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BioSamples como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que almacena y vincula los metadatos de muestras biológicas, los especímenes físicos detrás de los experimentos biológicos. Una muestra en BioSamples lleva un acceso estable (como SAMEA3231268) y un rico conjunto de características — organismo, tejido o parte del organismo, tipo celular, sexo, enfermedad, etapa de desarrollo, cepa y cualquier atributo proporcionado por el remitente — y es referenciada por otros archivos de EBI, incluidos el Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA), ArrayExpress y PRIDE. /v1/search?q=liver busca muestras por texto libre y devuelve el acceso, nombre, organismo y fecha de publicación de cada coincidencia. /v1/sample?id=SAMEA3231268 devuelve los metadatos de una muestra — su acceso, nombre, ID de taxón de NCBI, organismo, fechas de publicación y actualización, el número de relaciones con otras muestras, y sus características aplanadas en un mapa limpio clave→valor. Los accesos tienen el formato SAMEA…, SAMN… o SAMD…; obtenga uno desde el endpoint de búsqueda. Ideal para integración de datos de ciencias de la vida, seguimiento de muestras, armonización de metadatos y vinculación de datos de secuenciación o expresión con su espécimen fuente. Datos de EMBL-EBI BioSamples (público). Este es un registro de metadatos de muestras biológicas — distinto de las bases de datos de estudios (BioStudies), secuencias (ENA), variantes (ClinVar) y estructuras.

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BioStudies como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que contiene las descripciones de estudios biológicos y enlaza sus datos a través de los recursos de EBI, incluyendo imágenes (BioImage Archive), genómica funcional (ArrayExpress), proteómica y la literatura (Europe PMC). Cada estudio tiene un acceso, un título y resumen, la colección a la que pertenece y enlaces a sus datos subyacentes y publicaciones. /v1/search?query=covid busca en los estudios y devuelve el acceso de cada coincidencia (ej. S-EPMC8017430), título, autor, tipo de estudio, fecha de publicación y recuentos de enlaces/archivos. /v1/study?id=S-EPMC8017430 devuelve los metadatos de un estudio — su acceso, la colección a la que pertenece (como EuropePMC, ArrayExpress o BioImages), título, resumen, fecha de publicación, autores y el número de recursos enlazados. Los accesos tienen el formato S-EPMC8017430 o S-BSST123; obtenga uno del endpoint de búsqueda. Ideal para el descubrimiento de datos de investigación, vinculación de literatura con sus conjuntos de datos subyacentes, revisiones sistemáticas y herramientas de reproducibilidad. Datos de EMBL-EBI BioStudies (público). Este es un índice de metadatos de estudios y conjuntos de datos — distinto de las bases de datos de secuencias (UniProt, ENA), estructuras (PDB, EMDB), variantes (ClinVar) y ontologías.

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El Banco de Datos de Microscopía Electrónica (EMDB) como API, impulsado por EMBL-EBI — el archivo público de mapas de densidad tridimensionales de microscopía electrónica de proteínas, ácidos nucleicos y grandes complejos macromoleculares. EMDB es la contraparte de microscopía electrónica del Protein Data Bank, que alberga mapas resueltos mediante criomicroscopía electrónica de partícula única, tomografía electrónica y cristalografía electrónica, la técnica detrás de la reciente "revolución de la resolución" en biología estructural. /v1/search?q=ribosoma busca en el archivo y devuelve el ID de EMDB de cada entrada coincidente (p. ej., EMD-1010), título, método de microscopía electrónica y resolución en ångström. /v1/entry?id=EMD-1010 devuelve los metadatos de una entrada: su título, el método de EM (partícula única, tomografía, …), el estado de agregación, la resolución, la muestra biológica estudiada, palabras clave de clasificación, las fechas de depósito, publicación del mapa y última actualización, y los autores depositantes. Los IDs de EMDB tienen el formato EMD-1010, y puede pasar solo el número. Ideal para herramientas de biología estructural y criomicroscopía electrónica, aplicaciones de comparación y visualización de estructuras, y educación. Datos de EMBL-EBI EMDB (dominio público). Este es el archivo de MAPAS experimentales de microscopía electrónica — distinto de las estructuras de coordenadas atómicas (PDB), estructuras predichas (AlphaFold) y bases de datos de secuencias de proteínas (UniProt).

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BioModels como API, impulsado por EMBL-EBI, el repositorio más grande del mundo de modelos matemáticos curados y publicados de sistemas biológicos. BioModels recopila modelos computacionales (principalmente en SBML, el Lenguaje de Marcado de Biología de Sistemas) de metabolismo, señalización celular, redes de regulación genética, ciclo celular, procesos de enfermedades y fisiología, cada uno vinculado a la publicación revisada por pares de la que proviene. /v1/search?query=glycolysis busca en el repositorio y devuelve el id de cada modelo coincidente (como BIOMD0000000012), nombre, formato, remitente y fechas de envío/modificación. /v1/model?id=BIOMD0000000012 devuelve los metadatos de un modelo: su nombre y descripción, el formato de codificación, el enfoque de modelado (por ejemplo, modelo de ecuaciones diferenciales ordinarias), el estado de curación, la publicación detrás de él (título, revista, año, autores) y los archivos del modelo. Los ids de los modelos se ven como BIOMD0000000012 para modelos curados o MODEL1234567890 para envíos no curados; obténgalos del endpoint de búsqueda. Ideal para herramientas de biología de sistemas y modelado computacional, flujos de trabajo de investigación reproducible y reutilización de modelos, y enseñanza. Datos de EMBL-EBI BioModels (CC0). Este es un repositorio de modelos computacionales / biología de sistemas, distinto de las bases de datos de secuencias (UniProt, ENA), estructura (PDB, AlphaFold), rutas y variantes (ClinVar).

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El Servicio de Búsqueda de Ontologías (OLS) de EMBL-EBI como una API — un punto de acceso único a más de 280 ontologías biomédicas y científicas y vocabularios controlados en un solo lugar: la Ontología Génica (GO), la Ontología de Enfermedades Humanas (DOID), la Ontología del Fenotipo Humano (HP), ChEBI (entidades químicas), Uberon (anatomía), la Ontología de Factores Experimentales (EFO), Mondo, NCIt y muchos más. /v1/search?q=diabetes busca términos en todas las ontologías (o restringe a una con ontology=doid), devolviendo la etiqueta de cada coincidencia, el id OBO (como DOID:9351 o GO:0008150), la ontología, el IRI y una definición breve. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 devuelve el detalle de un solo término: su etiqueta, definición, IRI, sinónimos y si está obsoleto. /v1/ontologies navega por las ontologías disponibles con su id, título, descripción y número de términos. Los ids OBO se ven como DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 o CHEBI:15377. Ideal para procesamiento de lenguaje natural biomédico, anotación y armonización de datos, autocompletado sobre terminología científica, y herramientas semánticas y de grafos de conocimiento. Datos de EMBL-EBI OLS (abierto). Esta es una búsqueda general de ontologías/vocabularios controlados que abarca muchos dominios — más amplia que un solo tesauro médico como MeSH.

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El Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA) como API, impulsado por EMBL-EBI — uno de los tres socios de INSDC junto con NCBI GenBank y DDBJ, y el archivo público integral de los datos de secuencias de nucleótidos del mundo. ENA contiene lecturas de secuenciación sin procesar, genomas ensamblados y anotados, secuencias individuales, muestras biológicas y los estudios detrás de ellos, para cada dominio de la vida — el recurso fundamental para genómica, microbiología, ecología, evolución e investigación clínica. Esta API proporciona un flujo de trabajo limpio de tres pasos sobre ese archivo. Primero, /v1/taxon resuelve un nombre de organismo (por ejemplo, "Homo sapiens") a su ID de taxón de NCBI, nombre científico, rango taxonómico y linaje completo — o busca un taxón directamente por ID. Luego, /v1/search consulta el archivo para los registros de ese taxón de un tipo elegido: ensamblajes de genoma (con nombre de ensamblaje, nivel y recuento de bases), ejecuciones de secuenciación (con plataforma, instrumento y recuentos de lecturas), muestras biológicas (con fecha de recolección y país), secuencias anotadas, experimentos de lectura, análisis, secuencias codificantes y no codificantes, y estudios — por defecto incluyendo todos los taxones descendientes, o restringido al taxón exacto. Finalmente, /v1/record devuelve un resumen para cualquier acceso de ENA — ensamblajes (GCA_…), estudios y proyectos (PRJ…), muestras (SAM…/ERS…), ejecuciones de secuenciación (ERR…/SRR…) y secuencias — con su título, tipo de datos, taxón, nombre científico, recuentos de bases y secuencias y estado público. Ideal para pipelines bioinformáticos, descubrimiento de datos genómicos, recolección de metadatos de secuenciación, herramientas de biodiversidad y metagenómica, y reproducibilidad de la investigación. Los IDs de taxón se ven como 9606 (humano); los accesos como GCA_000001405. Datos de EMBL-EBI ENA, un archivo de INSDC, de uso gratuito.

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