#gene-ontology

Función génica como API — impulsada por QuickGO de EMBL-EBI y la Ontología Génica (GO), el vocabulario estándar que describe lo que hacen los productos génicos en tres aspectos: función molecular, proceso biológico y componente celular. Dado un gen o proteína (un acceso de UniProt), enumera cada anotación GO realizada para él — el término GO, su aspecto, el calificador, el código de evidencia, la referencia de apoyo (ej. un id de PubMed), el organismo y quién lo asignó — opcionalmente filtrado por aspecto u organismo. Consulta cualquier término GO para obtener su definición, aspecto, sinónimos y número de términos hijos; y busca en la ontología por nombre para encontrar los términos GO correctos. Los nombres de los términos GO se resuelven automáticamente en las anotaciones. Desde TP53 hasta cualquier proteína en cualquier especie, es la columna vertebral de la genómica funcional — ideal para análisis de enriquecimiento, pipelines de anotación, bioinformática y herramientas de investigación. Un recurso de anotación de función génica (qué genes tienen qué funciones, con evidencia) — distinto de la consulta genérica de términos de ontología. Datos abiertos de QuickGO de EMBL-EBI y el Consorcio GO (CC BY 4.0).

api.oanor.com/quickgo-api

El Servicio de Búsqueda de Ontologías (OLS) de EMBL-EBI como una API — un punto de acceso único a más de 280 ontologías biomédicas y científicas y vocabularios controlados en un solo lugar: la Ontología Génica (GO), la Ontología de Enfermedades Humanas (DOID), la Ontología del Fenotipo Humano (HP), ChEBI (entidades químicas), Uberon (anatomía), la Ontología de Factores Experimentales (EFO), Mondo, NCIt y muchos más. /v1/search?q=diabetes busca términos en todas las ontologías (o restringe a una con ontology=doid), devolviendo la etiqueta de cada coincidencia, el id OBO (como DOID:9351 o GO:0008150), la ontología, el IRI y una definición breve. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 devuelve el detalle de un solo término: su etiqueta, definición, IRI, sinónimos y si está obsoleto. /v1/ontologies navega por las ontologías disponibles con su id, título, descripción y número de términos. Los ids OBO se ven como DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 o CHEBI:15377. Ideal para procesamiento de lenguaje natural biomédico, anotación y armonización de datos, autocompletado sobre terminología científica, y herramientas semánticas y de grafos de conocimiento. Datos de EMBL-EBI OLS (abierto). Esta es una búsqueda general de ontologías/vocabularios controlados que abarca muchos dominios — más amplia que un solo tesauro médico como MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Ontologías biomédicas como API, impulsadas por el Servicio de Búsqueda de Ontologías del EBI (OLS). Busque en más de 280 ontologías curadas — enfermedades (MONDO), fenotipos humanos (HP), la Ontología Génica (GO), anatomía (UBERON), tipos celulares (CL), química (ChEBI), factores experimentales (EFO), el Tesauro del NCI y muchas más — para encontrar términos por nombre; explore el catálogo completo de ontologías con versiones y recuentos de términos; lea cualquier término para obtener su definición, sinónimos exactos, id OBO, IRI y estado de obsoleto; y recorra la jerarquía de clases a través de los padres e hijos directos de un término. Ideal para armonización y codificación de datos clínicos, búsqueda biomédica y autocompletado, enriquecimiento de grafos de conocimiento, anotación y curaduría, y aplicaciones de investigación y EHR que necesiten vocabularios estándar. Los ids OBO se ven como MONDO:0005148 o GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api