API Γονιδιώματος UCSC
Το UCSC Genome Browser ως API — δεδομένα γονιδιώματος αναφοράς για εκατοντάδες είδη, από το διάσημο UCSC Genome Browser στο UC Santa Cruz. Το /v1/genomes παραθέτει τις 220+ συναρμολογήσεις γονιδιώματος που φιλοξενεί το UCSC, καθεμία με το αναγνωριστικό συναρμολόγησης (όπως hg38 για άνθρωπο, mm39 για ποντίκι, danRer11 για ψάρι ζέβρα), οργανισμό, περιγραφή και πηγή δεδομένων. Το /v1/chromosomes?genome=hg38 επιστρέφει τα χρωμοσώματα και τις αλληλουχίες μιας συναρμολόγησης με τα μεγέθη τους σε ζεύγη βάσεων, από το μεγαλύτερο στο μικρότερο. Το /v1/sequence?genome=hg38&chrom=chrM&start=0&end=100 ανακτά την ακατέργαστη αλληλουχία DNA οποιασδήποτε γονιδιωματικής περιοχής (έναρξη βάσει 0, ημι-ανοιχτό τέλος· οι περιοχές περιορίζονται σε 100.000 βάσεις ανά κλήση). Τα αναγνωριστικά συναρμολόγησης προέρχονται από το /v1/genomes και τα ονόματα χρωμοσωμάτων μοιάζουν με chr1, chrX ή chrM. Ιδανικό για βιοπληροφορικές αγωγούς, εργαλεία οπτικοποίησης γονιδιώματος και σχεδιασμού εκκινητών, αναζητήσεις περιοχών και αλληλουχιών, συγκριτική γονιδιωματική και διδασκαλία. Δεδομένα από το UCSC Genome Browser (δωρεάν για ακαδημαϊκή, μη κερδοσκοπική και προσωπική χρήση). Πρόκειται για τις συναρμολογήσεις και την ακατέργαστη αλληλουχία αναφοράς του προγράμματος περιήγησης γονιδιώματος — διακριτό από βάσεις δεδομένων γονιδιακής σήμανσης και πρωτεϊνικής αλληλουχίας όπως Ensembl, UniProt και ENA.
api.oanor.com/ucsc-api
