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BioModels API

BioModels als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – das weltweit größte Repository kuratierter, veröffentlichter mathematischer Modelle biologischer Systeme. BioModels sammelt Computermodelle (hauptsächlich in SBML, der Systems Biology Markup Language) von Stoffwechsel, Zellsignalisierung, Genregulationsnetzwerken, Zellzyklus, Krankheitsprozessen und Physiologie, jeweils verknüpft mit der begutachteten Veröffentlichung, aus der sie stammen. /v1/search?query=glycolysis durchsucht das Repository und gibt für jedes passende Modell die ID (wie BIOMD0000000012), den Namen, das Format, den Einreicher sowie die Einreichungs-/Änderungsdaten zurück. /v1/model?id=BIOMD0000000012 gibt die Metadaten eines Modells zurück – seinen Namen und Beschreibung, das Kodierungsformat, den Modellierungsansatz (z. B. gewöhnliches Differentialgleichungsmodell), den Kuratierungsstatus, die zugrunde liegende Veröffentlichung (Titel, Zeitschrift, Jahr, Autoren) und die Modelldateien. Modell-IDs sehen aus wie BIOMD0000000012 für kuratierte Modelle oder MODEL1234567890 für nicht kuratierte Einreichungen; erhalten Sie sie vom Such-Endpunkt. Ideal für Systembiologie- und Computermodellierungswerkzeuge, reproduzierbare Forschungs- und Modellwiederverwendungs-Workflows sowie Lehre. Daten von EMBL-EBI BioModels (CC0). Dies ist ein Systembiologie-/Computermodell-Repository – abzugrenzen von Sequenz- (UniProt, ENA), Struktur- (PDB, AlphaFold), Pathway- und Varianten-Datenbanken (ClinVar).