#proteins

Genfunktion als API – betrieben durch EMBL-EBIs QuickGO und die Gene Ontology (GO), das Standardvokabular, das beschreibt, was Genprodukte in drei Aspekten tun: molekulare Funktion, biologischer Prozess und zelluläre Komponente. Geben Sie ein Gen oder Protein (eine UniProt-Zugangsnummer) an, listen Sie jede GO-Annotation auf, die dafür erstellt wurde – den GO-Term, seinen Aspekt, den Qualifier, den Evidenzcode, die unterstützende Referenz (z. B. eine PubMed-ID), den Organismus und wer sie zugewiesen hat – optional gefiltert nach Aspekt oder Organismus. Schlagen Sie jeden GO-Term nach, um seine Definition, seinen Aspekt, Synonyme und die Anzahl der Kindterme zu erhalten; und durchsuchen Sie die Ontologie nach Namen, um die richtigen GO-Terme zu finden. GO-Termnamen werden bei Annotationen automatisch aufgelöst. Von TP53 bis zu jedem Protein in jeder Spezies ist es das Rückgrat der funktionellen Genomik – ideal für Anreicherungsanalysen, Annotationspipelines, Bioinformatik und Forschungswerkzeuge. Eine Genfunktions-Annotationsressource (welche Gene welche Funktionen haben, mit Evidenz) – unterschieden von generischer Ontologie-Term-Suche. Offene Daten von EMBL-EBI QuickGO und dem GO Consortium (CC BY 4.0).

api.oanor.com/quickgo-api

Das Complex Portal als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – eine manuell kuratierte, enzyklopädische Datenbank stabiler makromolekularer Komplexe: Ansammlungen von zwei oder mehr Proteinen (und manchmal Nukleinsäuren, Liganden oder kleinen Molekülen), die als eine einzige funktionelle Einheit zusammenarbeiten, wie Ribosomen, Proteasomen, RNA- und DNA-Polymerasen, das Spleißosom, Atmungskettenkomplexe und Tausende weitere in vielen Spezies. Durchsuchen Sie die Komplexe nach Stichwort und optional nach Organismus, und erhalten Sie für jeden Komplex die Complex Portal-Zugangsnummer (CPX-…), den Namen, den Organismus, die Beschreibung und ob er rechnerisch vorhergesagt ist; lesen Sie den vollständigen kuratierten Datensatz eines Komplexes, einschließlich seiner empfohlenen und systematischen Namen, Synonyme, Spezies, biologischen Funktion, der beteiligten Untereinheiten jeweils mit ihrer Molekülkennung (z. B. einer UniProt-Zugangsnummer) und Stöchiometrie, aller zugehörigen Liganden und Krankheiten, des Evidenztyps und Querverweisen zu UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata und mehr; und rufen Sie nur die Untereinheitenzusammensetzung eines Komplexes ab. Ideal für Struktur- und Systembiologie, Signalweg- und Netzwerkanalyse, Proteinfunktionsforschung und Bioinformatik-Pipelines. Komplexzugänge sehen aus wie CPX-6036. Daten vom EMBL-EBI Complex Portal (IMEx-Konsortium, CC-BY). Für Protein-Protein-Interaktionsnetzwerke siehe die STRING API, für Proteinsequenzen UniProt, für biologische Signalwege Reactome und für Familien & Domänen InterPro.

api.oanor.com/complexes-api