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API Rfam

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La base de données Rfam des familles d'ARN non codants sous forme d'API, propulsée par EMBL-EBI. Rfam regroupe les ARN fonctionnels partageant une origine évolutive commune en familles, chacune modélisée par un modèle de covariance construit à partir d'un alignement de référence et d'une structure secondaire. Recherchez les familles par nom, description ou type d'ARN — riboswitches et autres éléments cis-régulateurs, ribozymes, familles de microARN, ARN ribosomiques, ARN de transfert, petits ARN nucléaires et petits ARN nucléolaires, longs ARN non codants et répétitions CRISPR — en obtenant l'accession Rfam, le nom, la description, le type d'ARN et les conservateurs de chaque famille ; lisez l'enregistrement complet d'une famille, y compris sa description, sa classification par type d'ARN, les conservateurs qui l'ont construite, le nombre de séquences dans ses alignements complets et de référence, la source de la structure, le commentaire du conservateur, le clan (groupe de familles apparentées) auquel elle appartient et la version de Rfam ; et parcourez les familles par classe d'ARN. Idéal pour la biologie de l'ARN, les pipelines bioinformatiques, l'annotation des ARN non codants, la génomique comparative et l'enseignement. Les accessions de famille ressemblent à RF00005 (ARN de transfert). Données provenant d'EMBL-EBI Rfam. Pour les familles et domaines de protéines, voir l'API InterPro, pour les séquences protéiques UniProt, pour les ensembles de données protéomiques PRIDE et pour la métabolomique MetaboLights.

#rfam #rna #non-coding-rna #riboswitch #ribozyme #bioinformatics #life-sciences
api.oanor.com/rfam-api
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/api/rfam-api/openapi.json
/api/rfam-api/llms.txt

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Autres APIs avec des balises qui se chevauchent.

API des assemblages de génomes

Assemblages de génomes de référence sous forme d'API — alimentée par NCBI Assembly, le registre des constructions de génomes pour les organismes de l'arbre de la vie. Recherchez des assemblages par organisme (ou texte libre) et consultez les métadonnées de tout assemblage : son accession (GCF_… RefSeq ou GCA_… GenBank), son nom (par exemple GRCh38.p14), l'organisme et l'identifiant taxonomique, le niveau d'assemblage (génome complet, chromosome, échafaudage ou contig), les statistiques de contiguïté (N50 des contigs et des échafaudages), la couverture de séquençage, la catégorie RefSeq, les noms UCSC et Ensembl, l'organisation soumettrice, la date de publication et les chemins de téléchargement FTP. Du génome de référence humain à tout microbe, plante ou animal séquencé, il transforme le registre des assemblages de génomes en une API propre de recherche et de récupération. Un registre d'assemblages de génomes — distinct des bases de données de séquences (ENA), d'annotation de génomes (Ensembl), de variants (ClinVar, dbVar) et d'expression génique (GEO). Données ouvertes de NCBI Assembly (domaine public).

api.oanor.com/genomes-api

API d'expression génique

Expériences de génomique fonctionnelle sous forme d'API — propulsée par NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), le plus grand référentiel public de données d'expression génique. GEO archive des séries d'expression et des ensembles de données organisés provenant d'expériences de puces à ADN et de séquençage à haut débit pour chaque organisme. Recherchez des expériences par mot-clé et éventuellement par organisme, et consultez toute série ou ensemble de données pour obtenir ses métadonnées : titre, résumé, type de test (profilage d'expression par puce ou par séquençage), organisme, nombre d'échantillons, plateforme et publication associée. Des études sur le stress des cellules β à la transcriptomique du cancer chez l'humain et la souris, il transforme l'archive GEO en une API simple de recherche et de récupération pour la transcriptomique, la bioinformatique et la découverte de données de recherche. Un référentiel de données d'expression génique / génomique fonctionnelle — distinct des bases de données de séquences (ENA), de variants (ClinVar, dbVar), de structures (PDB) et d'ontologies. Données ouvertes de NCBI GEO (domaine public).

api.oanor.com/geodatasets-api

API des Variants Structuraux

Variation structurelle génomique humaine sous forme d'API — alimentée par NCBI dbVar, l'archive des variants structuraux (SV) : variants du nombre de copies (CNV), grandes délétions, duplications, insertions, inversions et translocations, généralement de plus de 50 paires de bases. Il s'agit de la contrepartie structurelle des bases de données de variants nucléotidiques uniques : recherchez les variants structuraux chevauchant un gène (ou par texte libre) et obtenez pour chaque variant son accession dbVar, l'étude dont il provient, son type, les gènes qu'il chevauche, son placement génomique sur GRCh38 et sa signification clinique ; puis consultez n'importe quel variant pour obtenir l'enregistrement complet — placements sur les assemblages GRCh37 et GRCh38, type de variant, gènes, signification clinique, type d'étude, méthodes et comptages de variants. Des CNV de BRCA1 aux délétions du Cri-du-chat, c'est idéal pour la génomique, la cytogénétique, les maladies rares et la bioinformatique. Une ressource de variation structurelle / CNV — distincte de l'interprétation clinique des variants nucléotidiques uniques (ClinVar), des fréquences alléliques de population (gnomAD) et des associations de traits (GWAS). Données ouvertes de NCBI dbVar (domaine public).

api.oanor.com/dbvar-api

API Interactions Protéiques

Réseaux d'interactions protéine-protéine sous forme d'API — propulsé par STRING, la base de données d'associations protéiques connues et prédites qui combine des preuves issues d'expériences de laboratoire, de bases de données de voies organisées, de co-expression génique, de contexte génomique et de fouille de texte automatisée en un seul score de confiance, à travers des milliers d'organismes. Obtenez les principaux partenaires d'interaction d'une protéine (chacun avec le score de confiance combiné et les sept sous-scores des canaux de preuve), le réseau d'interaction entre n'importe quel ensemble de protéines sous forme d'arêtes notées, et l'enrichissement fonctionnel pour un ensemble de gènes — les termes GO sur-représentés, les voies KEGG, les domaines Pfam et plus encore, chacun avec sa valeur p, son FDR et ses gènes membres. Passez des symboles de gènes (TP53) ou des identifiants STRING/Ensembl, pour l'humain (par défaut) ou toute espèce par identifiant taxonomique NCBI. C'est une pierre angulaire de la biologie des systèmes — idéal pour l'analyse de réseaux, la génomique fonctionnelle, les voies et les outils bioinformatiques. Une ressource de réseau d'interactions protéiques — distincte des voies biologiques (Reactome), des complexes protéiques organisés (Complex Portal) et des annotations Gene Ontology (QuickGO). Données ouvertes de STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

Questions fréquentes

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Comment obtenir une clé API pour API Rfam ?
Inscris-toi gratuitement sur oanor.com, génère une clé API depuis le tableau de bord développeur et appelle API Rfam avec l'en-tête x-oanor-key. Aucune carte bancaire requise pour le forfait gratuit.
Quelle est la limite de débit de API Rfam ?
Le forfait gratuit permet 1 requête par seconde. Les forfaits payants montent jusqu'à 50 requêtes par seconde sur le palier Mega. Les limites strictes renvoient HTTP 429 au-delà du quota — sans frais surprises.
Combien coûte API Rfam ?
API Rfam dispose d'un forfait gratuit avec 100 appels / mois. Les forfaits payants commencent à €6.40 / mois avec des quotas plus élevés et des limites de débit plus rapides.
Puis-je résilier mon abonnement à tout moment ?
Oui. Les abonnements sont facturés mensuellement et tu peux résilier à tout moment depuis le tableau de bord de facturation. Aucun engagement à long terme ni frais de résiliation.
API Rfam est-il conforme au RGPD ?
Toutes les requêtes vers API Rfam transitent par notre passerelle européenne. Ta clé API upstream ne quitte jamais notre serveur et aucune donnée personnelle n'est partagée avec le fournisseur upstream au-delà de la requête envoyée.

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Extraits de code

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curl https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/rfam-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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