#proteins

Genfunctie als API — aangedreven door EMBL-EBI's QuickGO en de Gene Ontology (GO), de standaard vocabulaire die beschrijft wat genproducten doen over drie aspecten: moleculaire functie, biologisch proces en cellulaire component. Gegeven een gen of eiwit (een UniProt-accessie), vermeld elke GO-annotatie die ervoor is gemaakt — de GO-term, het aspect, de kwalificatie, de bewijscode, de ondersteunende referentie (bijv. een PubMed-id), het organisme en wie het heeft toegewezen — optioneel gefilterd op aspect of organisme. Zoek elke GO-term op om de definitie, het aspect, synoniemen en het aantal kindtermen te krijgen; en doorzoek de ontologie op naam om de juiste GO-termen te vinden. GO-termnamen worden automatisch opgelost bij annotaties. Van TP53 tot elk eiwit in elke soort, het is de ruggengraat van functionele genomica — ideaal voor verrijkingsanalyse, annotatiepijplijnen, bio-informatica en onderzoekstools. Een gen-functieannotatiebron (welke genen welke functies hebben, met bewijs) — anders dan generieke ontologie-termopzoekingen. Open data van EMBL-EBI QuickGO en het GO Consortium (CC BY 4.0).

api.oanor.com/quickgo-api

De Complex Portal als API, mogelijk gemaakt door EMBL-EBI — een handmatig samengestelde, encyclopedische database van stabiele macromoleculaire complexen: assemblages van twee of meer eiwitten (en soms nucleïnezuren, liganden of kleine moleculen) die samenwerken als een enkele functionele eenheid, zoals ribosomen, proteasomen, RNA- en DNA-polymerasen, het spliceosoom, ademhalingsketencomplexen en duizenden andere in vele soorten. Zoek de complexen op trefwoord en optioneel op organisme, en verkrijg voor elk complex de Complex Portal-toegang (CPX-…), naam, organisme, beschrijving en of het computationeel voorspeld is; lees een volledig samengesteld record van een complex inclusief de aanbevolen en systematische namen, synoniemen, soort, biologische functie, de deelnemende subeenheden elk met hun molecuulidentificatie (bijvoorbeeld een UniProt-toegang) en stoichiometrie, eventuele geassocieerde liganden en ziekten, het bewijstype en kruisverwijzingen naar UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata en meer; en haal alleen de subeenheidsamenstelling van een complex op. Ideaal voor structurele en systeembiologie, pad- en netwerkanalyse, eiwitfunctieonderzoek en bioinformatica-pijplijnen. Complex-toegangen zien eruit als CPX-6036. Gegevens van EMBL-EBI Complex Portal (IMEx-consortium, CC-BY). Voor eiwit-eiwitinteractienetwerken zie de STRING API, voor eiwitsequenties UniProt, voor biologische routes Reactome en voor families en domeinen InterPro.

api.oanor.com/complexes-api