#ontology

Le service de recherche d'ontologies EMBL-EBI (OLS) en tant qu'API — un point d'accès unique à plus de 280 ontologies biomédicales et scientifiques et vocabulaires contrôlés en un seul endroit : l'Ontologie des Gènes (GO), l'Ontologie des Maladies Humaines (DOID), l'Ontologie du Phénotype Humain (HP), ChEBI (entités chimiques), Uberon (anatomie), l'Ontologie des Facteurs Expérimentaux (EFO), Mondo, NCIt et bien d'autres. /v1/search?q=diabetes recherche des termes dans toutes les ontologies (ou restreint à une avec ontology=doid), retournant l'étiquette de chaque correspondance, l'identifiant OBO (tel que DOID:9351 ou GO:0008150), l'ontologie, l'IRI et une courte définition. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 retourne les détails d'un seul terme — son étiquette, sa définition, son IRI, ses synonymes et s'il est obsolète. /v1/ontologies parcourt les ontologies disponibles avec leur identifiant, titre, description et nombre de termes. Les identifiants OBO ressemblent à DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 ou CHEBI:15377. Idéal pour le traitement automatique du langage naturel biomédical, l'annotation et l'harmonisation des données, l'autocomplétion sur la terminologie scientifique, et les outils sémantiques et de graphe de connaissances. Données provenant d'EMBL-EBI OLS (ouvert). Il s'agit d'une recherche générale d'ontologies / vocabulaires contrôlés couvrant de nombreux domaines — plus large qu'un seul thésaurus médical tel que MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Medical Subject Headings (MeSH) en tant qu'API, alimentée par le service officiel MeSH RDF de la U.S. National Library of Medicine. MeSH est le vocabulaire contrôlé faisant autorité de la NLM utilisé pour indexer la littérature biomédicale dans PubMed — un thésaurus organisé de maladies, anatomie, produits chimiques et médicaments, organismes, psychiatrie et psychologie, techniques analytiques et diagnostiques, soins de santé et plus encore. Chaque concept est un « descripteur » avec un identifiant unique stable (par exemple D003920), un nom préféré, un ensemble de termes d'entrée (synonymes et variantes profanes) et une liste de qualificatifs autorisés (sous-titres tels que pharmacothérapie, diagnostic ou épidémiologie). /v1/search?q=diabetes recherche des descripteurs par leur nom préféré (correspondance=contient, exact ou commence par) et renvoie l'identifiant et l'étiquette de chaque descripteur. /v1/term?q=heart attack résout un terme profane ou un synonyme vers le(s) descripteur(s) MeSH auquel il appartient, de sorte que le langage courant correspond au vocabulaire contrôlé (heart attack vers Myocardial Infarction). /v1/descriptor?id=D003920 renvoie l'enregistrement complet d'un descripteur — son nom préféré, tous les termes d'entrée (synonymes), les qualificatifs autorisés et les références croisées voir-aussi, avec un lien vers le navigateur MeSH. Idéal pour le traitement automatique du langage naturel biomédical et la fouille de textes, le marquage et l'indexation de la littérature, la construction d'outils de recherche clinique et de recherche, l'autocomplétion sur la terminologie médicale et le mappage de texte libre sur une ontologie standard. Données de la NLM MeSH (domaine public). Pour la nomenclature clinique spécifique aux médicaments et les interactions, voir l'API RxNorm.

api.oanor.com/mesh-api

Ontologies biomédicales en tant qu'API, propulsées par l'EBI Ontology Lookup Service (OLS). Recherchez dans plus de 280 ontologies organisées — maladies (MONDO), phénotypes humains (HP), Gene Ontology (GO), anatomie (UBERON), types cellulaires (CL), chimie (ChEBI), facteurs expérimentaux (EFO), le NCI Thesaurus et bien d'autres — pour trouver des termes par nom ; parcourez le catalogue complet des ontologies avec les versions et les comptes de termes ; lisez n'importe quel terme pour sa définition, ses synonymes exacts, son identifiant OBO, son IRI et son statut d'obsolescence ; et parcourez la hiérarchie des classes via les parents directs et les enfants d'un terme. Idéal pour l'harmonisation et le codage des données cliniques, la recherche biomédicale et l'autocomplétion, l'enrichissement des graphes de connaissances, les pipelines d'annotation et de curation, ainsi que les applications de recherche et de DSE nécessitant des vocabulaires standard. Les identifiants OBO ressemblent à MONDO:0005148 ou GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api