#ontology

De EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) als een API — een enkel toegangspunt tot meer dan 280 biomedische en wetenschappelijke ontologieën en gecontroleerde vocabularia op één plek: de Gene Ontology (GO), de Human Disease Ontology (DOID), de Human Phenotype Ontology (HP), ChEBI (chemische entiteiten), Uberon (anatomie), de Experimental Factor Ontology (EFO), Mondo, NCIt en vele andere. /v1/search?q=diabetes doorzoekt termen in alle ontologieën (of beperk tot één met ontology=doid), en retourneert voor elke overeenkomst het label, OBO-id (zoals DOID:9351 of GO:0008150), ontologie, IRI en een korte definitie. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 retourneert de details van één term — het label, de definitie, IRI, synoniemen en of deze verouderd is. /v1/ontologies bladert door de beschikbare ontologieën met hun id, titel, beschrijving en aantal termen. OBO-id's zien eruit als DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 of CHEBI:15377. Ideaal voor biomedische natuurlijke-taalverwerking, gegevensannotatie en -harmonisatie, automatisch aanvullen van wetenschappelijke terminologie, en semantische en kennisgraaf-tooling. Gegevens van EMBL-EBI OLS (open). Dit is een algemene ontologie / gecontroleerd-vocabularium-opzoeking die vele domeinen bestrijkt — breder dan een enkele medische thesaurus zoals MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Medical Subject Headings (MeSH) als API, aangedreven door de officiële MeSH RDF-service van de U.S. National Library of Medicine. MeSH is de gezaghebbende gecontroleerde woordenschat van de NLM die wordt gebruikt om de biomedische literatuur in PubMed te indexeren — een samengestelde thesaurus van ziekten, anatomie, chemicaliën en geneesmiddelen, organismen, psychiatrie en psychologie, analytische en diagnostische technieken, gezondheidszorg en meer. Elk concept is een "descriptor" met een stabiele unieke id (bijv. D003920), een voorkeursnaam, een reeks ingangstermen (synoniemen en lekenvarianten) en een lijst met toegestane kwalificaties (subkoppen zoals medicamenteuze therapie, diagnose of epidemiologie). /v1/search?q=diabetes doorzoekt descriptoren op hun voorkeursnaam (match=contains, exact of startswith) en retourneert de id en het label van elke descriptor. /v1/term?q=heart attack lost een lekenterm of synoniem op naar de MeSH-descriptor(s) waartoe het behoort, zodat alledaagse taal wordt gekoppeld aan de gecontroleerde woordenschat (heart attack naar Myocardial Infarction). /v1/descriptor?id=D003920 retourneert het volledige record van een descriptor — de voorkeursnaam, alle ingangstermen (synoniemen), de toegestane kwalificaties en zie-ook kruisverwijzingen, met een link naar de MeSH-browser. Ideaal voor biomedische natuurlijke-taalverwerking en tekstmining, taggen en indexeren van literatuur, bouwen van klinische en onderzoekszoekhulpmiddelen, automatisch aanvullen van medische terminologie en het koppelen van vrije tekst aan een standaardontologie. Gegevens van NLM MeSH (publiek domein). Voor geneesmiddelspecifieke klinische nomenclatuur en interacties, zie de RxNorm API.

api.oanor.com/mesh-api

Biomedische ontologieën als API, aangedreven door de EBI Ontology Lookup Service (OLS). Doorzoek meer dan 280+ samengestelde ontologieën — ziekten (MONDO), menselijke fenotypes (HP), de Gene Ontology (GO), anatomie (UBERON), celtypen (CL), chemie (ChEBI), experimentele factoren (EFO), de NCI Thesaurus en vele andere — om termen te vinden op naam; blader door de volledige ontologiecatalogus met versies en termaantallen; lees elke term voor de definitie, exacte synoniemen, OBO-id, IRI en verouderde status; en doorloop de klassehiërarchie via de directe ouders en kinderen van een term. Ideaal voor klinische data-harmonisatie en -codering, biomedisch zoeken en automatisch aanvullen, kennisgraafverrijking, annotatie- en curatiepijplijnen, en onderzoeks- en EPD-toepassingen die standaardvocabulaires nodig hebben. OBO-ids zien eruit als MONDO:0005148 of GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api