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API de Ontología OLS

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El Servicio de Búsqueda de Ontologías (OLS) de EMBL-EBI como una API — un punto de acceso único a más de 280 ontologías biomédicas y científicas y vocabularios controlados en un solo lugar: la Ontología Génica (GO), la Ontología de Enfermedades Humanas (DOID), la Ontología del Fenotipo Humano (HP), ChEBI (entidades químicas), Uberon (anatomía), la Ontología de Factores Experimentales (EFO), Mondo, NCIt y muchos más. /v1/search?q=diabetes busca términos en todas las ontologías (o restringe a una con ontology=doid), devolviendo la etiqueta de cada coincidencia, el id OBO (como DOID:9351 o GO:0008150), la ontología, el IRI y una definición breve. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 devuelve el detalle de un solo término: su etiqueta, definición, IRI, sinónimos y si está obsoleto. /v1/ontologies navega por las ontologías disponibles con su id, título, descripción y número de términos. Los ids OBO se ven como DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 o CHEBI:15377. Ideal para procesamiento de lenguaje natural biomédico, anotación y armonización de datos, autocompletado sobre terminología científica, y herramientas semánticas y de grafos de conocimiento. Datos de EMBL-EBI OLS (abierto). Esta es una búsqueda general de ontologías/vocabularios controlados que abarca muchos dominios — más amplia que un solo tesauro médico como MeSH.

#ontology #ols #embl-ebi #biomedical #gene-ontology #controlled-vocabulary #semantic
api.oanor.com/ols-api
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Especificaciones legibles por máquina para que los agentes de IA puedan integrar este API.

/api/ols-api/openapi.json
/api/ols-api/llms.txt

Descubrimiento: GET /api/index.json enumera todos los API.

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saludable
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974 ms
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  • 2 solicitudes / segundo
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  • 2700 llamadas/mes
  • 2 solicitudes/seg
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  • Sin tarjeta de crédito
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Starter

€6.50 /mes

  • 52,000 llamadas / mes
  • 5 solicitudes / segundo
  • Límite máximo (429 por encima de la cuota, sin excedente)
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  • 5 req/seg
  • 280+ ontologías
  • Soporte por correo electrónico
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Pro

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  • 222,000 llamadas / mes
  • 12 solicitudes / segundo
  • Límite máximo (429 por encima de la cuota, sin excedente)
  • 222k llamadas/mes
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  • 800,000 llamadas / mes
  • 35 solicitudes / segundo
  • Límite máximo (429 por encima de la cuota, sin excedente)
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Relacionado APIs

Otros APIs con etiquetas superpuestas.

API de MeSH

Encabezados de Materias Médicas (MeSH) como una API, impulsada por el servicio oficial de MeSH RDF de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU. MeSH es el vocabulario controlado autorizado de la NLM utilizado para indexar la literatura biomédica en PubMed: un tesauro curado de enfermedades, anatomía, productos químicos y fármacos, organismos, psiquiatría y psicología, técnicas analíticas y de diagnóstico, atención médica y más. Cada concepto es un "descriptor" con un identificador único estable (por ejemplo, D003920), un nombre preferido, un conjunto de términos de entrada (sinónimos y variantes legas) y una lista de calificadores permitidos (subencabezados como farmacoterapia, diagnóstico o epidemiología). /v1/search?q=diabetes busca descriptores por su nombre preferido (coincidencia=contiene, exacta o comienza con) y devuelve el id y la etiqueta de cada descriptor. /v1/term?q=heart attack resuelve un término lego o sinónimo al descriptor de MeSH al que pertenece, por lo que el lenguaje coloquial se asigna al vocabulario controlado (heart attack a Myocardial Infarction). /v1/descriptor?id=D003920 devuelve el registro completo de un descriptor: su nombre preferido, todos los términos de entrada (sinónimos), los calificadores permitidos y referencias cruzadas de ver también, con un enlace al navegador de MeSH. Ideal para el procesamiento de lenguaje natural biomédico y la minería de textos, etiquetado e indexación de literatura, construcción de herramientas de búsqueda clínica y de investigación, autocompletado sobre terminología médica y mapeo de texto libre a una ontología estándar. Datos de NLM MeSH (dominio público). Para nomenclatura clínica e interacciones específicas de fármacos, consulte la API de RxNorm.

api.oanor.com/mesh-api

API de Ontología

Ontologías biomédicas como API, impulsadas por el Servicio de Búsqueda de Ontologías del EBI (OLS). Busque en más de 280 ontologías curadas — enfermedades (MONDO), fenotipos humanos (HP), la Ontología Génica (GO), anatomía (UBERON), tipos celulares (CL), química (ChEBI), factores experimentales (EFO), el Tesauro del NCI y muchas más — para encontrar términos por nombre; explore el catálogo completo de ontologías con versiones y recuentos de términos; lea cualquier término para obtener su definición, sinónimos exactos, id OBO, IRI y estado de obsoleto; y recorra la jerarquía de clases a través de los padres e hijos directos de un término. Ideal para armonización y codificación de datos clínicos, búsqueda biomédica y autocompletado, enriquecimiento de grafos de conocimiento, anotación y curaduría, y aplicaciones de investigación y EHR que necesiten vocabularios estándar. Los ids OBO se ven como MONDO:0005148 o GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api

API de BioSamples

BioSamples como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que almacena y vincula los metadatos de muestras biológicas, los especímenes físicos detrás de los experimentos biológicos. Una muestra en BioSamples lleva un acceso estable (como SAMEA3231268) y un rico conjunto de características — organismo, tejido o parte del organismo, tipo celular, sexo, enfermedad, etapa de desarrollo, cepa y cualquier atributo proporcionado por el remitente — y es referenciada por otros archivos de EBI, incluidos el Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA), ArrayExpress y PRIDE. /v1/search?q=liver busca muestras por texto libre y devuelve el acceso, nombre, organismo y fecha de publicación de cada coincidencia. /v1/sample?id=SAMEA3231268 devuelve los metadatos de una muestra — su acceso, nombre, ID de taxón de NCBI, organismo, fechas de publicación y actualización, el número de relaciones con otras muestras, y sus características aplanadas en un mapa limpio clave→valor. Los accesos tienen el formato SAMEA…, SAMN… o SAMD…; obtenga uno desde el endpoint de búsqueda. Ideal para integración de datos de ciencias de la vida, seguimiento de muestras, armonización de metadatos y vinculación de datos de secuenciación o expresión con su espécimen fuente. Datos de EMBL-EBI BioSamples (público). Este es un registro de metadatos de muestras biológicas — distinto de las bases de datos de estudios (BioStudies), secuencias (ENA), variantes (ClinVar) y estructuras.

api.oanor.com/biosamples-api

API de BioStudies

BioStudies como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que contiene las descripciones de estudios biológicos y enlaza sus datos a través de los recursos de EBI, incluyendo imágenes (BioImage Archive), genómica funcional (ArrayExpress), proteómica y la literatura (Europe PMC). Cada estudio tiene un acceso, un título y resumen, la colección a la que pertenece y enlaces a sus datos subyacentes y publicaciones. /v1/search?query=covid busca en los estudios y devuelve el acceso de cada coincidencia (ej. S-EPMC8017430), título, autor, tipo de estudio, fecha de publicación y recuentos de enlaces/archivos. /v1/study?id=S-EPMC8017430 devuelve los metadatos de un estudio — su acceso, la colección a la que pertenece (como EuropePMC, ArrayExpress o BioImages), título, resumen, fecha de publicación, autores y el número de recursos enlazados. Los accesos tienen el formato S-EPMC8017430 o S-BSST123; obtenga uno del endpoint de búsqueda. Ideal para el descubrimiento de datos de investigación, vinculación de literatura con sus conjuntos de datos subyacentes, revisiones sistemáticas y herramientas de reproducibilidad. Datos de EMBL-EBI BioStudies (público). Este es un índice de metadatos de estudios y conjuntos de datos — distinto de las bases de datos de secuencias (UniProt, ENA), estructuras (PDB, EMDB), variantes (ClinVar) y ontologías.

api.oanor.com/biostudies-api

Preguntas frecuentes

Respuestas rápidas sobre precios, cuotas e integración.

¿Cómo obtengo una clave API para API de Ontología OLS?
Regístrate gratis en oanor.com, genera una clave API desde el panel de desarrollador y llama a API de Ontología OLS con la cabecera x-oanor-key. No se necesita tarjeta de crédito para el plan gratuito.
¿Cuál es el límite de velocidad de API de Ontología OLS?
El plan gratuito permite 1 solicitud por segundo. Los planes de pago escalan hasta 50 solicitudes por segundo en el nivel Mega. Los límites rígidos devuelven HTTP 429 por encima de la cuota — sin cargos sorpresa por exceso.
¿Cuánto cuesta API de Ontología OLS?
API de Ontología OLS ofrece un plan gratuito con 100 llamadas / mes. Los planes de pago empiezan en €6.50 / mes con cuotas más altas y límites de tasa más rápidos.
¿Puedo cancelar mi suscripción en cualquier momento?
Sí. Los planes se facturan mensualmente y puedes cancelar en cualquier momento desde el panel de facturación. Sin contratos a largo plazo ni penalización por cancelación.
¿Cumple API de Ontología OLS con el RGPD?
Todas las solicitudes a API de Ontología OLS pasan por nuestra pasarela en la UE. Tu clave API upstream nunca sale de nuestro servidor y no se comparten datos personales con el proveedor upstream más allá de la solicitud enviada.

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curl https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/ols-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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