#ontology

Η Υπηρεσία Αναζήτησης Οντολογιών (OLS) του EMBL-EBI ως API — ένα ενιαίο σημείο πρόσβασης σε περισσότερες από 280 βιοϊατρικές και επιστημονικές οντολογίες και ελεγχόμενα λεξιλόγια σε ένα μέρος: τη Γονιδιακή Οντολογία (GO), την Οντολογία Ανθρώπινων Ασθενειών (DOID), την Οντολογία Ανθρώπινου Φαινοτύπου (HP), ChEBI (χημικές οντότητες), Uberon (ανατομία), την Οντολογία Πειραματικών Παραγόντων (EFO), Mondo, NCIt και πολλές άλλες. Το /v1/search?q=diabetes αναζητά όρους σε όλες τις οντολογίες (ή περιορίζεται σε μία με ontology=doid), επιστρέφοντας την ετικέτα κάθε αντιστοίχισης, το OBO id (όπως DOID:9351 ή GO:0008150), την οντολογία, το IRI και έναν σύντομο ορισμό. Το /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 επιστρέφει τις λεπτομέρειες ενός μόνο όρου — την ετικέτα, τον ορισμό, το IRI, τα συνώνυμα και αν είναι απαρχαιωμένος. Το /v1/ontologies περιηγείται στις διαθέσιμες οντολογίες με το id, τον τίτλο, την περιγραφή και τον αριθμό όρων τους. Τα OBO ids μοιάζουν με DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 ή CHEBI:15377. Ιδανικό για βιοϊατρική επεξεργασία φυσικής γλώσσας, σχολιασμό και εναρμόνιση δεδομένων, αυτόματη συμπλήρωση επιστημονικής ορολογίας και εργαλεία σημασιολογίας και γράφων γνώσης. Δεδομένα από το EMBL-EBI OLS (ανοιχτά). Πρόκειται για μια γενική αναζήτηση οντολογίας / ελεγχόμενου λεξιλογίου που καλύπτει πολλούς τομείς — ευρύτερη από ένα μόνο ιατρικό θησαυρό όπως το MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Ιατρικές Θεματικές Επικεφαλίδες (MeSH) ως API, που υποστηρίζεται από την επίσημη υπηρεσία MeSH RDF της Εθνικής Βιβλιοθήκης Ιατρικής των ΗΠΑ. Το MeSH είναι το έγκυρο ελεγχόμενο λεξιλόγιο της NLM που χρησιμοποιείται για την ευρετηρίαση της βιοϊατρικής βιβλιογραφίας στο PubMed — ένας επιμελημένος θησαυρός ασθενειών, ανατομίας, χημικών ουσιών και φαρμάκων, οργανισμών, ψυχιατρικής και ψυχολογίας, αναλυτικών και διαγνωστικών τεχνικών, υγειονομικής περίθαλψης και άλλων. Κάθε έννοια είναι ένας "περιγραφέας" με ένα σταθερό μοναδικό αναγνωριστικό (π.χ. D003920), ένα προτιμώμενο όνομα, ένα σύνολο όρων εισόδου (συνώνυμα και λαϊκές παραλλαγές) και μια λίστα επιτρεπόμενων προσδιοριστών (υποθέματα όπως φαρμακευτική θεραπεία, διάγνωση ή επιδημιολογία). Το /v1/search?q=diabetes αναζητά περιγραφείς με βάση το προτιμώμενο όνομά τους (αντιστοιχία=περιέχει, ακριβής ή ξεκινά με) και επιστρέφει το αναγνωριστικό και την ετικέτα κάθε περιγραφέα. Το /v1/term?q=heart attack αναλύει έναν λαϊκό όρο ή συνώνυμο στον(στους) περιγραφέα(εις) MeSH στον οποίο ανήκει, έτσι ώστε η καθομιλουμένη γλώσσα να αντιστοιχίζεται στο ελεγχόμενο λεξιλόγιο (heart attack σε Myocardial Infarction). Το /v1/descriptor?id=D003920 επιστρέφει το πλήρες αρχείο ενός περιγραφέα — το προτιμώμενο όνομά του, όλους τους όρους εισόδου (συνώνυμα), τους επιτρεπόμενους προσδιοριστές και τις παραπομπές "βλέπε επίσης", με έναν σύνδεσμο προς τον περιηγητή MeSH. Ιδανικό για βιοϊατρική επεξεργασία φυσικής γλώσσας και εξόρυξη κειμένου, επισήμανση και ευρετηρίαση βιβλιογραφίας, δημιουργία εργαλείων αναζήτησης για κλινική και έρευνα, αυτόματη συμπλήρωση ιατρικής ορολογίας και αντιστοίχιση ελεύθερου κειμένου σε μια τυπική οντολογία. Δεδομένα από το NLM MeSH (δημόσιος τομέας). Για φαρμακοειδική κλινική ονοματολογία και αλληλεπιδράσεις, δείτε το RxNorm API.

api.oanor.com/mesh-api

Βιοϊατρικές οντολογίες ως API, με τη δύναμη της EBI Ontology Lookup Service (OLS). Αναζήτηση σε 280+ επιμελημένες οντολογίες — ασθένειες (MONDO), ανθρώπινοι φαινότυποι (HP), η Γονιδιακή Οντολογία (GO), ανατομία (UBERON), τύποι κυττάρων (CL), χημεία (ChEBI), πειραματικοί παράγοντες (EFO), το NCI Thesaurus και πολλές άλλες — για εύρεση όρων με όνομα· περιήγηση στον πλήρη κατάλογο οντολογιών με εκδόσεις και αριθμούς όρων· ανάγνωση οποιουδήποτε όρου για τον ορισμό του, ακριβή συνώνυμα, OBO id, IRI και κατάσταση απαρχαιότητας· και περιήγηση στην ιεραρχία κλάσεων μέσω των άμεσων γονέων και παιδιών ενός όρου. Ιδανικό για εναρμόνιση και κωδικοποίηση κλινικών δεδομένων, βιοϊατρική αναζήτηση και αυτόματη συμπλήρωση, εμπλουτισμό γράφων γνώσης, σωλήνες σχολιασμού και επιμέλειας, και εφαρμογές έρευνας και Ηλεκτρονικού Φακέλου Υγείας που χρειάζονται τυποποιημένα λεξιλόγια. Τα OBO ids μοιάζουν με MONDO:0005148 ή GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api