#gene-ontology

Γονιδιακή λειτουργία ως API — υποστηρίζεται από το QuickGO του EMBL-EBI και τη Γονιδιακή Οντολογία (GO), το πρότυπο λεξιλόγιο που περιγράφει τι κάνουν τα γονιδιακά προϊόντα σε τρεις πτυχές: μοριακή λειτουργία, βιολογική διαδικασία και κυτταρικό συστατικό. Δεδομένου ενός γονιδίου ή πρωτεΐνης (μιας πρόσβασης UniProt), καταγράψτε κάθε σχόλιο GO που έγινε για αυτό — τον όρο GO, την πτυχή του, τον προσδιοριστή, τον κωδικό απόδειξης, την υποστηρικτική αναφορά (π.χ. ένα PubMed id), τον οργανισμό και ποιος το ανέθεσε — προαιρετικά φιλτραρισμένο ανά πτυχή ή οργανισμό. Αναζητήστε οποιονδήποτε όρο GO για να λάβετε τον ορισμό του, την πτυχή, τα συνώνυμα και τον αριθμό των θυγατρικών όρων· και αναζητήστε την οντολογία με όνομα για να βρείτε τους σωστούς όρους GO. Τα ονόματα όρων GO επιλύονται αυτόματα στις σχολιασμούς. Από το TP53 έως οποιαδήποτε πρωτεΐνη σε οποιοδήποτε είδος, είναι η ραχοκοκαλιά της λειτουργικής γονιδιωματικής — ιδανικό για ανάλυση εμπλουτισμού, αγωγούς σχολιασμού, βιοπληροφορική και ερευνητικά εργαλεία. Ένας πόρος σχολιασμού γονιδιακής λειτουργίας (ποια γονίδια έχουν ποιες λειτουργίες, με αποδείξεις) — διακριτός από τη γενική αναζήτηση όρων οντολογίας. Ανοιχτά δεδομένα από το QuickGO του EMBL-EBI και την Κοινοπραξία GO (CC BY 4.0).

api.oanor.com/quickgo-api

Η Υπηρεσία Αναζήτησης Οντολογιών (OLS) του EMBL-EBI ως API — ένα ενιαίο σημείο πρόσβασης σε περισσότερες από 280 βιοϊατρικές και επιστημονικές οντολογίες και ελεγχόμενα λεξιλόγια σε ένα μέρος: τη Γονιδιακή Οντολογία (GO), την Οντολογία Ανθρώπινων Ασθενειών (DOID), την Οντολογία Ανθρώπινου Φαινοτύπου (HP), ChEBI (χημικές οντότητες), Uberon (ανατομία), την Οντολογία Πειραματικών Παραγόντων (EFO), Mondo, NCIt και πολλές άλλες. Το /v1/search?q=diabetes αναζητά όρους σε όλες τις οντολογίες (ή περιορίζεται σε μία με ontology=doid), επιστρέφοντας την ετικέτα κάθε αντιστοίχισης, το OBO id (όπως DOID:9351 ή GO:0008150), την οντολογία, το IRI και έναν σύντομο ορισμό. Το /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 επιστρέφει τις λεπτομέρειες ενός μόνο όρου — την ετικέτα, τον ορισμό, το IRI, τα συνώνυμα και αν είναι απαρχαιωμένος. Το /v1/ontologies περιηγείται στις διαθέσιμες οντολογίες με το id, τον τίτλο, την περιγραφή και τον αριθμό όρων τους. Τα OBO ids μοιάζουν με DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 ή CHEBI:15377. Ιδανικό για βιοϊατρική επεξεργασία φυσικής γλώσσας, σχολιασμό και εναρμόνιση δεδομένων, αυτόματη συμπλήρωση επιστημονικής ορολογίας και εργαλεία σημασιολογίας και γράφων γνώσης. Δεδομένα από το EMBL-EBI OLS (ανοιχτά). Πρόκειται για μια γενική αναζήτηση οντολογίας / ελεγχόμενου λεξιλογίου που καλύπτει πολλούς τομείς — ευρύτερη από ένα μόνο ιατρικό θησαυρό όπως το MeSH.

api.oanor.com/ols-api

Βιοϊατρικές οντολογίες ως API, με τη δύναμη της EBI Ontology Lookup Service (OLS). Αναζήτηση σε 280+ επιμελημένες οντολογίες — ασθένειες (MONDO), ανθρώπινοι φαινότυποι (HP), η Γονιδιακή Οντολογία (GO), ανατομία (UBERON), τύποι κυττάρων (CL), χημεία (ChEBI), πειραματικοί παράγοντες (EFO), το NCI Thesaurus και πολλές άλλες — για εύρεση όρων με όνομα· περιήγηση στον πλήρη κατάλογο οντολογιών με εκδόσεις και αριθμούς όρων· ανάγνωση οποιουδήποτε όρου για τον ορισμό του, ακριβή συνώνυμα, OBO id, IRI και κατάσταση απαρχαιότητας· και περιήγηση στην ιεραρχία κλάσεων μέσω των άμεσων γονέων και παιδιών ενός όρου. Ιδανικό για εναρμόνιση και κωδικοποίηση κλινικών δεδομένων, βιοϊατρική αναζήτηση και αυτόματη συμπλήρωση, εμπλουτισμό γράφων γνώσης, σωλήνες σχολιασμού και επιμέλειας, και εφαρμογές έρευνας και Ηλεκτρονικού Φακέλου Υγείας που χρειάζονται τυποποιημένα λεξιλόγια. Τα OBO ids μοιάζουν με MONDO:0005148 ή GO:0008150.

api.oanor.com/ontology-api