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PRIDE API

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Das PRIDE-Proteomik-Archiv als API, betrieben vom EMBL-EBI PRIDE Archive – dem weltweit größten öffentlichen Repository für Massenspektrometrie-Proteomikdaten und Gründungsmitglied von ProteomeXchange. Durchsuchen Sie öffentliche Proteomik-Experimente nach Stichwort (Rückgabe der Zugangsnummer, des Titels, der Organismen, Krankheiten und Instrumente jedes Projekts); lesen Sie die vollständigen Metadaten eines Projekts, einschließlich seiner Beschreibung, Schlüsselwörter, Organismen und Organismusteile, Massenspektrometrie-Instrumente, Software, identifizierte Proteinmodifikationen, Proben- und Datenverarbeitungsprotokolle, Einreicher, Zugehörigkeiten und die verknüpfte Publikation (DOI und PubMed); listen Sie die Datendateien eines Projekts mit ihrer Kategorie, ihrem Format, ihrer Größe und einem direkten Download-Link auf; und erkunden Sie Facetten – die Krankheiten, Organismen, Instrumente, Experimenttypen, Software und Länder, die in übereinstimmenden Projekten vertreten sind – zur Entdeckung. Ideal für Proteomik- und Systembiologie-Forschung, Datensatz-Wiederverwendung und Metaanalyse, Bioinformatik-Pipelines und Tools, die experimentelle Evidenz integrieren. Projektzugangsnummern sehen aus wie PXD000001. Daten von EMBL-EBI.

#pride #proteomics #mass-spectrometry #datasets #proteomexchange #bioinformatics #life-sciences
api.oanor.com/pride-api
API-Key holen Im Playground testen → Anbieter kontaktieren

Maschinenlesbare Spezifikation, damit KI-Agenten diese API integrieren können.

/api/pride-api/openapi.json
/api/pride-api/llms.txt

Discovery: GET /api/index.json listet alle APIs.

API-Health

gesund
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Andere APIs mit überschneidenden Tags.

UniProt API

Die UniProt-Proteindatenbank als API, betrieben durch den offiziellen UniProt-REST-Dienst, kuratiert von EMBL-EBI, SIB und PIR. Schlagen Sie jedes Protein nach seiner UniProt-Accession nach, um Protein- und Gennamen, Organismus, Länge, Masse, Funktion, Schlüsselwörter, Gene-Ontology-(GO)-Begriffe und verknüpfte PDB-3D-Strukturen zu erhalten; führen Sie Volltext-Proteinsuchen durch, gefiltert nach Organismus (NCBI-Taxon-ID) und Swiss-Prot-Review-Status; rufen Sie Aminosäuresequenzen mit FASTA, Molekulargewicht und CRC64-Prüfsumme ab; listen Sie Sequenzmerkmale wie Signalpeptide, Ketten, Domänen, aktive und Bindungsstellen, modifizierte Reste und natürliche Varianten auf, mit einer Aufschlüsselung nach Typ; lösen Sie NCBI-Taxonomieknoten mit ihrer vollständigen Abstammungslinie auf; und ziehen Sie Referenzproteome mit Proteinzahlen und Genom-Assembly-IDs. Über alle Reiche des Lebens hinweg, vom Menschen bis zu Bakterien. Ideal für Bioinformatik-Pipelines, Wirkstoffforschungs- und Proteomik-Tools, Sequenzanalyse-Dashboards, akademische Forschungs-Apps und Life-Science-Chatbots.

api.oanor.com/uniprot-api

MetaboLights API

MetaboLights als API, bereitgestellt von EMBL-EBI — dem weltweit führenden offenen Repositorium für Metabolomik-Experimente (NMR-Spektroskopie und Massenspektrometrie) und einer Schwesterressource zu PRIDE für Proteomik. Durchsuchen Sie die öffentlichen Metabolomik-Studien nach Stichwort (Rückgabe der Zugangsnummer, des Titels, der Beschreibung und des Organismus jeder Studie); lesen Sie die vollständigen Metadaten einer Studie einschließlich ihrer Zusammenfassung, ihres Status, ihrer Einreichungs- und Veröffentlichungsdaten, der Studiendesign-Deskriptoren, der experimentellen Faktoren, der analytischen Assays mit ihrem Messtyp, ihrer Technologie und Plattform, der Mitwirkenden und ihrer Rollen, der verknüpften Publikationen mit DOI- und PubMed-Identifikatoren, der Einreicher, der Probenanzahl, der FTP-Download-URL und der Datenlizenz; überprüfen Sie den analytischen Workflow — jedes Protokoll mit seinem Namen, Typ, Beschreibung und Parametern (Probenahme, Extraktion, Chromatographie, NMR/MS-Spektroskopie, Datentransformation und Metabolitenidentifikation); und listen Sie die untersuchten Organismen und Organismusteile mit ihren Ontologiebegriffen auf. Ideal für Metabolomik- und Systembiologie-Forschung, Datennutzung und Metaanalyse, Bioinformatik-Pipelines und Tools, die experimentelle Evidenz integrieren. Studienzugangsnummern sehen aus wie MTBLS1. Daten von EMBL-EBI MetaboLights.

api.oanor.com/metabolights-api

Gene Expression API

Funktionelle Genomik-Experimente als API — unterstützt von NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), dem größten öffentlichen Repository für Genexpressionsdaten. GEO archiviert Expressionsserien und kuratierte Datensätze aus Microarray- und Hochdurchsatz-Sequenzierungsexperimenten aller Organismen. Durchsuchen Sie Experimente nach Stichwort und optional nach Organismus, und rufen Sie jede Serie oder jeden Datensatz ab, um deren Metadaten zu erhalten: Titel, Zusammenfassung, Assay-Typ (Expressionsprofilierung durch Array oder durch Sequenzierung), Organismus, Anzahl der Proben, Plattform und die zugrunde liegende Publikation. Von β-Zell-Stress-Studien bis hin zur Krebs-Transkriptomik bei Mensch und Maus verwandelt es das GEO-Archiv in eine einfache Such- und Abruf-API für Transkriptomik, Bioinformatik und Forschungsdaten-Entdeckung. Ein Repository für Genexpressions-/funktionelle Genomik-Datensätze — abgegrenzt von Sequenz- (ENA), Varianten- (ClinVar, dbVar), Struktur- (PDB) und Ontologie-Datenbanken. Offene Daten von NCBI GEO (Public Domain).

api.oanor.com/geodatasets-api

DataCite API

DataCite als API – das globale Register von DOIs (Digital Object Identifiers) für Forschungsergebnisse. Während Crossref DOIs für Zeitschriftenartikel registriert, registriert und beschreibt DataCite DOIs für Forschungsdaten, Software, Proben, Dissertationen, Preprints, Modelle, Bilder und andere Ergebnisse aus Repositorien wie Zenodo, Dryad und Tausenden von Institutionen. /v1/search?query=climate durchsucht das Register im Volltext und kann nach Ressourcentyp eingegrenzt werden (type=dataset, software, text, image, audiovisual, collection, model und mehr) und gibt jeden DOI mit Titel, Typ, Erstellern, Verlag und Veröffentlichungsjahr zurück. /v1/doi?id=10.5281/zenodo.3509134 gibt die vollständigen Metadaten eines einzelnen DOIs zurück – Titel, Ressourcentyp, Ersteller, Verlag, Veröffentlichungsjahr, Beschreibung, Themen, Version, Lizenz und Registrierungsdatum. DOIs sehen aus wie 10.5281/zenodo.3509134 (Zenodo) oder 10.5061/dryad.xxxx (Dryad). Ideal für die Entdeckung und Zitierung von Forschungsdaten, Datenrepositorien und Referenzmanagement-Tools, Software-Zitierungsfunktionen und Reproduzierbarkeits-Workflows. Metadaten sind CC0 von DataCite. Dies ist das Register für Forschungsdaten- und Software-DOIs – unterschieden vom Zeitschriftenartikel-DOI-Index (Crossref) und von Preprint- und Open-Access-Diensten.

api.oanor.com/datacite-api

Häufig gestellte Fragen

Schnelle Antworten zu Preisen, Kontingenten und Integration.

Wie bekomme ich einen API-Key für PRIDE API?
Registriere dich kostenlos auf oanor.com, erstelle einen API-Key im Entwickler-Dashboard und rufe PRIDE API mit dem x-oanor-key-Header auf. Keine Kreditkarte für den Free-Tier nötig.
Wie hoch ist das Rate-Limit für PRIDE API?
Der Free-Tier erlaubt 1 Anfrage pro Sekunde. Bezahlte Pläne skalieren bis zu 50 Anfragen pro Sekunde im Mega-Tier. Harte Limits liefern HTTP 429 oberhalb der Quote — keine überraschenden Mehrkosten.
Was kostet PRIDE API?
PRIDE API hat einen Free-Tier mit 100 Calls / Monat. Bezahlte Pläne starten bei €6.60 / Monat mit höheren Kontingenten und schnelleren Rate-Limits.
Kann ich mein Abo jederzeit kündigen?
Ja. Pläne werden monatlich abgerechnet und du kannst jederzeit in deinem Billing-Dashboard kündigen. Keine Mindestlaufzeit und keine Kündigungsgebühr.
Ist PRIDE API DSGVO-konform?
Alle Anfragen an PRIDE API laufen über unser EU-Gateway. Dein Upstream-API-Key verlässt nie unseren Server und es werden keine personenbezogenen Daten an den Upstream-Anbieter weitergegeben außer der Anfrage selbst.

Wähle einen Endpoint aus der Liste links — Details und Playground erscheinen hier.

Code-Snippets

Registrieren, um einen API-Key zu bekommen, dann jeden Pfad unter deinem Slug aufrufen.

curl https://api.oanor.com/pride-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/pride-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/pride-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/pride-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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