#proteins

Fonction des gènes sous forme d'API — propulsée par QuickGO d'EMBL-EBI et l'Ontologie des Gènes (GO), le vocabulaire standard qui décrit ce que font les produits des gènes selon trois aspects : fonction moléculaire, processus biologique et composant cellulaire. Étant donné un gène ou une protéine (un identifiant UniProt), lister chaque annotation GO qui lui est attribuée — le terme GO, son aspect, le qualificatif, le code de preuve, la référence justificative (par exemple un identifiant PubMed), l'organisme et qui l'a assignée — éventuellement filtré par aspect ou organisme. Consulter n'importe quel terme GO pour obtenir sa définition, son aspect, ses synonymes et le nombre de termes enfants ; et rechercher l'ontologie par nom pour trouver les termes GO appropriés. Les noms des termes GO sont résolus automatiquement sur les annotations. De TP53 à n'importe quelle protéine de n'importe quelle espèce, c'est l'épine dorsale de la génomique fonctionnelle — idéal pour l'analyse d'enrichissement, les pipelines d'annotation, la bioinformatique et les outils de recherche. Une ressource d'annotation de fonction des gènes (quels gènes ont quelles fonctions, avec preuves) — distincte de la consultation générique de termes d'ontologie. Données ouvertes provenant de QuickGO d'EMBL-EBI et du Consortium GO (CC BY 4.0).

api.oanor.com/quickgo-api

Le Complex Portal en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — une base de données encyclopédique et organisée manuellement de complexes macromoléculaires stables : assemblages de deux protéines ou plus (et parfois d'acides nucléiques, de ligands ou de petites molécules) qui fonctionnent ensemble comme une unité fonctionnelle unique, tels que les ribosomes, les protéasomes, les ARN et ADN polymérases, le spliceosome, les complexes de la chaîne respiratoire et des milliers d'autres à travers de nombreuses espèces. Recherchez les complexes par mot-clé et éventuellement par organisme, obtenant pour chaque complexe son accession Complex Portal (CPX-…), son nom, son organisme, sa description et s'il est prédit par calcul ; lisez l'enregistrement complet d'un complexe, y compris ses noms recommandés et systématiques, synonymes, espèces, fonction biologique, les sous-unités participantes avec chacune son identifiant de molécule (par exemple une accession UniProt) et sa stœchiométrie, les ligands et maladies associés, le type de preuve et les références croisées vers UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata et plus encore ; et extrayez simplement la composition en sous-unités d'un complexe. Idéal pour la biologie structurale et des systèmes, l'analyse des voies et des réseaux, la recherche sur la fonction des protéines et les pipelines bioinformatiques. Les accessions de complexes ressemblent à CPX-6036. Données du Complex Portal d'EMBL-EBI (consortium IMEx, CC-BY). Pour les réseaux d'interactions protéine-protéine, voir l'API STRING, pour les séquences protéiques UniProt, pour les voies biologiques Reactome et pour les familles et domaines InterPro.

api.oanor.com/complexes-api