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API MeSH

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Medical Subject Headings (MeSH) en tant qu'API, alimentée par le service officiel MeSH RDF de la U.S. National Library of Medicine. MeSH est le vocabulaire contrôlé faisant autorité de la NLM utilisé pour indexer la littérature biomédicale dans PubMed — un thésaurus organisé de maladies, anatomie, produits chimiques et médicaments, organismes, psychiatrie et psychologie, techniques analytiques et diagnostiques, soins de santé et plus encore. Chaque concept est un « descripteur » avec un identifiant unique stable (par exemple D003920), un nom préféré, un ensemble de termes d'entrée (synonymes et variantes profanes) et une liste de qualificatifs autorisés (sous-titres tels que pharmacothérapie, diagnostic ou épidémiologie). /v1/search?q=diabetes recherche des descripteurs par leur nom préféré (correspondance=contient, exact ou commence par) et renvoie l'identifiant et l'étiquette de chaque descripteur. /v1/term?q=heart attack résout un terme profane ou un synonyme vers le(s) descripteur(s) MeSH auquel il appartient, de sorte que le langage courant correspond au vocabulaire contrôlé (heart attack vers Myocardial Infarction). /v1/descriptor?id=D003920 renvoie l'enregistrement complet d'un descripteur — son nom préféré, tous les termes d'entrée (synonymes), les qualificatifs autorisés et les références croisées voir-aussi, avec un lien vers le navigateur MeSH. Idéal pour le traitement automatique du langage naturel biomédical et la fouille de textes, le marquage et l'indexation de la littérature, la construction d'outils de recherche clinique et de recherche, l'autocomplétion sur la terminologie médicale et le mappage de texte libre sur une ontologie standard. Données de la NLM MeSH (domaine public). Pour la nomenclature clinique spécifique aux médicaments et les interactions, voir l'API RxNorm.

#mesh #medical-vocabulary #nlm #biomedical #ontology #pubmed #terminology
api.oanor.com/mesh-api
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Autres APIs avec des balises qui se chevauchent.

API OLS Ontologie

Le service de recherche d'ontologies EMBL-EBI (OLS) en tant qu'API — un point d'accès unique à plus de 280 ontologies biomédicales et scientifiques et vocabulaires contrôlés en un seul endroit : l'Ontologie des Gènes (GO), l'Ontologie des Maladies Humaines (DOID), l'Ontologie du Phénotype Humain (HP), ChEBI (entités chimiques), Uberon (anatomie), l'Ontologie des Facteurs Expérimentaux (EFO), Mondo, NCIt et bien d'autres. /v1/search?q=diabetes recherche des termes dans toutes les ontologies (ou restreint à une avec ontology=doid), retournant l'étiquette de chaque correspondance, l'identifiant OBO (tel que DOID:9351 ou GO:0008150), l'ontologie, l'IRI et une courte définition. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 retourne les détails d'un seul terme — son étiquette, sa définition, son IRI, ses synonymes et s'il est obsolète. /v1/ontologies parcourt les ontologies disponibles avec leur identifiant, titre, description et nombre de termes. Les identifiants OBO ressemblent à DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 ou CHEBI:15377. Idéal pour le traitement automatique du langage naturel biomédical, l'annotation et l'harmonisation des données, l'autocomplétion sur la terminologie scientifique, et les outils sémantiques et de graphe de connaissances. Données provenant d'EMBL-EBI OLS (ouvert). Il s'agit d'une recherche générale d'ontologies / vocabulaires contrôlés couvrant de nombreux domaines — plus large qu'un seul thésaurus médical tel que MeSH.

api.oanor.com/ols-api

API Cellosaurus

Cellosaurus en tant qu'API, propulsé par l'Institut Suisse de Bioinformatique SIB — l'encyclopédie de référence des lignées cellulaires utilisées dans la recherche biomédicale. Avec plus de 150 000 entrées couvrant les lignées de cellules cancéreuses, les hybridomes, les cellules souches pluripotentes induites et les lignées de centaines d'espèces, Cellosaurus est le catalogue faisant autorité que les chercheurs utilisent pour identifier et valider les lignées cellulaires derrière les expériences publiées. Recherchez les lignées cellulaires par nom ou mot-clé, obtenant pour chaque lignée son accession Cellosaurus (CVCL_…), son nom, sa catégorie, son espèce et sa maladie ; et lisez l'enregistrement complet d'une lignée cellulaire — son nom et ses synonymes, sa catégorie (par exemple, lignée de cellules cancéreuses, hybridome, cellule souche), son espèce avec l'identifiant taxonomique NCBI, le sexe, l'âge, la maladie dont elle dérive avec les identifiants d'ontologie NCIt, le tissu ou site anatomique d'origine, sa lignée parentale et le nombre de lignées filles dérivées, le nombre de références bibliographiques et les nombreuses références croisées (vers ATCC, DSMZ, ECACC, Wikidata et plus), les pages web pertinentes, et — de manière critique pour la reproductibilité de la recherche — si la lignée est signalée comme PROBLÉMATIQUE, ce qui signifie qu'elle a été mal identifiée ou contaminée de manière croisée, avec les notes explicatives. Idéal pour le contrôle qualité en laboratoire et l'authentification des lignées cellulaires, la recherche biomédicale et sur le cancer, la curation des données et les vérifications de reproductibilité. Les accessions ressemblent à CVCL_0030 (HeLa). Données de Cellosaurus (CC-BY 4.0).

api.oanor.com/cellosaurus-api

API Europe PMC

Europe PMC en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — un référentiel ouvert de littérature biomédicale et en sciences de la vie couvrant plus de 45 millions de résumés et plus de 9 millions d'articles en texte intégral issus de PubMed, PubMed Central, serveurs de prépublication (bioRxiv et medRxiv), brevets et Agricola. Recherchez dans la littérature avec une syntaxe de champ riche (par auteur, titre, revue, terme MeSH, année de publication ou statut en libre accès), en ordonnant les résultats par pertinence, date ou nombre de citations, et en vous limitant éventuellement aux prépublications ; lisez les métadonnées complètes et le résumé d'un article — ses auteurs, revue, volume et pages, DOI, identifiants PubMed et PMC, termes MeSH, mots-clés, subventions de financement et liens vers le texte intégral gratuit ; et parcourez le réseau de citations dans les deux directions : les articles qui citent un document donné, et les travaux que ce document référence lui-même. Ensemble, ils vous permettent de mesurer l'impact scientifique, de construire des graphes de citations, de suivre un sujet de recherche à travers les prépublications et les articles évalués par les pairs, et d'alimenter des outils bibliométriques, de revue systématique et de veille scientifique. Les identifiants d'articles sont les identifiants PubMed (numériques), les identifiants PMC (PMC…) ou les identifiants de prépublication (PPR…) ; la source par défaut est PubMed (MED). Données provenant d'EMBL-EBI Europe PMC.

api.oanor.com/europepmc-api

API Ontologie

Ontologies biomédicales en tant qu'API, propulsées par l'EBI Ontology Lookup Service (OLS). Recherchez dans plus de 280 ontologies organisées — maladies (MONDO), phénotypes humains (HP), Gene Ontology (GO), anatomie (UBERON), types cellulaires (CL), chimie (ChEBI), facteurs expérimentaux (EFO), le NCI Thesaurus et bien d'autres — pour trouver des termes par nom ; parcourez le catalogue complet des ontologies avec les versions et les comptes de termes ; lisez n'importe quel terme pour sa définition, ses synonymes exacts, son identifiant OBO, son IRI et son statut d'obsolescence ; et parcourez la hiérarchie des classes via les parents directs et les enfants d'un terme. Idéal pour l'harmonisation et le codage des données cliniques, la recherche biomédicale et l'autocomplétion, l'enrichissement des graphes de connaissances, les pipelines d'annotation et de curation, ainsi que les applications de recherche et de DSE nécessitant des vocabulaires standard. Les identifiants OBO ressemblent à MONDO:0005148 ou GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api

Questions fréquentes

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Comment obtenir une clé API pour API MeSH ?
Inscris-toi gratuitement sur oanor.com, génère une clé API depuis le tableau de bord développeur et appelle API MeSH avec l'en-tête x-oanor-key. Aucune carte bancaire requise pour le forfait gratuit.
Quelle est la limite de débit de API MeSH ?
Le forfait gratuit permet 1 requête par seconde. Les forfaits payants montent jusqu'à 50 requêtes par seconde sur le palier Mega. Les limites strictes renvoient HTTP 429 au-delà du quota — sans frais surprises.
Combien coûte API MeSH ?
API MeSH dispose d'un forfait gratuit avec 100 appels / mois. Les forfaits payants commencent à €6.50 / mois avec des quotas plus élevés et des limites de débit plus rapides.
Puis-je résilier mon abonnement à tout moment ?
Oui. Les abonnements sont facturés mensuellement et tu peux résilier à tout moment depuis le tableau de bord de facturation. Aucun engagement à long terme ni frais de résiliation.
API MeSH est-il conforme au RGPD ?
Toutes les requêtes vers API MeSH transitent par notre passerelle européenne. Ta clé API upstream ne quitte jamais notre serveur et aucune donnée personnelle n'est partagée avec le fournisseur upstream au-delà de la requête envoyée.

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curl https://api.oanor.com/mesh-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/mesh-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/mesh-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/mesh-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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