ENA API
Het European Nucleotide Archive (ENA) als API, aangedreven door EMBL-EBI — een van de drie INSDC-partners naast NCBI GenBank en DDBJ, en het uitgebreide openbare archief van 's werelds nucleotidesequentiegegevens. ENA bevat ruwe sequencing-reads, geassembleerde en geannoteerde genomen, individuele sequenties, biologische monsters en de studies erachter, voor elk domein van het leven — de ruggengraatbron voor genomica, microbiologie, ecologie, evolutie en klinisch onderzoek. Deze API biedt een heldere driestappenworkflow over dat archief. Eerst lost /v1/taxon een organismenaam (bijv. "Homo sapiens") op naar zijn NCBI-taxon-id, wetenschappelijke naam, taxonomische rang en volledige afstamming — of zoekt een taxon direct op via id. Vervolgens doorzoekt /v1/search het archief naar records van dat taxon van een gekozen type: genoomassemblages (met assemblagenaam, niveau en basistelling), sequencing-runs (met platform, instrument en leestellingen), biologische monsters (met verzamelingsdatum en land), geannoteerde sequenties, leesexperimenten, analyses, coderende en niet-coderende sequenties, en studies — standaard inclusief alle afstammende taxa, of beperkt tot het exacte taxon. Ten slotte retourneert /v1/record een samenvatting voor elke ENA-accessie — assemblages (GCA_…), studies en projecten (PRJ…), monsters (SAM…/ERS…), sequencing-runs (ERR…/SRR…) en sequenties — met de titel, gegevenstype, taxon, wetenschappelijke naam, basis- en sequentietellingen en openbare status. Ideaal voor bioinformatica-pijplijnen, genoomgegevensontdekking, sequencing-metadata-oogst, biodiversiteits- en metagenomica-tooling, en reproduceerbaarheid van onderzoek. Taxon-id's zien eruit als 9606 (mens); accessies zoals GCA_000001405. Gegevens van EMBL-EBI ENA, een INSDC-archief, gratis te gebruiken.
api.oanor.com/ena-api
