdekking, het koppelen van literatuur aan de onderliggende datasets, systematische reviews en reproduceerbaarheidstools. Gegevens van EMBL-EBI BioStudies (openbaar). Dit is een index van studies en datasets metadata — verschillend van de sequentie- (UniProt, ENA), structuur- (PDB, EMDB), variant- (ClinVar) en ontologiedatabases.

api.oanor.com/biostudies-api

Het European Nucleotide Archive (ENA) als API, aangedreven door EMBL-EBI — een van de drie INSDC-partners naast NCBI GenBank en DDBJ, en het uitgebreide openbare archief van 's werelds nucleotidesequentiegegevens. ENA bevat ruwe sequencing-reads, geassembleerde en geannoteerde genomen, individuele sequenties, biologische monsters en de studies erachter, voor elk domein van het leven — de ruggengraatbron voor genomica, microbiologie, ecologie, evolutie en klinisch onderzoek. Deze API biedt een heldere driestappenworkflow over dat archief. Eerst lost /v1/taxon een organismenaam (bijv. "Homo sapiens") op naar zijn NCBI-taxon-id, wetenschappelijke naam, taxonomische rang en volledige afstamming — of zoekt een taxon direct op via id. Vervolgens doorzoekt /v1/search het archief naar records van dat taxon van een gekozen type: genoomassemblages (met assemblagenaam, niveau en basistelling), sequencing-runs (met platform, instrument en leestellingen), biologische monsters (met verzamelingsdatum en land), geannoteerde sequenties, leesexperimenten, analyses, coderende en niet-coderende sequenties, en studies — standaard inclusief alle afstammende taxa, of beperkt tot het exacte taxon. Ten slotte retourneert /v1/record een samenvatting voor elke ENA-accessie — assemblages (GCA_…), studies en projecten (PRJ…), monsters (SAM…/ERS…), sequencing-runs (ERR…/SRR…) en sequenties — met de titel, gegevenstype, taxon, wetenschappelijke naam, basis- en sequentietellingen en openbare status. Ideaal voor bioinformatica-pijplijnen, genoomgegevensontdekking, sequencing-metadata-oogst, biodiversiteits- en metagenomica-tooling, en reproduceerbaarheid van onderzoek. Taxon-id's zien eruit als 9606 (mens); accessies zoals GCA_000001405. Gegevens van EMBL-EBI ENA, een INSDC-archief, gratis te gebruiken.

api.oanor.com/ena-api

MGnify als API, aangedreven door EMBL-EBI — 's werelds grootste gratis bron voor de analyse en archivering van microbiomsequencinggegevens, en de metagenomische zuster van PRIDE (proteomics) en MetaboLights (metabolomics). MGnify bevat tienduizenden openbare metagenomische en metabarcodingstudies die het menselijke darmmicrobioom, mariene en zoetwateromgevingen, bodems, afvalwater, de gebouwde omgeving en gastheer-geassocieerde gemeenschappen omvatten. Doorzoek de studies op trefwoord en verkrijg de MGnify-toegang (MGYS...), naam, samenvatting, bioom, aantal monsters en het bronsequencing BioProject van elke studie; lees de volledige metadata van een studie, inclusief naam en samenvatting, bioomclassificatie, aantal monsters, indienend centrum, openbare status, gegevensherkomst en datum van laatste update; en blader door de GOLD-stijl bioomclassificatieboom — van root:Host-associated:Human:Digestive system tot root:Environmental:Aquatic:Marine — met per-bioom monster- en studietellingen, voor ontdekking per omgeving. Ideaal voor microbiom- en omgevingsgenomica-onderzoek, hergebruik van datasets en meta-analyse, bioinformatica-pijplijnen en onderwijs. Studie-toegangen zien eruit als MGYS00006862. Gegevens van EMBL-EBI MGnify.

api.oanor.com/mgnify-api

Cellosaurus als API, aangedreven door het SIB Swiss Institute of Bioinformatics — de referentie-encyclopedie van cellijnen die in biomedisch onderzoek worden gebruikt. Met meer dan 150.000 vermeldingen, variërend van kankercellijnen, hybridoma's, geïnduceerde pluripotente stamcellen en cellijnen van honderden soorten, is Cellosaurus de gezaghebbende catalogus die onderzoekers gebruiken om de cellijnen achter gepubliceerde experimenten te identificeren en te valideren. Doorzoek de cellijnen op naam of trefwoord en verkrijg de Cellosaurus-toegang (CVCL_…), naam, categorie, soort en ziekte van elke lijn; en lees het volledige record van een cellijn — de naam en synoniemen, categorie (bijv. kankercellijn, hybridoma, stamcel), soort met NCBI-taxonomie-id, geslacht, leeftijd, de ziekte waarvan het is afgeleid met NCIt/ontologie-identificatoren, het weefsel of anatomische plaats van herkomst, de oudercellijn en het aantal afgeleide dochtercellijnen, het aantal literatuurverwijzingen en de vele kruisverwijzingen (naar ATCC, DSMZ, ECACC, Wikidata en meer), relevante webpagina's, en — cruciaal voor reproduceerbaarheid van onderzoek — of de lijn is gemarkeerd als PROBLEMATISCH, wat betekent dat deze verkeerd is geïdentificeerd of kruisbesmet is, samen met de toelichtende notities. Ideaal voor laboratoriumkwaliteitscontrole en cellijnauthenticatie, biomedisch en kankeronderzoek, gegevenscuratie en reproduceerbaarheidscontroles. Toegangen zien eruit als CVCL_0030 (HeLa). Gegevens van Cellosaurus (CC-BY 4.0).

api.oanor.com/cellosaurus-api

De AlphaFold-eiwitstructuurdatabase als API, aangedreven door EMBL-EBI en Google DeepMind. AlphaFold voorspelt de driedimensionale structuur van een eiwit op basis van de aminozuursequentie met experimentele nauwkeurigheid, en de database bevat nu meer dan 200 miljoen eiwitten — bijna elke sequentie in UniProt. Zoek het AlphaFold-model voor elk eiwit op via de UniProt-toegangscode en verkrijg de gen- en eiwitbeschrijving, organisme en sequentielengte, modelversie en aanmaakdatum, de globale betrouwbaarheidsmaatstaf, de volledige aminozuursequentie en directe downloadlinks naar de voorspelde structuur als mmCIF, PDB en BinaryCIF samen met de Predicted Aligned Error (PAE)-plotafbeelding en -gegevens; en lees de structurele dekking van een eiwit — de voorspelde AlphaFold-modellen en eventuele gekoppelde structuren met hun aanbieder, modelcategorie, methode en het gedekte UniProt-residubereik. Ideaal voor structurele biologie, medicijnontdekking en doelwitevaluatie, eiwitengineering, moleculaire visualisatie en onderwijs. Eiwitten worden geïdentificeerd door UniProt-toegangscodes (bijvoorbeeld P00520 of P38398). Gegevens van de AlphaFold DB (CC-BY 4.0). Voor experimenteel bepaalde 3D-structuren, zie de PDB API, voor eiwitsequenties en functionele annotatie de UniProt API, en voor families en domeinen InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

De Complex Portal als API, mogelijk gemaakt door EMBL-EBI — een handmatig samengestelde, encyclopedische database van stabiele macromoleculaire complexen: assemblages van twee of meer eiwitten (en soms nucleïnezuren, liganden of kleine moleculen) die samenwerken als een enkele functionele eenheid, zoals ribosomen, proteasomen, RNA- en DNA-polymerasen, het spliceosoom, ademhalingsketencomplexen en duizenden andere in vele soorten. Zoek de complexen op trefwoord en optioneel op organisme, en verkrijg voor elk complex de Complex Portal-toegang (CPX-…), naam, organisme, beschrijving en of het computationeel voorspeld is; lees een volledig samengesteld record van een complex inclusief de aanbevolen en systematische namen, synoniemen, soort, biologische functie, de deelnemende subeenheden elk met hun molecuulidentificatie (bijvoorbeeld een UniProt-toegang) en stoichiometrie, eventuele geassocieerde liganden en ziekten, het bewijstype en kruisverwijzingen naar UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata en meer; en haal alleen de subeenheidsamenstelling van een complex op. Ideaal voor structurele en systeembiologie, pad- en netwerkanalyse, eiwitfunctieonderzoek en bioinformatica-pijplijnen. Complex-toegangen zien eruit als CPX-6036. Gegevens van EMBL-EBI Complex Portal (IMEx-consortium, CC-BY). Voor eiwit-eiwitinteractienetwerken zie de STRING API, voor eiwitsequenties UniProt, voor biologische routes Reactome en voor families en domeinen InterPro.

api.oanor.com/complexes-api

De Rfam-database van niet-coderende RNA-families als een API, mogelijk gemaakt door EMBL-EBI. Rfam groepeert functionele RNA's die een gemeenschappelijke evolutionaire oorsprong delen in families, elk gemodelleerd door een covariantiemodel gebouwd uit een samengestelde seed-uitlijning en secundaire structuur. Doorzoek de families op naam, beschrijving of RNA-type — riboswitches en andere cis-regulerende elementen, ribozymen, microRNA-families, ribosomaal RNA, transfer-RNA, kleine nucleaire en kleine nucleolaire RNA's, lange niet-coderende RNA's en CRISPR directe herhalingen — en verkrijg de Rfam-toegang, naam, beschrijving, RNA-type en curatoren van elke familie; lees het volledige record van een familie inclusief de beschrijving, RNA-type-classificatie, de curatoren die het hebben gebouwd, het aantal sequenties in de volledige en seed-uitlijningen, de structuurbron, de curatoropmerking, de clan (groep van verwante families) waartoe het behoort en de Rfam-release; en blader door de families op RNA-klasse. Ideaal voor RNA-biologie, bioinformatica-pijplijnen, niet-coderende RNA-annotatie, vergelijkende genomica en onderwijs. Familie-toegangen zien eruit als RF00005 (transfer-RNA). Gegevens van EMBL-EBI Rfam. Voor eiwitfamilies en -domeinen, zie de InterPro API, voor eiwitsequenties UniProt, voor proteomics-datasets PRIDE en voor metabolomics MetaboLights.

api.oanor.com/rfam-api

MetaboLights als API, aangedreven door EMBL-EBI — 's werelds belangrijkste open repository voor metabolomics-experimenten (NMR-spectroscopie en massaspectrometrie) en een zusterbron van PRIDE voor proteomics. Doorzoek de openbare metabolomics-studies op trefwoord (met terugkeer van elke studie's toegangscode, titel, beschrijving en organisme); lees de volledige metadata van een studie inclusief de samenvatting, status, inzendings- en releasedatums, studiedesign-beschrijvingen, experimentele factoren, de analytische assays met hun meettype, technologie en platform, de bijdragers en hun rollen, de gelinkte publicaties met DOI- en PubMed-identificaties, indieners, aantal monsters, FTP-download-URL en datalicentie; inspecteer de analytische workflow — elk protocol met zijn naam, type, beschrijving en parameters (monsterverzameling, extractie, chromatografie, NMR/MS-spectroscopie, datatransformatie en metabolietidentificatie); en vermeld de bestudeerde organismen en organismendelen met hun ontologieteremen. Ideaal voor metabolomics- en systeembiologie-onderzoek, hergebruik van datasets en meta-analyse, bioinformatica-pijplijnen en tools die experimenteel bewijs integreren. Studie-toegangscodes zien eruit als MTBLS1. Gegevens van EMBL-EBI MetaboLights.

api.oanor.com/metabolights-api

Europe PMC als API, aangedreven door EMBL-EBI — een open repository van biomedische en levenswetenschappelijke literatuur met meer dan 45 miljoen abstracts en meer dan 9 miljoen full-text artikelen uit PubMed, PubMed Central, preprint-servers (bioRxiv en medRxiv), patenten en Agricola. Doorzoek de literatuur met rijke veldsyntaxis (op auteur, titel, tijdschrift, MeSH-term, publicatiejaar of open-access-status), sorteer resultaten op relevantie, datum of citatieaantal, en beperk optioneel tot alleen preprints; lees de volledige metadata en samenvatting van een artikel — de auteurs, tijdschrift, volume en pagina's, DOI, PubMed- en PMC-identificatoren, MeSH-termen, trefwoorden, subsidies en links naar de gratis volledige tekst; en doorloop het citatienetwerk in beide richtingen: de artikelen die een bepaald artikel citeren, en de werken waarnaar dat artikel zelf verwijst. Samen stellen deze u in staat om wetenschappelijke impact te meten, citatiegrafieken te bouwen, een onderzoeksthema te volgen via preprints en peer-reviewed artikelen, en bewijs te leveren voor bibliometrische, systematische review- en onderzoeksintelligentie-tools. Artikelidentificatoren zijn PubMed-IDs (numeriek), PMC-IDs (PMC…) of preprint-IDs (PPR…); de bron is standaard PubMed (MED). Gegevens van EMBL-EBI Europe PMC.

api.oanor.com/europepmc-api

Het PRIDE-proteomicsarchief als API, aangedreven door het EMBL-EBI PRIDE Archive — 's werelds grootste openbare repository van massaspectrometrie-proteomicsgegevens en een oprichtend lid van ProteomeXchange. Doorzoek de openbare proteomics-experimenten op trefwoord (met terugkeer van elk project's toegangsnummer, titel, organismen, ziekten en instrumenten); lees de volledige metadata van een project inclusief de beschrijving, trefwoorden, organismen en orgaandelen, massaspectrometrie-instrumenten, software, de geïdentificeerde eiwitmodificaties, monster- en dataverwerkingsprotocollen, indieners, affiliaties en de gekoppelde publicatie (DOI en PubMed); toon de gegevensbestanden van een project met hun categorie, formaat, grootte en een directe downloadlink; en verken facetten — de ziekten, organismen, instrumenten, experimenttypen, software en landen die vertegenwoordigd zijn in overeenkomende projecten — voor ontdekking. Ideaal voor proteomics- en systeembiologieonderzoek, hergebruik van datasets en meta-analyse, bioinformatica-pijplijnen en tools die experimenteel bewijs integreren. Projecttoegangsnummers zien eruit als PXD000001. Gegevens van EMBL-EBI.

api.oanor.com/pride-api

Proteïnefamilies, domeinen en functionele sites als een API, aangedreven door de EBI InterPro-database. InterPro classificeert eiwitten in families en identificeert de domeinen, herhalingen en belangrijke sites die ze bevatten, door de voorspellende handtekeningen van vele lid-databases (Pfam, SMART, PROSITE, CDD, PANTHER, SUPERFAMILY, NCBIfam en meer) te combineren in één geïntegreerde bron. Zoek een InterPro-entry op — een familie, domein, herhaling, geconserveerde/bindende/actieve site of post-translationele modificatie — met de beschrijving, Gene Ontology-termen en de lid-database handtekeningen die het definiëren; doorzoek entries op naam en type; lees de metadata van een eiwit; en, het meest nuttig, toon de InterPro-entries die op een eiwit worden gevonden samen met hun start-eindposities, zodat je de domeinarchitectuur van een eiwit kunt zien. Ideaal voor eiwitannotatie en functievoorspelling, vergelijkende genomica, structurele biologie en bioinformatica-pijplijnen, en onderzoeks- en onderwijs-tools. Entry-id's zijn IPR gevolgd door zes cijfers; eiwit-id's zijn UniProt-toegangsnummers. Gegevens van EMBL-EBI.

api.oanor.com/interpro-api

Geneesmiddeldoelwit-ziekte-associaties als een API, aangedreven door het Open Targets Platform. Open Targets integreert menselijke genetica, genomica, transcriptomica, bekende geneesmiddelen, diermodellen en de wetenschappelijke literatuur om systematisch te scoren hoe sterk een doelwit (gen/eiwit) geassocieerd is met een ziekte — het bewijs dat ten grondslag ligt aan moderne geneesmiddelenontdekking. Zoek over doelwitten, ziekten en geneesmiddelen; lees een doelwit voor zijn goedgekeurde symbool, biotype, functie, genomische locatie en UniProt-IDs samen met de ziekten waarmee het het sterkst geassocieerd is en hun algemene associatiescores; lees een ziekte voor zijn beschrijving, therapeutische gebieden en de top geassocieerde doelwitten met scores; en lees een geneesmiddel voor zijn modaliteit, maximale klinische fase, handelsnamen, synoniemen en werkingsmechanismen. Ideaal voor geneesmiddelenontdekking en doelwitidentificatiepijplijnen, therapeutisch gebiedsonderzoek, biomedische datawetenschap en farmaceutische intelligentietools. Doelwit-IDs zijn Ensembl-gen-IDs, ziekte-IDs zijn EFO/MONDO/Orphanet-IDs, geneesmiddel-IDs zijn ChEMBL-IDs. Gegevens zijn open (CC0).

api.oanor.com/opentargets-api

Populatiegenetica als API, aangedreven door het Broad Institute's gnomAD (Genome Aggregation Database) — allelfrequenties en genconstraint geaggregeerd uit meer dan 800.000 menselijke exomen en genomen. Zoek de constraintscores van een gen (pLI, LOEUF, waargenomen versus verwacht verlies-van-functie, missense Z) en genomische locatie; verkrijg de allelfrequenties van een variant uitgesplitst naar afkomstpopulatie (Afrikaans/Afro-Amerikaans, Gemengd Amerikaans, Asjkenazisch Joods, Oost-Aziatisch, Fins, Niet-Fins Europees, Zuid-Aziatisch, Midden-Oosters…) in zowel genoom- als exoomcallsets, met rsID's, homozygoottellingen en voorspelde consequentie; zoek genen op symbool; lees de constraint van een transcript; en maak een lijst van de varianten in een klein genomisch gebied. Ondersteunt GRCh38 en GRCh37 en de gnomAD v4/v3/v2 datasets. Ideaal voor klinische en populatiegenetica, variantinterpretatie en -prioritering, onderzoek naar zeldzame ziekten en farmacogenomica, en bioinformatica-pijplijnen. Variant-ID's zijn chrom-pos-ref-alt.

api.oanor.com/gnomad-api

De STRING-eiwit-eiwitinteractiedatabase als een API — het samengestelde en voorspelde netwerk van functionele associaties tussen eiwitten, aangedreven door de officiële STRING API. Los gen- of eiwitnamen op naar STRING-identificatoren met annotaties; verkrijg de belangrijkste interactiepartners van een eiwit met een gecombineerde betrouwbaarheidsscore en bewijs per kanaal (experimenteel, samengestelde databases, co-expressie, text-mining, genfusie, nabuurschap en co-occurrence); bouw het interactienetwerk tussen een set eiwitten als gescoorde randen; voer functionele verrijking uit van een genset over Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro en meer met p-waarden en false-discovery rates; en score homologie tussen eiwitten. Bestrijkt 12.000+ organismen (standaard mens, NCBI taxon 9606). Ideaal voor systeembiologie- en netwerkbiologie-pijplijnen, genset- en pathway-analyse, geneesmiddeldoelwit- en ziektegenonderzoek, en bioinformatica-dashboards.

api.oanor.com/string-api

De ChEMBL-database van bioactieve moleculen als een API — de handmatig samengestelde kennisbank van het EBI van geneesmiddelachtige verbindingen en hun biologische activiteit, aangedreven door de officiële ChEMBL data-API. Zoek een verbinding op via zijn ChEMBL-id voor zijn ontwikkelingsfase, chemische structuur (SMILES, InChIKey), molecuulformule en -gewicht, berekende eigenschappen (ALogP, polair oppervlak, waterstofbrugdonoren/acceptoren, Rule-of-Five-overtredingen, QED-geneesmiddelachtigheid) en synoniemen; zoek verbindingen op naam; lees een biologisch doelwit met zijn organisme en UniProt-eiwitcomponenten; vermeld de werkingsmechanismen van een geneesmiddel; vermeld de goedgekeurde en onderzochte indicaties (MeSH- en EFO-termen met ontwikkelingsfase); en haal de gemeten bioactiviteiten (IC50, Ki, EC50, potentie…) op met waarden, eenheden, pChEMBL-scores, assays en doelwitten. Ideaal voor geneesmiddelenontdekkings- en cheminformatica-pijplijnen, medicinale chemie- en farmacologie-tools, doelwitidentificatie- en SAR-onderzoek, en levenswetenschappelijke apps.

api.oanor.com/chembl-api

De Reactome pathway-kennisbank als API — de open, peer-reviewed database van biologische pathways en reacties, aangedreven door de officiële Reactome ContentService. Doorzoek de samengestelde archieven van pathways, reacties en moleculen; lees elke entiteit op basis van zijn Reactome stabiele ID (een pathway, reactie, complex of eiwit: naam, type, soort, compartimenten, samenvatting en ziekte-indicator); toon de gebeurtenissen (sub-pathways en reacties) in een pathway; toon de moleculen die deelnemen aan een pathway of reactie met hun referentie-identificatoren; verkrijg de top-level pathways voor elk modelorganisme; koppel een UniProt-eiwit aan de pathways waarin het deelneemt; en toon de ondersteunde soorten. Omvat mens en 15+ modelorganismen in metabolisme, signaaltransductie, celcyclus, immuunsysteem, ziekte en meer. Ideaal voor systeembiologie en bioinformatica-pijplijnen, pathway-verrijkings- en medicijndoelwit-tools, biomedische onderzoeksapps, lesmateriaal en levenswetenschap-chatbots.

api.oanor.com/reactome-api

De Ensembl-genoomdatabase als een API, aangedreven door de officiële Ensembl REST-service van EMBL-EBI. Zoek elk gen op via symbool of Ensembl stabiel ID voor zijn biotype, genomische locatie, streng, beschrijving en transcripten; los elk kenmerk (gen, transcript, exon) op via stabiel ID; haal externe database-verwijzingen op; haak sequentievarianten op via rsID met hun allelen, meest ernstige consequentie, frequentie van het minst voorkomende allel, klinische significantie en genomische mapping; maak een lijst van de genen, transcripten, exonen, variaties of herhalingen die overlappen met een genomische regio; verkrijg genomische, cDNA, CDS of eiwitsequenties via ID; en lees genoomassemblage-metadata inclusief het karyotype en chromosoomlengtes. Voor mens, muis en 300+ gewervelde soorten. Ideaal voor bioinformatica-pijplijnen, genoomviewers en variantannotatietools, genetisch onderzoeksapps, klinisch-genomische dashboards en levenswetenschap-chatbots.

api.oanor.com/ensembl-api

De UniProt-eiwitkennisdatabase als een API, aangedreven door de officiële UniProt REST-service, samengesteld door EMBL-EBI, SIB en PIR. Zoek elk eiwit op via zijn UniProt-toegangsnummer voor eiwit- en gennamen, organisme, lengte, massa, functie, trefwoorden, Gene Ontology (GO)-termen en gekoppelde PDB 3D-structuren; voer full-text eiwitzoekopdrachten uit, gefilterd op organisme (NCBI-taxon-id) en Swiss-Prot-beoordelingsstatus; haal aminozuursequenties op met FASTA, molecuulgewicht en CRC64-checksum; vermeld sequentiekenmerken zoals signaalpeptiden, ketens, domeinen, actieve en bindingsplaatsen, gemodificeerde residuen en natuurlijke varianten, met een uitsplitsing per type; los NCBI-taxonomieknooppunten op met hun volledige afstamming; en haal referentieproteomen op met eiwitaantallen en genoomassemblage-ID's. Over alle rijken van het leven, van mens tot bacterie. Ideaal voor bioinformatica-pijplijnen, geneesmiddelenontdekking en proteomicatools, sequentieanalyse-dashboards, academische onderzoeksapps en levenswetenschap-chatbots.

api.oanor.com/uniprot-api