#protein-interactions

Eiwit-eiwit interactienetwerken als een API — aangedreven door STRING, de database van bekende en voorspelde eiwitassociaties die bewijs uit laboratoriumexperimenten, samengestelde pathway-databases, gen-co-expressie, genomische context en geautomatiseerde tekstmining combineert in één betrouwbaarheidsscore, voor duizenden organismen. Verkrijg de top interactiepartners van een eiwit (elk met de gecombineerde betrouwbaarheidsscore en de zeven bewijskanaal-subscores), het interactienetwerk tussen een willekeurige set eiwitten als gescoorde randen, en functionele verrijking voor een genset — de oververtegenwoordigde GO-termen, KEGG-pathways, Pfam-domeinen en meer, elk met zijn p-waarde, FDR en lidgenen. Geef gensymbolen (TP53) of STRING/Ensembl-id's, voor menselijk (standaard) of elke soort via NCBI-taxon-id. Het is een hoeksteen van systeembiologie — ideaal voor netwerkanalyse, functionele genomica, pathway- en bioinformatica-tools. Een eiwit-interactienetwerk-bron — onderscheiden van biologische pathways (Reactome), samengestelde eiwitcomplexen (Complex Portal) en Gene Ontology-annotaties (QuickGO). Open data van STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

De STRING-eiwit-eiwitinteractiedatabase als een API — het samengestelde en voorspelde netwerk van functionele associaties tussen eiwitten, aangedreven door de officiële STRING API. Los gen- of eiwitnamen op naar STRING-identificatoren met annotaties; verkrijg de belangrijkste interactiepartners van een eiwit met een gecombineerde betrouwbaarheidsscore en bewijs per kanaal (experimenteel, samengestelde databases, co-expressie, text-mining, genfusie, nabuurschap en co-occurrence); bouw het interactienetwerk tussen een set eiwitten als gescoorde randen; voer functionele verrijking uit van een genset over Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro en meer met p-waarden en false-discovery rates; en score homologie tussen eiwitten. Bestrijkt 12.000+ organismen (standaard mens, NCBI taxon 9606). Ideaal voor systeembiologie- en netwerkbiologie-pijplijnen, genset- en pathway-analyse, geneesmiddeldoelwit- en ziektegenonderzoek, en bioinformatica-dashboards.

api.oanor.com/string-api