#embl-ebi

BioSamples en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — la base de données qui stocke et lie les métadonnées des échantillons biologiques, les spécimens physiques derrière les expériences biologiques. Un échantillon dans BioSamples porte un accession stable (tel que SAMEA3231268) et un riche ensemble de caractéristiques — organisme, tissu ou partie d'organisme, type cellulaire, sexe, maladie, stade de développement, souche et tout attribut fourni par le soumissionnaire — et est référencé par d'autres archives de l'EBI, notamment l'European Nucleotide Archive (ENA), ArrayExpress et PRIDE. /v1/search?q=liver recherche des échantillons par texte libre et renvoie l'accession, le nom, l'organisme et la date de publication de chaque correspondance. /v1/sample?id=SAMEA3231268 renvoie les métadonnées d'un échantillon — son accession, son nom, son identifiant taxonomique NCBI, son organisme, ses dates de publication et de mise à jour, le nombre de relations avec d'autres échantillons, et ses caractéristiques aplaties en une carte clé→valeur propre. Les accessions ressemblent à SAMEA…, SAMN… ou SAMD… ; obtenez-en un à partir du point de terminaison de recherche. Idéal pour l'intégration de données en sciences de la vie, le suivi des échantillons, l'harmonisation des métadonnées et la liaison des données de séquençage ou d'expression à leur spécimen source. Données provenant d'EMBL-EBI BioSamples (publiques). Il s'agit d'un registre de métadonnées d'échantillons biologiques — distinct des bases de données d'études (BioStudies), de séquences (ENA), de variants (ClinVar) et de structures.

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BioStudies en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — la base de données qui contient les descriptions d'études biologiques et relie leurs données à travers les ressources de l'EBI, y compris l'imagerie (BioImage Archive), la génomique fonctionnelle (ArrayExpress), la protéomique et la littérature (Europe PMC). Chaque étude possède un identifiant, un titre et un résumé, la collection à laquelle elle appartient et des liens vers ses données sous-jacentes et ses publications. /v1/search?query=covid recherche les études et renvoie l'identifiant de chaque correspondance (par exemple S-EPMC8017430), le titre, l'auteur, le type d'étude, la date de publication et les comptes de liens/fichiers. /v1/study?id=S-EPMC8017430 renvoie les métadonnées d'une étude — son identifiant, la collection à laquelle elle appartient (telle que EuropePMC, ArrayExpress ou BioImages), le titre, le résumé, la date de publication, les auteurs et le nombre de ressources liées. Les identifiants ressemblent à S-EPMC8017430 ou S-BSST123 ; obtenez-en un à partir du point de terminaison de recherche. Idéal pour la découverte de données de recherche, la liaison de la littérature à ses ensembles de données sous-jacents, les revues systématiques et les outils de reproductibilité. Données provenant d'EMBL-EBI BioStudies (publiques). Il s'agit d'un index de métadonnées d'études et d'ensembles de données — distinct des bases de données de séquences (UniProt, ENA), de structures (PDB, EMDB), de variants (ClinVar) et d'ontologies.

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La Banque de données de microscopie électronique (EMDB) en tant qu'API, propulsée par EMBL-EBI — l'archive publique de cartes de densité tridimensionnelles de microscopie électronique de protéines, acides nucléiques et grands complexes macromoléculaires. EMDB est l'équivalent en microscopie électronique de la Protein Data Bank, contenant des cartes résolues par cryo-ME à particule unique, tomographie électronique et cristallographie électronique, la technique derrière la récente « révolution de la résolution » en biologie structurale. /v1/search?q=ribosome recherche dans l'archive et renvoie pour chaque entrée correspondante son identifiant EMDB (par exemple EMD-1010), son titre, la méthode de microscopie électronique et la résolution en ångströms. /v1/entry?id=EMD-1010 renvoie les métadonnées d'une entrée — son titre, la méthode ME (particule unique, tomographie, …), l'état d'agrégation, la résolution, l'échantillon biologique étudié, les mots-clés de classification, les dates de dépôt, de publication de la carte et de dernière mise à jour, ainsi que les auteurs du dépôt. Les identifiants EMDB ressemblent à EMD-1010, et vous pouvez passer uniquement le numéro. Idéal pour les outils de biologie structurale et de cryo-ME, les applications de comparaison de structures et de visualisation, et l'éducation. Données provenant d'EMBL-EBI EMDB (domaine public). Il s'agit de l'archive des cartes expérimentales de microscopie électronique — distincte des structures de coordonnées atomiques (PDB), des structures prédites (AlphaFold) et des bases de données de séquences protéiques (UniProt).

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BioModels en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — le plus grand référentiel mondial de modèles mathématiques curatés et publiés de systèmes biologiques. BioModels collecte des modèles computationnels (principalement en SBML, le langage de balisage de biologie des systèmes) du métabolisme, de la signalisation cellulaire, des réseaux de régulation génique, du cycle cellulaire, des processus pathologiques et de la physiologie, chacun lié à la publication évaluée par les pairs dont il est issu. /v1/search?query=glycolysis recherche dans le référentiel et renvoie l'identifiant de chaque modèle correspondant (tel que BIOMD0000000012), son nom, son format, son soumetteur et ses dates de soumission/modification. /v1/model?id=BIOMD0000000012 renvoie les métadonnées d'un modèle — son nom et sa description, le format d'encodage, l'approche de modélisation (par exemple, modèle d'équation différentielle ordinaire), le statut de curation, la publication sous-jacente (titre, revue, année, auteurs) et les fichiers du modèle. Les identifiants de modèle ressemblent à BIOMD0000000012 pour les modèles curatés ou MODEL1234567890 pour les soumissions non curatées ; obtenez-les à partir du point de terminaison de recherche. Idéal pour les outils de biologie des systèmes et de modélisation computationnelle, les flux de travail de recherche reproductible et de réutilisation de modèles, et l'enseignement. Données provenant d'EMBL-EBI BioModels (CC0). Il s'agit d'un référentiel de modèles computationnels / biologie des systèmes — distinct des bases de données de séquences (UniProt, ENA), de structures (PDB, AlphaFold), de voies et de variants (ClinVar).

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Le service de recherche d'ontologies EMBL-EBI (OLS) en tant qu'API — un point d'accès unique à plus de 280 ontologies biomédicales et scientifiques et vocabulaires contrôlés en un seul endroit : l'Ontologie des Gènes (GO), l'Ontologie des Maladies Humaines (DOID), l'Ontologie du Phénotype Humain (HP), ChEBI (entités chimiques), Uberon (anatomie), l'Ontologie des Facteurs Expérimentaux (EFO), Mondo, NCIt et bien d'autres. /v1/search?q=diabetes recherche des termes dans toutes les ontologies (ou restreint à une avec ontology=doid), retournant l'étiquette de chaque correspondance, l'identifiant OBO (tel que DOID:9351 ou GO:0008150), l'ontologie, l'IRI et une courte définition. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 retourne les détails d'un seul terme — son étiquette, sa définition, son IRI, ses synonymes et s'il est obsolète. /v1/ontologies parcourt les ontologies disponibles avec leur identifiant, titre, description et nombre de termes. Les identifiants OBO ressemblent à DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 ou CHEBI:15377. Idéal pour le traitement automatique du langage naturel biomédical, l'annotation et l'harmonisation des données, l'autocomplétion sur la terminologie scientifique, et les outils sémantiques et de graphe de connaissances. Données provenant d'EMBL-EBI OLS (ouvert). Il s'agit d'une recherche générale d'ontologies / vocabulaires contrôlés couvrant de nombreux domaines — plus large qu'un seul thésaurus médical tel que MeSH.

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L'European Nucleotide Archive (ENA) en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — l'un des trois partenaires INSDC aux côtés de NCBI GenBank et DDBJ, et l'archive publique complète des données de séquences nucléotidiques mondiales. ENA contient des lectures de séquençage brutes, des génomes assemblés et annotés, des séquences individuelles, des échantillons biologiques et les études qui les sous-tendent, pour chaque domaine du vivant — la ressource fondamentale pour la génomique, la microbiologie, l'écologie, l'évolution et la recherche clinique. Cette API offre un flux de travail propre en trois étapes sur cette archive. D'abord, /v1/taxon résout un nom d'organisme (par exemple "Homo sapiens") en son identifiant taxonomique NCBI, nom scientifique, rang taxonomique et lignée complète — ou recherche un taxon directement par son identifiant. Ensuite, /v1/search interroge l'archive pour les enregistrements de ce taxon d'un type choisi : assemblages de génomes (avec nom d'assemblage, niveau et nombre de bases), runs de séquençage (avec plateforme, instrument et nombres de lectures), échantillons biologiques (avec date de collecte et pays), séquences annotées, expériences de lecture, analyses, séquences codantes et non codantes, et études — par défaut incluant tous les taxons descendants, ou restreint au taxon exact. Enfin, /v1/record retourne un résumé pour tout accession ENA — assemblages (GCA_…), études et projets (PRJ…), échantillons (SAM…/ERS…), runs de séquençage (ERR…/SRR…) et séquences — avec son titre, type de données, taxon, nom scientifique, nombre de bases et de séquences, et statut public. Idéal pour les pipelines bioinformatiques, la découverte de données génomiques, la récolte de métadonnées de séquençage, les outils de biodiversité et de métagénomique, et la reproductibilité de la recherche. Les identifiants de taxon ressemblent à 9606 (humain) ; les accessions comme GCA_000001405. Données provenant d'EMBL-EBI ENA, une archive INSDC, libre d'utilisation.

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