#gene-ontology

Genfunctie als API — aangedreven door EMBL-EBI's QuickGO en de Gene Ontology (GO), de standaard vocabulaire die beschrijft wat genproducten doen over drie aspecten: moleculaire functie, biologisch proces en cellulaire component. Gegeven een gen of eiwit (een UniProt-accessie), vermeld elke GO-annotatie die ervoor is gemaakt — de GO-term, het aspect, de kwalificatie, de bewijscode, de ondersteunende referentie (bijv. een PubMed-id), het organisme en wie het heeft toegewezen — optioneel gefilterd op aspect of organisme. Zoek elke GO-term op om de definitie, het aspect, synoniemen en het aantal kindtermen te krijgen; en doorzoek de ontologie op naam om de juiste GO-termen te vinden. GO-termnamen worden automatisch opgelost bij annotaties. Van TP53 tot elk eiwit in elke soort, het is de ruggengraat van functionele genomica — ideaal voor verrijkingsanalyse, annotatiepijplijnen, bio-informatica en onderzoekstools. Een gen-functieannotatiebron (welke genen welke functies hebben, met bewijs) — anders dan generieke ontologie-termopzoekingen. Open data van EMBL-EBI QuickGO en het GO Consortium (CC BY 4.0).

api.oanor.com/quickgo-api

De EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) als een API — een enkel toegangspunt tot meer dan 280 biomedische en wetenschappelijke ontologieën en gecontroleerde vocabularia op één plek: de Gene Ontology (GO), de Human Disease Ontology (DOID), de Human Phenotype Ontology (HP), ChEBI (chemische entiteiten), Uberon (anatomie), de Experimental Factor Ontology (EFO), Mondo, NCIt en vele andere. /v1/search?q=diabetes doorzoekt termen in alle ontologieën (of beperk tot één met ontology=doid), en retourneert voor elke overeenkomst het label, OBO-id (zoals DOID:9351 of GO:0008150), ontologie, IRI en een korte definitie. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 retourneert de details van één term — het label, de definitie, IRI, synoniemen en of deze verouderd is. /v1/ontologies bladert door de beschikbare ontologieën met hun id, titel, beschrijving en aantal termen. OBO-id's zien eruit als DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 of CHEBI:15377. Ideaal voor biomedische natuurlijke-taalverwerking, gegevensannotatie en -harmonisatie, automatisch aanvullen van wetenschappelijke terminologie, en semantische en kennisgraaf-tooling. Gegevens van EMBL-EBI OLS (open). Dit is een algemene ontologie / gecontroleerd-vocabularium-opzoeking die vele domeinen bestrijkt — breder dan een enkele medische thesaurus zoals MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Biomedische ontologieën als API, aangedreven door de EBI Ontology Lookup Service (OLS). Doorzoek meer dan 280+ samengestelde ontologieën — ziekten (MONDO), menselijke fenotypes (HP), de Gene Ontology (GO), anatomie (UBERON), celtypen (CL), chemie (ChEBI), experimentele factoren (EFO), de NCI Thesaurus en vele andere — om termen te vinden op naam; blader door de volledige ontologiecatalogus met versies en termaantallen; lees elke term voor de definitie, exacte synoniemen, OBO-id, IRI en verouderde status; en doorloop de klassehiërarchie via de directe ouders en kinderen van een term. Ideaal voor klinische data-harmonisatie en -codering, biomedisch zoeken en automatisch aanvullen, kennisgraafverrijking, annotatie- en curatiepijplijnen, en onderzoeks- en EPD-toepassingen die standaardvocabulaires nodig hebben. OBO-ids zien eruit als MONDO:0005148 of GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api