#proteins

Γονιδιακή λειτουργία ως API — υποστηρίζεται από το QuickGO του EMBL-EBI και τη Γονιδιακή Οντολογία (GO), το πρότυπο λεξιλόγιο που περιγράφει τι κάνουν τα γονιδιακά προϊόντα σε τρεις πτυχές: μοριακή λειτουργία, βιολογική διαδικασία και κυτταρικό συστατικό. Δεδομένου ενός γονιδίου ή πρωτεΐνης (μιας πρόσβασης UniProt), καταγράψτε κάθε σχόλιο GO που έγινε για αυτό — τον όρο GO, την πτυχή του, τον προσδιοριστή, τον κωδικό απόδειξης, την υποστηρικτική αναφορά (π.χ. ένα PubMed id), τον οργανισμό και ποιος το ανέθεσε — προαιρετικά φιλτραρισμένο ανά πτυχή ή οργανισμό. Αναζητήστε οποιονδήποτε όρο GO για να λάβετε τον ορισμό του, την πτυχή, τα συνώνυμα και τον αριθμό των θυγατρικών όρων· και αναζητήστε την οντολογία με όνομα για να βρείτε τους σωστούς όρους GO. Τα ονόματα όρων GO επιλύονται αυτόματα στις σχολιασμούς. Από το TP53 έως οποιαδήποτε πρωτεΐνη σε οποιοδήποτε είδος, είναι η ραχοκοκαλιά της λειτουργικής γονιδιωματικής — ιδανικό για ανάλυση εμπλουτισμού, αγωγούς σχολιασμού, βιοπληροφορική και ερευνητικά εργαλεία. Ένας πόρος σχολιασμού γονιδιακής λειτουργίας (ποια γονίδια έχουν ποιες λειτουργίες, με αποδείξεις) — διακριτός από τη γενική αναζήτηση όρων οντολογίας. Ανοιχτά δεδομένα από το QuickGO του EMBL-EBI και την Κοινοπραξία GO (CC BY 4.0).

api.oanor.com/quickgo-api

Το Complex Portal ως API, υποστηριζόμενο από το EMBL-EBI — μια χειροκίνητα επιμελημένη, εγκυκλοπαιδική βάση δεδομένων σταθερών μακρομοριακών συμπλόκων: συναρμολογήσεις δύο ή περισσότερων πρωτεϊνών (και μερικές φορές νουκλεϊκών οξέων, προσδεμάτων ή μικρών μορίων) που λειτουργούν μαζί ως μια ενιαία λειτουργική μονάδα, όπως ριβοσώματα, πρωτεασώματα, RNA και DNA πολυμεράσες, το σωμάτιο ματίσματος, σύμπλοκα της αναπνευστικής αλυσίδας και χιλιάδες ακόμη σε πολλά είδη. Αναζητήστε τα σύμπλοκα με λέξη-κλειδί και προαιρετικά με οργανισμό, λαμβάνοντας για κάθε σύμπλοκο την πρόσβαση του Complex Portal (CPX-…), το όνομα, τον οργανισμό, την περιγραφή και αν είναι υπολογιστικά προβλεπόμενο· διαβάστε μια πλήρη επιμελημένη εγγραφή συμπλόκου, συμπεριλαμβανομένων των προτεινόμενων και συστηματικών ονομάτων, συνωνύμων, είδους, βιολογικής λειτουργίας, των συμμετεχόντων υπομονάδων με το αναγνωριστικό μορίου τους (για παράδειγμα μια πρόσβαση UniProt) και στοιχειομετρία, τυχόν σχετικούς προσδέτες και ασθένειες, τον τύπο απόδειξης και διασταυρούμενες αναφορές σε UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata και άλλα· και εξάγετε μόνο τη σύνθεση υπομονάδων ενός συμπλόκου. Ιδανικό για δομική και συστημική βιολογία, ανάλυση μονοπατιών και δικτύων, έρευνα λειτουργίας πρωτεϊνών και βιοπληροφορικές αγωγούς. Οι προσβάσεις συμπλόκων μοιάζουν με CPX-6036. Δεδομένα από το EMBL-EBI Complex Portal (IMEx consortium, CC-BY). Για δίκτυα αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών-πρωτεϊνών δείτε το STRING API, για αλληλουχίες πρωτεϊνών το UniProt, για βιολογικά μονοπάτια το Reactome και για οικογένειες & τομείς το InterPro.

api.oanor.com/complexes-api