#protein-interactions

Redes de interacción proteína-proteína como una API — impulsada por STRING, la base de datos de asociaciones de proteínas conocidas y predichas que combina evidencia de experimentos de laboratorio, bases de datos de rutas curadas, coexpresión génica, contexto genómico y minería de texto automatizada en una sola puntuación de confianza, en miles de organismos. Obtenga los principales socios de interacción de una proteína (cada uno con la puntuación de confianza combinada y las siete subpuntuaciones de canales de evidencia), la red de interacción entre cualquier conjunto de proteínas como aristas puntuadas y el enriquecimiento funcional para un conjunto de genes: los términos GO sobrerrepresentados, las rutas KEGG, los dominios Pfam y más, cada uno con su valor p, FDR y genes miembros. Pase símbolos de genes (TP53) o identificadores STRING/Ensembl, para humanos (por defecto) o cualquier especie por ID de taxón NCBI. Es una piedra angular de la biología de sistemas — ideal para análisis de redes, genómica funcional, rutas y herramientas de bioinformática. Un recurso de redes de interacción de proteínas — distinto de las rutas biológicas (Reactome), los complejos proteicos curados (Complex Portal) y las anotaciones de ontología génica (QuickGO). Datos abiertos de STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

La base de datos de interacciones proteína-proteína STRING como API — la red curada y predicha de asociaciones funcionales entre proteínas, impulsada por la API oficial de STRING. Resuelve nombres de genes o proteínas a identificadores de STRING con anotaciones; obtén los principales socios de interacción de una proteína con una puntuación de confianza combinada y evidencia por canal (experimental, bases de datos curadas, coexpresión, minería de texto, fusión génica, vecindad y co-ocurrencia); construye la red de interacción entre un conjunto de proteínas como aristas con puntuación; realiza enriquecimiento funcional de un conjunto de genes sobre Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro y más con valores p y tasas de descubrimiento falso; y puntúa homología entre proteínas. Cubre más de 12,000 organismos (por defecto humano, taxón NCBI 9606). Ideal para pipelines de biología de sistemas y biología de redes, análisis de conjuntos de genes y rutas, investigación de fármacos-diana y genes de enfermedades, y paneles de bioinformática.

api.oanor.com/string-api