#life-sciences

BioSamples ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — η βάση δεδομένων που αποθηκεύει και συνδέει τα μεταδεδομένα βιολογικών δειγμάτων, τα φυσικά δείγματα πίσω από βιολογικά πειράματα. Ένα δείγμα στο BioSamples φέρει μια σταθερή πρόσβαση (όπως SAMEA3231268) και ένα πλούσιο σύνολο χαρακτηριστικών — οργανισμός, ιστός ή μέρος οργανισμού, τύπος κυττάρου, φύλο, ασθένεια, αναπτυξιακό στάδιο, στέλεχος και οποιαδήποτε χαρακτηριστικά παρέχονται από τον υποβάλλοντα — και αναφέρεται από άλλα αρχεία του EBI, συμπεριλαμβανομένων του European Nucleotide Archive (ENA), του ArrayExpress και του PRIDE. Το /v1/search?q=liver αναζητά δείγματα με ελεύθερο κείμενο και επιστρέφει την πρόσβαση, το όνομα, τον οργανισμό και την ημερομηνία κυκλοφορίας κάθε αντιστοιχίας. Το /v1/sample?id=SAMEA3231268 επιστρέφει τα μεταδεδομένα ενός δείγματος — την πρόσβαση, το όνομα, το αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI, τον οργανισμό, τις ημερομηνίες κυκλοφορίας και ενημέρωσης, τον αριθμό σχέσεων με άλλα δείγματα και τα χαρακτηριστικά του που έχουν μετατραπεί σε έναν καθαρό χάρτη κλειδιού→τιμής. Οι προσβάσεις μοιάζουν με SAMEA…, SAMN… ή SAMD…· μπορείτε να λάβετε μία από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για ενοποίηση δεδομένων βιοεπιστημών, παρακολούθηση δειγμάτων, εναρμόνιση μεταδεδομένων και σύνδεση δεδομένων αλληλούχισης ή έκφρασης με το αρχικό δείγμα. Δεδομένα από το EMBL-EBI BioSamples (δημόσια). Πρόκειται για ένα μητρώο μεταδεδομένων βιολογικών δειγμάτων — διακριτό από βάσεις δεδομένων μελετών (BioStudies), αλληλουχιών (ENA), παραλλαγών (ClinVar) και δομών.

api.oanor.com/biosamples-api

Το BioStudies ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — η βάση δεδομένων που περιέχει τις περιγραφές βιολογικών μελετών και συνδέει τα δεδομένα τους σε όλους τους πόρους του EBI, συμπεριλαμβανομένων της απεικόνισης (BioImage Archive), της λειτουργικής γονιδιωματικής (ArrayExpress), της πρωτεομικής και της βιβλιογραφίας (Europe PMC). Κάθε μελέτη έχει έναν κωδικό πρόσβασης, έναν τίτλο και μια περίληψη, τη συλλογή στην οποία ανήκει και συνδέσμους προς τα υποκείμενα δεδομένα και τις δημοσιεύσεις της. Το /v1/search?query=covid αναζητά τις μελέτες και επιστρέφει τον κωδικό πρόσβασης κάθε αντιστοιχίας (π.χ. S-EPMC8017430), τον τίτλο, τον συγγραφέα, τον τύπο μελέτης, την ημερομηνία κυκλοφορίας και τον αριθμό συνδέσμων/αρχείων. Το /v1/study?id=S-EPMC8017430 επιστρέφει τα μεταδεδομένα μιας μελέτης — τον κωδικό πρόσβασης, τη συλλογή στην οποία ανήκει (όπως EuropePMC, ArrayExpress ή BioImages), τον τίτλο, την περίληψη, την ημερομηνία κυκλοφορίας, τους συγγραφείς και τον αριθμό των συνδεδεμένων πόρων. Οι κωδικοί πρόσβασης μοιάζουν με S-EPMC8017430 ή S-BSST123· λάβετε έναν από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για ανακάλυψη ερευνητικών δεδομένων, σύνδεση βιβλιογραφίας με τα υποκείμενα σύνολα δεδομένων, συστηματικές ανασκοπήσεις και εργαλεία αναπαραγωγιμότητας. Δεδομένα από το EMBL-EBI BioStudies (δημόσια). Πρόκειται για ένα ευρετήριο μεταδεδομένων μελετών και συνόλων δεδομένων — διακριτό από τις βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (UniProt, ENA), δομής (PDB, EMDB), παραλλαγών (ClinVar) και οντολογιών.

api.oanor.com/biostudies-api

Το Ευρωπαϊκό Αρχείο Νουκλεοτιδίων (ENA) ως API, υποστηριζόμενο από το EMBL-EBI — ένας από τους τρεις συνεργάτες του INSDC μαζί με τα NCBI GenBank και DDBJ, και το ολοκληρωμένο δημόσιο αρχείο των δεδομένων νουκλεοτιδικών αλληλουχιών του κόσμου. Το ENA περιέχει ακατέργαστες αναγνώσεις αλληλουχιών, συναρμολογημένα και σχολιασμένα γονιδιώματα, μεμονωμένες αλληλουχίες, βιολογικά δείγματα και τις μελέτες πίσω από αυτά, για κάθε τομέα της ζωής — τον βασικό πόρο για γονιδιωματική, μικροβιολογία, οικολογία, εξέλιξη και κλινική έρευνα. Αυτό το API παρέχει μια καθαρή ροή εργασίας τριών βημάτων πάνω από αυτό το αρχείο. Πρώτα, το /v1/taxon αναλύει ένα όνομα οργανισμού (π.χ. "Homo sapiens") στο αναγνωριστικό taxon NCBI, επιστημονική ονομασία, ταξινομική βαθμίδα και πλήρη γενεαλογία — ή αναζητά ένα taxon απευθείας με αναγνωριστικό. Στη συνέχεια, το /v1/search αναζητά στο αρχείο εγγραφές αυτού του taxon ενός επιλεγμένου τύπου: γονιδιωματικές συναρμολογήσεις (με όνομα συναρμολόγησης, επίπεδο και αριθμό βάσεων), αλληλουχίες αλληλούχησης (με πλατφόρμα, όργανο και αριθμούς αναγνώσεων), βιολογικά δείγματα (με ημερομηνία συλλογής και χώρα), σχολιασμένες αλληλουχίες, πειράματα ανάγνωσης, αναλύσεις, κωδικές και μη κωδικές αλληλουχίες και μελέτες — από προεπιλογή συμπεριλαμβάνοντας όλα τα απόγονα taxa, ή περιορισμένα στο ακριβές taxon. Τέλος, το /v1/record επιστρέφει μια περίληψη για οποιαδήποτε πρόσβαση ENA — συναρμολογήσεις (GCA_…), μελέτες και έργα (PRJ…), δείγματα (SAM…/ERS…), αλληλουχίες αλληλούχησης (ERR…/SRR…) και αλληλουχίες — με τον τίτλο, τον τύπο δεδομένων, το taxon, την επιστημονική ονομασία, τον αριθμό βάσεων και αλληλουχιών και τη δημόσια κατάσταση. Ιδανικό για βιοπληροφορικές σωληνώσεις, ανακάλυψη γονιδιωματικών δεδομένων, συλλογή μεταδεδομένων αλληλούχησης, εργαλεία βιοποικιλότητας και μεταγονιδιωματικής και αναπαραγωγιμότητα έρευνας. Τα αναγνωριστικά taxon μοιάζουν με 9606 (άνθρωπος); οι προσβάσεις όπως GCA_000001405. Δεδομένα από το EMBL-EBI ENA, ένα αρχείο INSDC, δωρεάν για χρήση.

api.oanor.com/ena-api

Το MGnify ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — του μεγαλύτερου δωρεάν πόρου στον κόσμο για την ανάλυση και αρχειοθέτηση δεδομένων αλληλούχισης μικροβιώματος, και της αδελφής μεταγονιδιωματικής πλατφόρμας των PRIDE (πρωτεομική) και MetaboLights (μεταβολομική). Το MGnify περιέχει δεκάδες χιλιάδες δημόσιες μεταγονιδιωματικές και μεταβαρκοδικές μελέτες που καλύπτουν το ανθρώπινο εντερικό μικροβίωμα, θαλάσσια και γλυκά νερά, εδάφη, λύματα, το δομημένο περιβάλλον και κοινότητες που σχετίζονται με ξενιστές. Αναζητήστε μελέτες με λέξη-κλειδί, λαμβάνοντας τον αριθμό πρόσβασης MGnify (MGYS...), όνομα, περίληψη, βίωμα, αριθμό δειγμάτων και το πηγαίο BioProject αλληλούχισης· διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα μιας μελέτης, συμπεριλαμβανομένων του ονόματος και της περίληψής της, της ταξινόμησης βιώματος, του αριθμού δειγμάτων, του κέντρου υποβολής, της κατάστασης δημοσιότητας, της προέλευσης δεδομένων και της ημερομηνίας τελευταίας ενημέρωσης· και περιηγηθείτε στο δέντρο ταξινόμησης βιώματος τύπου GOLD — από root:Host-associated:Human:Digestive system έως root:Environmental:Aquatic:Marine — με μετρήσεις δειγμάτων και μελετών ανά βίωμα, για ανακάλυψη ανά περιβάλλον. Ιδανικό για έρευνα μικροβιώματος και περιβαλλοντικής γονιδιωματικής, επαναχρησιμοποίηση δεδομένων και μετα-ανάλυση, βιοπληροφορικές ροές εργασίας και διδασκαλία. Οι αριθμοί πρόσβασης μελετών μοιάζουν με MGYS00006862. Δεδομένα από EMBL-EBI MGnify.

api.oanor.com/mgnify-api

Cellosaurus ως API, με την υποστήριξη του SIB Swiss Institute of Bioinformatics — η εγκυκλοπαίδεια αναφοράς κυτταρικών σειρών που χρησιμοποιούνται στη βιοϊατρική έρευνα. Με περισσότερες από 150.000 εγγραφές που καλύπτουν κυτταρικές σειρές καρκίνου, υβριδώματα, επαγόμενα πολυδύναμα βλαστοκύτταρα και σειρές από εκατοντάδες είδη, το Cellosaurus είναι ο έγκυρος κατάλογος που χρησιμοποιούν οι ερευνητές για να αναγνωρίσουν και να επικυρώσουν τις κυτταρικές σειρές πίσω από δημοσιευμένα πειράματα. Αναζητήστε κυτταρικές σειρές με όνομα ή λέξη-κλειδί, λαμβάνοντας για κάθε σειρά το αναγνωριστικό Cellosaurus (CVCL_…), όνομα, κατηγορία, είδος και ασθένεια· και διαβάστε την πλήρη εγγραφή μιας κυτταρικής σειράς — το όνομα και τα συνώνυμά της, κατηγορία (π.χ. κυτταρική σειρά καρκίνου, υβρίδωμα, βλαστοκύτταρο), είδος με αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI, φύλο, ηλικία, την ασθένεια από την οποία προέρχεται με αναγνωριστικά οντολογίας NCIt, τον ιστό ή την ανατομική θέση προέλευσης, τη μητρική κυτταρική σειρά και τον αριθμό των θυγατρικών σειρών, τον αριθμό των βιβλιογραφικών αναφορών και τις πολλές διασταυρούμενες αναφορές (σε ATCC, DSMZ, ECACC, Wikidata και άλλα), σχετικές ιστοσελίδες, και — κρίσιμο για την αναπαραγωγιμότητα της έρευνας — αν η σειρά επισημαίνεται ως ΠΡΟΒΛΗΜΑΤΙΚΗ, που σημαίνει ότι έχει ταυτοποιηθεί λανθασμένα ή έχει διασταυρωθεί μολυσμένη, μαζί με επεξηγηματικές σημειώσεις. Ιδανικό για ποιοτικό έλεγχο εργαστηρίου και πιστοποίηση κυτταρικών σειρών, βιοϊατρική και καρκινική έρευνα, επιμέλεια δεδομένων και ελέγχους αναπαραγωγιμότητας. Τα αναγνωριστικά μοιάζουν με CVCL_0030 (HeLa). Δεδομένα από Cellosaurus (CC-BY 4.0).

api.oanor.com/cellosaurus-api

Η βάση δεδομένων δομών πρωτεϊνών AlphaFold ως API, με την υποστήριξη των EMBL-EBI και Google DeepMind. Το AlphaFold προβλέπει την τρισδιάστατη δομή μιας πρωτεΐνης από την αλληλουχία αμινοξέων της με ακρίβεια πειραματικού επιπέδου και η βάση δεδομένων καλύπτει πλέον πάνω από 200 εκατομμύρια πρωτεΐνες — σχεδόν κάθε αλληλουχία στο UniProt. Αναζητήστε το μοντέλο AlphaFold για οποιαδήποτε πρωτεΐνη με το αναγνωριστικό UniProt της και λάβετε την περιγραφή γονιδίου και πρωτεΐνης, τον οργανισμό και το μήκος αλληλουχίας, την έκδοση μοντέλου και την ημερομηνία δημιουργίας, τη συνολική μετρική εμπιστοσύνης, την πλήρη αλληλουχία αμινοξέων και άμεσους συνδέσμους λήψης της προβλεπόμενης δομής ως mmCIF, PDB και BinaryCIF μαζί με την εικόνα και τα δεδομένα του Προβλεπόμενου Σφάλματος Ευθυγράμμισης (PAE)· και διαβάστε τη δομική κάλυψη μιας πρωτεΐνης — τα προβλεπόμενα μοντέλα AlphaFold και τυχόν συνδεδεμένες δομές με τον πάροχο, την κατηγορία μοντέλου, τη μέθοδο και το εύρος υπολειμμάτων UniProt που καλύπτεται. Ιδανικό για δομική βιολογία, ανακάλυψη φαρμάκων και αξιολόγηση στόχων, πρωτεϊνική μηχανική, μοριακή οπτικοποίηση και διδασκαλία. Οι πρωτεΐνες αναγνωρίζονται με αναγνωριστικό UniProt (για παράδειγμα P00520 ή P38398). Δεδομένα από τη βάση δεδομένων AlphaFold (CC-BY 4.0). Για πειραματικά προσδιορισμένες τρισδιάστατες δομές, δείτε το API PDB, για αλληλουχίες πρωτεϊνών και λειτουργική σήμανση το API UniProt και για οικογένειες και τομείς το InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

Το Complex Portal ως API, υποστηριζόμενο από το EMBL-EBI — μια χειροκίνητα επιμελημένη, εγκυκλοπαιδική βάση δεδομένων σταθερών μακρομοριακών συμπλόκων: συναρμολογήσεις δύο ή περισσότερων πρωτεϊνών (και μερικές φορές νουκλεϊκών οξέων, προσδεμάτων ή μικρών μορίων) που λειτουργούν μαζί ως μια ενιαία λειτουργική μονάδα, όπως ριβοσώματα, πρωτεασώματα, RNA και DNA πολυμεράσες, το σωμάτιο ματίσματος, σύμπλοκα της αναπνευστικής αλυσίδας και χιλιάδες ακόμη σε πολλά είδη. Αναζητήστε τα σύμπλοκα με λέξη-κλειδί και προαιρετικά με οργανισμό, λαμβάνοντας για κάθε σύμπλοκο την πρόσβαση του Complex Portal (CPX-…), το όνομα, τον οργανισμό, την περιγραφή και αν είναι υπολογιστικά προβλεπόμενο· διαβάστε μια πλήρη επιμελημένη εγγραφή συμπλόκου, συμπεριλαμβανομένων των προτεινόμενων και συστηματικών ονομάτων, συνωνύμων, είδους, βιολογικής λειτουργίας, των συμμετεχόντων υπομονάδων με το αναγνωριστικό μορίου τους (για παράδειγμα μια πρόσβαση UniProt) και στοιχειομετρία, τυχόν σχετικούς προσδέτες και ασθένειες, τον τύπο απόδειξης και διασταυρούμενες αναφορές σε UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata και άλλα· και εξάγετε μόνο τη σύνθεση υπομονάδων ενός συμπλόκου. Ιδανικό για δομική και συστημική βιολογία, ανάλυση μονοπατιών και δικτύων, έρευνα λειτουργίας πρωτεϊνών και βιοπληροφορικές αγωγούς. Οι προσβάσεις συμπλόκων μοιάζουν με CPX-6036. Δεδομένα από το EMBL-EBI Complex Portal (IMEx consortium, CC-BY). Για δίκτυα αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών-πρωτεϊνών δείτε το STRING API, για αλληλουχίες πρωτεϊνών το UniProt, για βιολογικά μονοπάτια το Reactome και για οικογένειες & τομείς το InterPro.

api.oanor.com/complexes-api

Η βάση δεδομένων Rfam οικογενειών μη-κωδικοποιητικών RNA ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI. Το Rfam ομαδοποιεί λειτουργικά RNA που μοιράζονται μια κοινή εξελικτική προέλευση σε οικογένειες, κάθε μία από τις οποίες μοντελοποιείται από ένα μοντέλο συνδιακύμανσης που βασίζεται σε μια επιμελημένη στοίχιση σπόρων και δευτεροταγή δομή. Αναζητήστε τις οικογένειες με όνομα, περιγραφή ή τύπο RNA — ριβοδιακόπτες και άλλα ρυθμιστικά στοιχεία cis, ριβοένζυμα, οικογένειες microRNA, ριβοσωμικά RNA, μεταφορικά RNA, μικρά πυρηνικά και μικρά πυρηνιδιακά RNA, μακρά μη-κωδικοποιητικά RNA και άμεσες επαναλήψεις CRISPR — λαμβάνοντας για κάθε οικογένεια το αναγνωριστικό Rfam, το όνομα, την περιγραφή, τον τύπο RNA και τους επιμελητές· διαβάστε την πλήρη εγγραφή μιας οικογένειας συμπεριλαμβανομένης της περιγραφής της, της ταξινόμησης τύπου RNA, των επιμελητών που την κατασκεύασαν, του αριθμού αλληλουχιών στις πλήρεις και σπορ στοιχίσεις, της πηγής δομής, του σχολίου του επιμελητή, της ομάδας (clan) στην οποία ανήκει και της έκδοσης Rfam· και περιηγηθείτε στις οικογένειες ανά κατηγορία RNA. Ιδανικό για βιολογία RNA, βιοπληροφορικές ροές εργασίας, σχολιασμό μη-κωδικοποιητικών RNA, συγκριτική γονιδιωματική και διδασκαλία. Τα αναγνωριστικά οικογενειών μοιάζουν με RF00005 (μεταφορικό RNA). Δεδομένα από το EMBL-EBI Rfam. Για οικογένειες και τομείς πρωτεϊνών δείτε το API InterPro, για πρωτεϊνικές αλληλουχίες το UniProt, για σύνολα δεδομένων πρωτεομικής το PRIDE και για μεταβολομική το MetaboLights.

api.oanor.com/rfam-api

Το MetaboLights ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — το κορυφαίο ανοιχτό αποθετήριο στον κόσμο για πειράματα μεταβολομικής (φασματοσκοπία NMR και φασματομετρία μάζας) και αδελφός πόρος του PRIDE για πρωτεομική. Αναζητήστε τις δημόσιες μελέτες μεταβολομικής με λέξη-κλειδί (επιστρέφοντας τον κωδικό πρόσβασης, τον τίτλο, την περιγραφή και τον οργανισμό κάθε μελέτης)· διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα μιας μελέτης, συμπεριλαμβανομένης της περίληψης, της κατάστασης, των ημερομηνιών υποβολής και δημοσίευσης, των περιγραφικών παραγόντων σχεδιασμού της μελέτης, των πειραματικών παραγόντων, των αναλυτικών δοκιμασιών με τον τύπο μέτρησης, την τεχνολογία και την πλατφόρμα τους, των συντελεστών και των ρόλων τους, των συνδεδεμένων δημοσιεύσεων με αναγνωριστικά DOI και PubMed, των υποβαλλόντων, του αριθμού δειγμάτων, της διεύθυνσης URL λήψης FTP και της άδειας δεδομένων· επιθεωρήστε την αναλυτική ροή εργασίας — κάθε πρωτόκολλο με το όνομα, τον τύπο, την περιγραφή και τις παραμέτρους του (συλλογή δειγμάτων, εκχύλιση, χρωματογραφία, φασματοσκοπία NMR/MS, μετασχηματισμός δεδομένων και ταυτοποίηση μεταβολιτών)· και καταγράψτε τους οργανισμούς και τα μέρη οργανισμών που μελετήθηκαν με τους όρους οντολογίας τους. Ιδανικό για έρευνα μεταβολομικής και συστημικής βιολογίας, επαναχρησιμοποίηση συνόλων δεδομένων και μετα-ανάλυση, βιοπληροφορικές αγωγούς και εργαλεία που ενσωματώνουν πειραματικές αποδείξεις. Οι κωδικοί πρόσβασης μελετών μοιάζουν με MTBLS1. Δεδομένα από το EMBL-EBI MetaboLights.

api.oanor.com/metabolights-api

Το Europe PMC ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — μια ανοιχτή αποθήκη βιοϊατρικής και βιοεπιστημονικής βιβλιογραφίας που καλύπτει πάνω από 45 εκατομμύρια περιλήψεις και πάνω από 9 εκατομμύρια άρθρα πλήρους κειμένου από το PubMed, το PubMed Central, διακομιστές προεκτυπώσεων (bioRxiv και medRxiv), διπλώματα ευρεσιτεχνίας και την Agricola. Αναζητήστε τη βιβλιογραφία με πλούσια σύνταξη πεδίων (κατά συγγραφέα, τίτλο, περιοδικό, όρο MeSH, έτος δημοσίευσης ή κατάσταση ανοικτής πρόσβασης), ταξινομώντας τα αποτελέσματα κατά συνάφεια, ημερομηνία ή αριθμό αναφορών, και προαιρετικά περιορίζοντας μόνο σε προεκτυπώσεις· διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα και την περίληψη ενός άρθρου — τους συγγραφείς του, το περιοδικό, τον τόμο και τις σελίδες, το DOI, τα αναγνωριστικά PubMed και PMC, τους όρους MeSH, λέξεις-κλειδιά, επιχορηγήσεις και συνδέσμους προς το δωρεάν πλήρες κείμενο· και περιηγηθείτε στο δίκτυο αναφορών και προς τις δύο κατευθύνσεις: τα άρθρα που αναφέρουν μια δεδομένη εργασία και τα έργα που η ίδια η εργασία αναφέρει. Μαζί, αυτά σας επιτρέπουν να μετράτε τον ακαδημαϊκό αντίκτυπο, να δημιουργείτε γραφήματα αναφορών, να παρακολουθείτε ένα ερευνητικό θέμα σε προεκτυπώσεις και άρθρα με κριτές, και να τροφοδοτείτε στοιχεία σε εργαλεία βιβλιομετρίας, συστηματικής ανασκόπησης και ερευνητικής ευφυΐας. Τα αναγνωριστικά άρθρων είναι αναγνωριστικά PubMed (αριθμητικά), αναγνωριστικά PMC (PMC…) ή αναγνωριστικά προεκτύπωσης (PPR…)· η προεπιλεγμένη πηγή είναι το PubMed (MED). Δεδομένα από το EMBL-EBI Europe PMC.

api.oanor.com/europepmc-api

Το αρχείο πρωτεομικής PRIDE ως API, που υποστηρίζεται από το EMBL-EBI PRIDE Archive — το μεγαλύτερο δημόσιο αποθετήριο δεδομένων πρωτεομικής φασματομετρίας μάζας στον κόσμο και ιδρυτικό μέλος του ProteomeXchange. Αναζητήστε δημόσια πειράματα πρωτεομικής με λέξη-κλειδί (επιστρέφοντας το accession, τον τίτλο, τους οργανισμούς, τις ασθένειες και τα όργανα κάθε έργου). Διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα ενός έργου, συμπεριλαμβανομένων της περιγραφής, των λέξεων-κλειδιών, των οργανισμών και των μερών οργανισμών, των οργάνων φασματομετρίας μάζας, του λογισμικού, των ταυτοποιημένων τροποποιήσεων πρωτεϊνών, των πρωτοκόλλων επεξεργασίας δειγμάτων και δεδομένων, των υποβαλλόντων, των συνεργασιών και της συνδεδεμένης δημοσίευσης (DOI και PubMed). Καταγράψτε τα αρχεία δεδομένων ενός έργου με την κατηγορία, τη μορφή, το μέγεθος και έναν άμεσο σύνδεσμο λήψης. Εξερευνήστε πτυχές — τις ασθένειες, τους οργανισμούς, τα όργανα, τους τύπους πειραμάτων, το λογισμικό και τις χώρες που εκπροσωπούνται σε αντίστοιχα έργα — για ανακάλυψη. Ιδανικό για έρευνα πρωτεομικής και συστημικής βιολογίας, επαναχρησιμοποίηση συνόλων δεδομένων και μετα-ανάλυση, βιοπληροφορικές ροές εργασίας και εργαλεία που ενσωματώνουν πειραματικά δεδομένα. Τα accessions έργων μοιάζουν με PXD000001. Δεδομένα από EMBL-EBI.

api.oanor.com/pride-api

Οικογένειες πρωτεϊνών, τομείς και λειτουργικές θέσεις ως API, με τη δύναμη της βάσης δεδομένων EBI InterPro. Το InterPro ταξινομεί τις πρωτεΐνες σε οικογένειες και αναγνωρίζει τους τομείς, τις επαναλήψεις και τις σημαντικές θέσεις που περιέχουν, συνδυάζοντας τις προγνωστικές υπογραφές πολλών μελών βάσεων δεδομένων (Pfam, SMART, PROSITE, CDD, PANTHER, SUPERFAMILY, NCBIfam και άλλες) σε έναν ενιαίο ολοκληρωμένο πόρο. Αναζητήστε μια καταχώρηση InterPro — μια οικογένεια, τομέα, επανάληψη, συντηρημένη/δεσμευτική/ενεργή θέση ή μετα-μεταφραστική τροποποίηση — με την περιγραφή της, όρους Gene Ontology και τις υπογραφές των μελών βάσεων δεδομένων που την ορίζουν· αναζητήστε καταχωρήσεις με όνομα και τύπο· διαβάστε τα μεταδεδομένα μιας πρωτεΐνης· και, το πιο χρήσιμο, δείτε τις καταχωρήσεις InterPro που βρίσκονται σε μια πρωτεΐνη μαζί με τις θέσεις έναρξης-λήξης τους, ώστε να μπορείτε να δείτε την αρχιτεκτονική τομέων μιας πρωτεΐνης. Ιδανικό για σχολιασμό πρωτεϊνών και πρόβλεψη λειτουργίας, συγκριτική γονιδιωματική, δομική βιολογία και βιοπληροφορικές ροές εργασίας, καθώς και εργαλεία έρευνας και διδασκαλίας. Τα αναγνωριστικά καταχωρήσεων είναι IPR ακολουθούμενα από έξι ψηφία· τα αναγνωριστικά πρωτεϊνών είναι προσβάσεις UniProt. Δεδομένα από EMBL-EBI.

api.oanor.com/interpro-api

Συσχετίσεις φαρμακευτικών στόχων–ασθενειών ως API, με τη δύναμη της πλατφόρμας Open Targets. Το Open Targets ενσωματώνει ανθρώπινη γενετική, γονιδιωματική, μεταγραφομική, γνωστά φάρμακα, ζωικά μοντέλα και την επιστημονική βιβλιογραφία για να βαθμολογήσει συστηματικά πόσο ισχυρά συνδέεται ένας στόχος (γονίδιο/πρωτεΐνη) με μια ασθένεια — τα στοιχεία που στηρίζουν τη σύγχρονη ανακάλυψη φαρμάκων. Αναζητήστε σε στόχους, ασθένειες και φάρμακα· διαβάστε έναν στόχο για το εγκεκριμένο σύμβολό του, τον βιότυπο, τη λειτουργία, τη γονιδιωματική θέση και τα αναγνωριστικά UniProt μαζί με τις ασθένειες με τις οποίες συνδέεται πιο ισχυρά και τις συνολικές βαθμολογίες συσχέτισης· διαβάστε μια ασθένεια για την περιγραφή της, τις θεραπευτικές περιοχές και τους κορυφαίους συνδεδεμένους στόχους με βαθμολογίες· και διαβάστε ένα φάρμακο για τον τρόπο δράσης του, το μέγιστο κλινικό στάδιο, τις εμπορικές ονομασίες, τα συνώνυμα και τους μηχανισμούς δράσης. Ιδανικό για αγωγούς ανακάλυψης φαρμάκων και ταυτοποίησης στόχων, έρευνα θεραπευτικών περιοχών, βιοϊατρική επιστήμη δεδομένων και εργαλεία φαρμακευτικής ευφυΐας. Τα αναγνωριστικά στόχων είναι Ensembl gene ids, τα αναγνωριστικά ασθενειών είναι EFO/MONDO/Orphanet ids, τα αναγνωριστικά φαρμάκων είναι ChEMBL ids. Τα δεδομένα είναι ανοιχτά (CC0).

api.oanor.com/opentargets-api

Πληθυσμιακή γενετική ως API, με τη δύναμη του gnomAD (Genome Aggregation Database) του Broad Institute — συχνότητες αλληλόμορφων και γονιδιακοί περιορισμοί συγκεντρωμένοι από πάνω από 800.000 ανθρώπινα εξώματα και γονιδιώματα. Αναζητήστε τις βαθμολογίες περιορισμού ενός γονιδίου (pLI, LOEUF, παρατηρούμενη έναντι αναμενόμενης απώλειας λειτουργίας, missense Z) και γονιδιωματική θέση· λάβετε τις συχνότητες αλληλόμορφων μιας παραλλαγής ανά πληθυσμό καταγωγής (Αφρικανός/Αφροαμερικανός, Ανάμεικτος Αμερικανός, Ασκεναζί Εβραίος, Ανατολικοασιάτης, Φινλανδός, Μη Φινλανδός Ευρωπαίος, Νοτιοασιάτης, Μέσης Ανατολής…) τόσο σε γονιδιωματικά όσο και σε εξωμικά σύνολα, με rsIDs, αριθμούς ομοζυγωτών και προβλεπόμενη συνέπεια· αναζητήστε γονίδια με σύμβολο· διαβάστε τον περιορισμό ενός μεταγράφου· και λίστα παραλλαγών σε μια μικρή γονιδιωματική περιοχή. Υποστηρίζει GRCh38 και GRCh37 και τα σύνολα δεδομένων gnomAD v4/v3/v2. Ιδανικό για κλινική και πληθυσμιακή γενετική, ερμηνεία και ιεράρχηση παραλλαγών, έρευνα σπάνιων νοσημάτων και φαρμακογονιδιωματικής, και βιοπληροφορικές αγωγούς. Τα αναγνωριστικά παραλλαγών είναι chrom-pos-ref-alt.

api.oanor.com/gnomad-api

Η βάση δεδομένων αλληλεπιδράσεων πρωτεϊνών STRING ως API — το επιμελημένο και προβλεπόμενο δίκτυο λειτουργικών συσχετίσεων μεταξύ πρωτεϊνών, που υποστηρίζεται από το επίσημο STRING API. Επιλύστε ονόματα γονιδίων ή πρωτεϊνών σε αναγνωριστικά STRING με σχολιασμούς· λάβετε τους κορυφαίους συνεργάτες αλληλεπίδρασης μιας πρωτεΐνης με συνδυασμένη βαθμολογία εμπιστοσύνης και ανά κανάλι αποδείξεις (πειραματικές, επιμελημένες βάσεις δεδομένων, συνέκφραση, εξόρυξη κειμένου, γονιδιακή σύντηξη, γειτνίαση και συν-εμφάνιση)· δημιουργήστε το δίκτυο αλληλεπιδράσεων μεταξύ ενός συνόλου πρωτεϊνών ως ακμές με βαθμολογία· εκτελέστε λειτουργικό εμπλουτισμό ενός συνόλου γονιδίων σε Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro και άλλα με p-τιμές και ποσοστά ψευδούς ανακάλυψης· και βαθμολογήστε ομολογία μεταξύ πρωτεϊνών. Καλύπτει 12.000+ οργανισμούς (προεπιλογή άνθρωπος, NCBI taxon 9606). Ιδανικό για συστημική βιολογία και δίκτυα βιολογίας, ανάλυση γονιδιακών συνόλων και μονοπατιών, έρευνα φαρμακευτικών στόχων και γονιδίων ασθενειών, και πίνακες ελέγχου βιοπληροφορικής.

api.oanor.com/string-api

Η βάση δεδομένων ChEMBL βιοδραστικών μορίων ως API — η χειροκίνητα επιμελημένη βάση γνώσης του EBI για ενώσεις που μοιάζουν με φάρμακα και τη βιολογική τους δράση, τροφοδοτούμενη από το επίσημο ChEMBL data API. Αναζητήστε μια ένωση με το ChEMBL id της για τη φάση ανάπτυξης, τη χημική δομή (SMILES, InChIKey), τον μοριακό τύπο και βάρος, υπολογισμένες ιδιότητες (ALogP, πολική επιφάνεια, δότες/αποδέκτες δεσμών υδρογόνου, παραβιάσεις του κανόνα των πέντε, QED φαρμακομορφικότητα) και συνώνυμα· αναζητήστε ενώσεις με όνομα· διαβάστε έναν βιολογικό στόχο με τον οργανισμό του και τα συστατικά πρωτεΐνης UniProt· καταγράψτε τους μηχανισμούς δράσης ενός φαρμάκου· καταγράψτε τις εγκεκριμένες και υπό διερεύνηση ενδείξεις του (όροι MeSH και EFO με φάση ανάπτυξης)· και αντλήστε τις μετρημένες βιοδραστικότητές του (IC50, Ki, EC50, δραστικότητα…) με τιμές, μονάδες, βαθμολογίες pChEMBL, δοκιμασίες και στόχους. Ιδανικό για αγωγούς ανακάλυψης φαρμάκων και χημειοπληροφορικής, εργαλεία φαρμακευτικής χημείας και φαρμακολογίας, έρευνα ταυτοποίησης στόχων και SAR, και εφαρμογές βιοεπιστημών.

api.oanor.com/chembl-api

Η βάση γνώσεων μονοπατιών Reactome ως API — η ανοιχτή, αξιολογημένη από ομοτίμους βάση δεδομένων βιολογικών μονοπατιών και αντιδράσεων, που υποστηρίζεται από την επίσημη Υπηρεσία Περιεχομένου Reactome. Αναζητήστε την επιμελημένη συλλογή μονοπατιών, αντιδράσεων και μορίων· διαβάστε οποιαδήποτε οντότητα με το σταθερό αναγνωριστικό Reactome (ένα μονοπάτι, αντίδραση, σύμπλοκο ή πρωτεΐνη: όνομα, τύπος, είδος, διαμερίσματα, περίληψη και δείκτης ασθένειας)· λίστα γεγονότων (υπο-μονοπάτια και αντιδράσεις) που περιέχονται σε ένα μονοπάτι· λίστα μορίων που συμμετέχουν σε ένα μονοπάτι ή αντίδραση με τα αναγνωριστικά αναφοράς τους· λάβετε τα κορυφαία μονοπάτια για οποιονδήποτε οργανισμό-μοντέλο· αντιστοιχίστε μια πρωτεΐνη UniProt στα μονοπάτια στα οποία συμμετέχει· και λίστα των υποστηριζόμενων ειδών. Καλύπτει ανθρώπους και 15+ οργανισμούς-μοντέλα σε μεταβολισμό, μεταγωγή σήματος, κυτταρικό κύκλο, ανοσοποιητικό σύστημα, ασθένειες και άλλα. Ιδανικό για συστημική βιολογία και βιοπληροφορικές ροές εργασίας, εργαλεία εμπλουτισμού μονοπατιών και φαρμακευτικών στόχων, εφαρμογές βιοϊατρικής έρευνας, εκπαιδευτικούς πόρους και chatbots επιστημών ζωής.

api.oanor.com/reactome-api

Η βάση δεδομένων γονιδιώματος Ensembl ως API, που υποστηρίζεται από την επίσημη υπηρεσία REST Ensembl του EMBL-EBI. Αναζητήστε οποιοδήποτε γονίδιο με σύμβολο ή σταθερό αναγνωριστικό Ensembl για τον βιότυπο, τη γονιδιωματική θέση, τον κλώνο, την περιγραφή και τα μεταγραφήματά του· εντοπίστε οποιοδήποτε χαρακτηριστικό (γονίδιο, μεταγράφημα, εξώνιο) με σταθερό αναγνωριστικό· ανακτήστε διασταυρούμενες αναφορές εξωτερικών βάσεων δεδομένων· λάβετε παραλλαγές αλληλουχίας με rsID, τα αλληλόμορφά τους, την πιο σοβαρή συνέπεια, τη συχνότητα του σπάνιου αλληλόμορφου, την κλινική σημασία και τις γονιδιωματικές αντιστοιχίσεις· καταγράψτε τα γονίδια, μεταγραφήματα, εξώνια, παραλλαγές ή επαναλήψεις που επικαλύπτουν οποιαδήποτε γονιδιωματική περιοχή· ανακτήστε γονιδιωματικές, cDNA, CDS ή πρωτεϊνικές αλληλουχίες με αναγνωριστικό· και διαβάστε μεταδεδομένα συναρμολόγησης γονιδιώματος, συμπεριλαμβανομένων του καρυότυπου και των μηκών χρωμοσωμάτων. Σε ανθρώπους, ποντίκια και 300+ είδη σπονδυλωτών. Ιδανικό για βιοπληροφορικές σωληνώσεις, περιηγητές γονιδιώματος και εργαλεία σχολιασμού παραλλαγών, εφαρμογές έρευνας γενετικής, πίνακες ελέγχου κλινικής γονιδιωματικής και chatbots επιστημών ζωής.

api.oanor.com/ensembl-api

Η βάση γνώσης πρωτεϊνών UniProt ως API, που υποστηρίζεται από την επίσημη υπηρεσία REST UniProt που επιμελούνται οι EMBL-EBI, SIB και PIR. Αναζητήστε οποιαδήποτε πρωτεΐνη με το αναγνωριστικό UniProt για ονόματα πρωτεϊνών και γονιδίων, οργανισμό, μήκος, μάζα, λειτουργία, λέξεις-κλειδιά, όρους Gene Ontology (GO) και συνδεδεμένες τρισδιάστατες δομές PDB· εκτελέστε αναζητήσεις πλήρους κειμένου πρωτεϊνών φιλτραρισμένες ανά οργανισμό (αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI) και κατάσταση αναθεώρησης Swiss-Prot· λάβετε αλληλουχίες αμινοξέων με FASTA, μοριακό βάρος και άθροισμα ελέγχου CRC64· καταγράψτε χαρακτηριστικά αλληλουχίας όπως πεπτίδια σήματος, αλυσίδες, τομείς, ενεργές θέσεις και θέσεις δέσμευσης, τροποποιημένα κατάλοιπα και φυσικές παραλλαγές, με ανάλυση ανά τύπο· επιλύστε κόμβους ταξινομίας NCBI με την πλήρη γενεαλογία τους· και αντλήστε πρωτεώματα αναφοράς με μετρήσεις πρωτεϊνών και αναγνωριστικά συναρμολόγησης γονιδιώματος. Σε όλα τα βασίλεια της ζωής, από τον άνθρωπο έως τα βακτήρια. Ιδανικό για βιοπληροφορικές σωληνώσεις, εργαλεία ανακάλυψης φαρμάκων και πρωτεωμικής, πίνακες ελέγχου ανάλυσης αλληλουχιών, εφαρμογές ακαδημαϊκής έρευνας και chatbots επιστημών ζωής.

api.oanor.com/uniprot-api