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API OLS Ontologie

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Le service de recherche d'ontologies EMBL-EBI (OLS) en tant qu'API — un point d'accès unique à plus de 280 ontologies biomédicales et scientifiques et vocabulaires contrôlés en un seul endroit : l'Ontologie des Gènes (GO), l'Ontologie des Maladies Humaines (DOID), l'Ontologie du Phénotype Humain (HP), ChEBI (entités chimiques), Uberon (anatomie), l'Ontologie des Facteurs Expérimentaux (EFO), Mondo, NCIt et bien d'autres. /v1/search?q=diabetes recherche des termes dans toutes les ontologies (ou restreint à une avec ontology=doid), retournant l'étiquette de chaque correspondance, l'identifiant OBO (tel que DOID:9351 ou GO:0008150), l'ontologie, l'IRI et une courte définition. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 retourne les détails d'un seul terme — son étiquette, sa définition, son IRI, ses synonymes et s'il est obsolète. /v1/ontologies parcourt les ontologies disponibles avec leur identifiant, titre, description et nombre de termes. Les identifiants OBO ressemblent à DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 ou CHEBI:15377. Idéal pour le traitement automatique du langage naturel biomédical, l'annotation et l'harmonisation des données, l'autocomplétion sur la terminologie scientifique, et les outils sémantiques et de graphe de connaissances. Données provenant d'EMBL-EBI OLS (ouvert). Il s'agit d'une recherche générale d'ontologies / vocabulaires contrôlés couvrant de nombreux domaines — plus large qu'un seul thésaurus médical tel que MeSH.

#ontology #ols #embl-ebi #biomedical #gene-ontology #controlled-vocabulary #semantic
api.oanor.com/ols-api
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API MeSH

Medical Subject Headings (MeSH) en tant qu'API, alimentée par le service officiel MeSH RDF de la U.S. National Library of Medicine. MeSH est le vocabulaire contrôlé faisant autorité de la NLM utilisé pour indexer la littérature biomédicale dans PubMed — un thésaurus organisé de maladies, anatomie, produits chimiques et médicaments, organismes, psychiatrie et psychologie, techniques analytiques et diagnostiques, soins de santé et plus encore. Chaque concept est un « descripteur » avec un identifiant unique stable (par exemple D003920), un nom préféré, un ensemble de termes d'entrée (synonymes et variantes profanes) et une liste de qualificatifs autorisés (sous-titres tels que pharmacothérapie, diagnostic ou épidémiologie). /v1/search?q=diabetes recherche des descripteurs par leur nom préféré (correspondance=contient, exact ou commence par) et renvoie l'identifiant et l'étiquette de chaque descripteur. /v1/term?q=heart attack résout un terme profane ou un synonyme vers le(s) descripteur(s) MeSH auquel il appartient, de sorte que le langage courant correspond au vocabulaire contrôlé (heart attack vers Myocardial Infarction). /v1/descriptor?id=D003920 renvoie l'enregistrement complet d'un descripteur — son nom préféré, tous les termes d'entrée (synonymes), les qualificatifs autorisés et les références croisées voir-aussi, avec un lien vers le navigateur MeSH. Idéal pour le traitement automatique du langage naturel biomédical et la fouille de textes, le marquage et l'indexation de la littérature, la construction d'outils de recherche clinique et de recherche, l'autocomplétion sur la terminologie médicale et le mappage de texte libre sur une ontologie standard. Données de la NLM MeSH (domaine public). Pour la nomenclature clinique spécifique aux médicaments et les interactions, voir l'API RxNorm.

api.oanor.com/mesh-api

API Ontologie

Ontologies biomédicales en tant qu'API, propulsées par l'EBI Ontology Lookup Service (OLS). Recherchez dans plus de 280 ontologies organisées — maladies (MONDO), phénotypes humains (HP), Gene Ontology (GO), anatomie (UBERON), types cellulaires (CL), chimie (ChEBI), facteurs expérimentaux (EFO), le NCI Thesaurus et bien d'autres — pour trouver des termes par nom ; parcourez le catalogue complet des ontologies avec les versions et les comptes de termes ; lisez n'importe quel terme pour sa définition, ses synonymes exacts, son identifiant OBO, son IRI et son statut d'obsolescence ; et parcourez la hiérarchie des classes via les parents directs et les enfants d'un terme. Idéal pour l'harmonisation et le codage des données cliniques, la recherche biomédicale et l'autocomplétion, l'enrichissement des graphes de connaissances, les pipelines d'annotation et de curation, ainsi que les applications de recherche et de DSE nécessitant des vocabulaires standard. Les identifiants OBO ressemblent à MONDO:0005148 ou GO:0008150.

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API BioSamples

BioSamples en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — la base de données qui stocke et lie les métadonnées des échantillons biologiques, les spécimens physiques derrière les expériences biologiques. Un échantillon dans BioSamples porte un accession stable (tel que SAMEA3231268) et un riche ensemble de caractéristiques — organisme, tissu ou partie d'organisme, type cellulaire, sexe, maladie, stade de développement, souche et tout attribut fourni par le soumissionnaire — et est référencé par d'autres archives de l'EBI, notamment l'European Nucleotide Archive (ENA), ArrayExpress et PRIDE. /v1/search?q=liver recherche des échantillons par texte libre et renvoie l'accession, le nom, l'organisme et la date de publication de chaque correspondance. /v1/sample?id=SAMEA3231268 renvoie les métadonnées d'un échantillon — son accession, son nom, son identifiant taxonomique NCBI, son organisme, ses dates de publication et de mise à jour, le nombre de relations avec d'autres échantillons, et ses caractéristiques aplaties en une carte clé→valeur propre. Les accessions ressemblent à SAMEA…, SAMN… ou SAMD… ; obtenez-en un à partir du point de terminaison de recherche. Idéal pour l'intégration de données en sciences de la vie, le suivi des échantillons, l'harmonisation des métadonnées et la liaison des données de séquençage ou d'expression à leur spécimen source. Données provenant d'EMBL-EBI BioSamples (publiques). Il s'agit d'un registre de métadonnées d'échantillons biologiques — distinct des bases de données d'études (BioStudies), de séquences (ENA), de variants (ClinVar) et de structures.

api.oanor.com/biosamples-api

API BioStudies

BioStudies en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — la base de données qui contient les descriptions d'études biologiques et relie leurs données à travers les ressources de l'EBI, y compris l'imagerie (BioImage Archive), la génomique fonctionnelle (ArrayExpress), la protéomique et la littérature (Europe PMC). Chaque étude possède un identifiant, un titre et un résumé, la collection à laquelle elle appartient et des liens vers ses données sous-jacentes et ses publications. /v1/search?query=covid recherche les études et renvoie l'identifiant de chaque correspondance (par exemple S-EPMC8017430), le titre, l'auteur, le type d'étude, la date de publication et les comptes de liens/fichiers. /v1/study?id=S-EPMC8017430 renvoie les métadonnées d'une étude — son identifiant, la collection à laquelle elle appartient (telle que EuropePMC, ArrayExpress ou BioImages), le titre, le résumé, la date de publication, les auteurs et le nombre de ressources liées. Les identifiants ressemblent à S-EPMC8017430 ou S-BSST123 ; obtenez-en un à partir du point de terminaison de recherche. Idéal pour la découverte de données de recherche, la liaison de la littérature à ses ensembles de données sous-jacents, les revues systématiques et les outils de reproductibilité. Données provenant d'EMBL-EBI BioStudies (publiques). Il s'agit d'un index de métadonnées d'études et d'ensembles de données — distinct des bases de données de séquences (UniProt, ENA), de structures (PDB, EMDB), de variants (ClinVar) et d'ontologies.

api.oanor.com/biostudies-api

Questions fréquentes

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Comment obtenir une clé API pour API OLS Ontologie ?
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Quelle est la limite de débit de API OLS Ontologie ?
Le forfait gratuit permet 1 requête par seconde. Les forfaits payants montent jusqu'à 50 requêtes par seconde sur le palier Mega. Les limites strictes renvoient HTTP 429 au-delà du quota — sans frais surprises.
Combien coûte API OLS Ontologie ?
API OLS Ontologie dispose d'un forfait gratuit avec 100 appels / mois. Les forfaits payants commencent à €6.50 / mois avec des quotas plus élevés et des limites de débit plus rapides.
Puis-je résilier mon abonnement à tout moment ?
Oui. Les abonnements sont facturés mensuellement et tu peux résilier à tout moment depuis le tableau de bord de facturation. Aucun engagement à long terme ni frais de résiliation.
API OLS Ontologie est-il conforme au RGPD ?
Toutes les requêtes vers API OLS Ontologie transitent par notre passerelle européenne. Ta clé API upstream ne quitte jamais notre serveur et aucune donnée personnelle n'est partagée avec le fournisseur upstream au-delà de la requête envoyée.

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curl https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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