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MetaboLights API

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MetaboLights als API, bereitgestellt von EMBL-EBI — dem weltweit führenden offenen Repositorium für Metabolomik-Experimente (NMR-Spektroskopie und Massenspektrometrie) und einer Schwesterressource zu PRIDE für Proteomik. Durchsuchen Sie die öffentlichen Metabolomik-Studien nach Stichwort (Rückgabe der Zugangsnummer, des Titels, der Beschreibung und des Organismus jeder Studie); lesen Sie die vollständigen Metadaten einer Studie einschließlich ihrer Zusammenfassung, ihres Status, ihrer Einreichungs- und Veröffentlichungsdaten, der Studiendesign-Deskriptoren, der experimentellen Faktoren, der analytischen Assays mit ihrem Messtyp, ihrer Technologie und Plattform, der Mitwirkenden und ihrer Rollen, der verknüpften Publikationen mit DOI- und PubMed-Identifikatoren, der Einreicher, der Probenanzahl, der FTP-Download-URL und der Datenlizenz; überprüfen Sie den analytischen Workflow — jedes Protokoll mit seinem Namen, Typ, Beschreibung und Parametern (Probenahme, Extraktion, Chromatographie, NMR/MS-Spektroskopie, Datentransformation und Metabolitenidentifikation); und listen Sie die untersuchten Organismen und Organismusteile mit ihren Ontologiebegriffen auf. Ideal für Metabolomik- und Systembiologie-Forschung, Datennutzung und Metaanalyse, Bioinformatik-Pipelines und Tools, die experimentelle Evidenz integrieren. Studienzugangsnummern sehen aus wie MTBLS1. Daten von EMBL-EBI MetaboLights.

#metabolights #metabolomics #datasets #mass-spectrometry #nmr #bioinformatics #life-sciences
api.oanor.com/metabolights-api
API-Key holen Im Playground testen → Anbieter kontaktieren

Maschinenlesbare Spezifikation, damit KI-Agenten diese API integrieren können.

/api/metabolights-api/openapi.json
/api/metabolights-api/llms.txt

Discovery: GET /api/index.json listet alle APIs.

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Andere APIs mit überschneidenden Tags.

Gene Expression API

Funktionelle Genomik-Experimente als API — unterstützt von NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), dem größten öffentlichen Repository für Genexpressionsdaten. GEO archiviert Expressionsserien und kuratierte Datensätze aus Microarray- und Hochdurchsatz-Sequenzierungsexperimenten aller Organismen. Durchsuchen Sie Experimente nach Stichwort und optional nach Organismus, und rufen Sie jede Serie oder jeden Datensatz ab, um deren Metadaten zu erhalten: Titel, Zusammenfassung, Assay-Typ (Expressionsprofilierung durch Array oder durch Sequenzierung), Organismus, Anzahl der Proben, Plattform und die zugrunde liegende Publikation. Von β-Zell-Stress-Studien bis hin zur Krebs-Transkriptomik bei Mensch und Maus verwandelt es das GEO-Archiv in eine einfache Such- und Abruf-API für Transkriptomik, Bioinformatik und Forschungsdaten-Entdeckung. Ein Repository für Genexpressions-/funktionelle Genomik-Datensätze — abgegrenzt von Sequenz- (ENA), Varianten- (ClinVar, dbVar), Struktur- (PDB) und Ontologie-Datenbanken. Offene Daten von NCBI GEO (Public Domain).

api.oanor.com/geodatasets-api

DataCite API

DataCite als API – das globale Register von DOIs (Digital Object Identifiers) für Forschungsergebnisse. Während Crossref DOIs für Zeitschriftenartikel registriert, registriert und beschreibt DataCite DOIs für Forschungsdaten, Software, Proben, Dissertationen, Preprints, Modelle, Bilder und andere Ergebnisse aus Repositorien wie Zenodo, Dryad und Tausenden von Institutionen. /v1/search?query=climate durchsucht das Register im Volltext und kann nach Ressourcentyp eingegrenzt werden (type=dataset, software, text, image, audiovisual, collection, model und mehr) und gibt jeden DOI mit Titel, Typ, Erstellern, Verlag und Veröffentlichungsjahr zurück. /v1/doi?id=10.5281/zenodo.3509134 gibt die vollständigen Metadaten eines einzelnen DOIs zurück – Titel, Ressourcentyp, Ersteller, Verlag, Veröffentlichungsjahr, Beschreibung, Themen, Version, Lizenz und Registrierungsdatum. DOIs sehen aus wie 10.5281/zenodo.3509134 (Zenodo) oder 10.5061/dryad.xxxx (Dryad). Ideal für die Entdeckung und Zitierung von Forschungsdaten, Datenrepositorien und Referenzmanagement-Tools, Software-Zitierungsfunktionen und Reproduzierbarkeits-Workflows. Metadaten sind CC0 von DataCite. Dies ist das Register für Forschungsdaten- und Software-DOIs – unterschieden vom Zeitschriftenartikel-DOI-Index (Crossref) und von Preprint- und Open-Access-Diensten.

api.oanor.com/datacite-api

BioStudies API

BioStudies als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – die Datenbank, die die Beschreibungen biologischer Studien enthält und ihre Daten über EBI-Ressourcen hinweg verknüpft, einschließlich Bildgebung (BioImage Archive), funktioneller Genomik (ArrayExpress), Proteomik und der Literatur (Europe PMC). Jede Studie hat eine Accession, einen Titel und ein Abstract, die Sammlung, zu der sie gehört, sowie Links zu ihren zugrunde liegenden Daten und Publikationen. /v1/search?query=covid durchsucht die Studien und gibt für jede Übereinstimmung die Accession (z. B. S-EPMC8017430), den Titel, den Autor, den Studientyp, das Veröffentlichungsdatum und die Anzahl der Links/Dateien zurück. /v1/study?id=S-EPMC8017430 gibt die Metadaten einer Studie zurück – ihre Accession, die Sammlung, zu der sie gehört (wie EuropePMC, ArrayExpress oder BioImages), Titel, Abstract, Veröffentlichungsdatum, Autoren und die Anzahl der verknüpften Ressourcen. Accessions sehen aus wie S-EPMC8017430 oder S-BSST123; eine davon erhalten Sie vom Such-Endpunkt. Ideal für die Entdeckung von Forschungsdaten, die Verknüpfung von Literatur mit ihren zugrunde liegenden Datensätzen, systematische Übersichtsarbeiten und Reproduzierbarkeits-Tools. Daten von EMBL-EBI BioStudies (öffentlich). Dies ist ein Index für Studien- und Datensatz-Metadaten – unterscheidet sich von den Sequenz- (UniProt, ENA), Struktur- (PDB, EMDB), Varianten- (ClinVar) und Ontologie-Datenbanken.

api.oanor.com/biostudies-api

Hugging Face API

Der Hugging Face Hub als API – das zentrale, offene Register für maschinelle Lernmodelle und Datensätze, das einen Großteil des modernen KI-Ökosystems antreibt. Diese API verpackt den öffentlichen huggingface.co Hub in sauberes JSON. /v1/models durchsucht die Modelle des Hubs und ermöglicht die Filterung nach Aufgabe (pipeline_tag – z. B. text-generation, text-to-image, image-classification, automatic-speech-recognition, sentence-similarity) und nach Bibliothek (transformers, diffusers, sentence-transformers, …), sortiert nach Downloads, Likes, letzter Änderung, Erstellungsdatum oder Trend-Score – jedes Modell wird mit seiner ID, Autor, Aufgabe, Bibliothek, Download- und Like-Zahlen, Lizenz, Tags und Zeitstempeln zurückgegeben. /v1/model?id=google-bert/bert-base-uncased gibt die vollständigen Metadaten eines einzelnen Modells zurück. /v1/datasets durchsucht ML-Datensätze auf die gleiche Weise, und /v1/dataset?id=ILSVRC/imagenet-1k gibt die Metadaten eines einzelnen Datensatzes zurück. IDs liegen im Format org/name vor (entnehmen Sie sie den Such-Endpunkten). Ideal für ML- und MLOps-Tools, Modellentdeckungs- und Vergleichsseiten, KI-Bestenlisten und Dashboards sowie KI-Assistenten, die Modelle empfehlen. Die Daten stammen vom öffentlichen Hugging Face Hub (kostenlos nutzbar). Dies ist der KI/ML-Modell- und Datensatz-Hub – abzugrenzen von Software-Paketregistern (npm, PyPI, Maven, NuGet) und akademischen Paper-Indizes (arXiv).

api.oanor.com/huggingface-api

Häufig gestellte Fragen

Schnelle Antworten zu Preisen, Kontingenten und Integration.

Wie bekomme ich einen API-Key für MetaboLights API?
Registriere dich kostenlos auf oanor.com, erstelle einen API-Key im Entwickler-Dashboard und rufe MetaboLights API mit dem x-oanor-key-Header auf. Keine Kreditkarte für den Free-Tier nötig.
Wie hoch ist das Rate-Limit für MetaboLights API?
Der Free-Tier erlaubt 1 Anfrage pro Sekunde. Bezahlte Pläne skalieren bis zu 50 Anfragen pro Sekunde im Mega-Tier. Harte Limits liefern HTTP 429 oberhalb der Quote — keine überraschenden Mehrkosten.
Was kostet MetaboLights API?
MetaboLights API hat einen Free-Tier mit 100 Calls / Monat. Bezahlte Pläne starten bei €6.80 / Monat mit höheren Kontingenten und schnelleren Rate-Limits.
Kann ich mein Abo jederzeit kündigen?
Ja. Pläne werden monatlich abgerechnet und du kannst jederzeit in deinem Billing-Dashboard kündigen. Keine Mindestlaufzeit und keine Kündigungsgebühr.
Ist MetaboLights API DSGVO-konform?
Alle Anfragen an MetaboLights API laufen über unser EU-Gateway. Dein Upstream-API-Key verlässt nie unseren Server und es werden keine personenbezogenen Daten an den Upstream-Anbieter weitergegeben außer der Anfrage selbst.

Wähle einen Endpoint aus der Liste links — Details und Playground erscheinen hier.

Code-Snippets

Registrieren, um einen API-Key zu bekommen, dann jeden Pfad unter deinem Slug aufrufen.

curl https://api.oanor.com/metabolights-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/metabolights-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/metabolights-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/metabolights-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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