UCSC Genome API
Der UCSC Genome Browser als API – Referenzgenomdaten für Hunderte von Arten, vom renommierten UCSC Genome Browser an der UC Santa Cruz. /v1/genomes listet die über 220 Genom-Assemblies, die UCSC hostet, jeweils mit ihrer Assembly-ID (wie hg38 für Mensch, mm39 für Maus, danRer11 für Zebrafisch), Organismus, Beschreibung und Datenquelle. /v1/chromosomes?genome=hg38 gibt die Chromosomen und Sequenzen einer Assembly mit ihren Größen in Basenpaaren zurück, beginnend mit dem größten. /v1/sequence?genome=hg38&chrom=chrM&start=0&end=100 ruft die rohe DNA-Sequenz einer beliebigen Genomregion ab (0-basierter Start, halboffenes Ende; Regionen sind auf 100.000 Basen pro Aufruf begrenzt). Assembly-IDs stammen von /v1/genomes und Chromosomennamen sehen aus wie chr1, chrX oder chrM. Ideal für Bioinformatik-Pipelines, Genomvisualisierungs- und Primerdesign-Tools, Regions- und Sequenzabfragen, vergleichende Genomik und Lehre. Daten vom UCSC Genome Browser (kostenlos für akademische, gemeinnützige und persönliche Nutzung). Dies sind die Assemblies und die rohe Referenzsequenz des Genom-Browsers – zu unterscheiden von Genannotations- und Proteinsequenzdatenbanken wie Ensembl, UniProt und ENA.
api.oanor.com/ucsc-api
