ENA API
Το Ευρωπαϊκό Αρχείο Νουκλεοτιδίων (ENA) ως API, υποστηριζόμενο από το EMBL-EBI — ένας από τους τρεις συνεργάτες του INSDC μαζί με τα NCBI GenBank και DDBJ, και το ολοκληρωμένο δημόσιο αρχείο των δεδομένων νουκλεοτιδικών αλληλουχιών του κόσμου. Το ENA περιέχει ακατέργαστες αναγνώσεις αλληλουχιών, συναρμολογημένα και σχολιασμένα γονιδιώματα, μεμονωμένες αλληλουχίες, βιολογικά δείγματα και τις μελέτες πίσω από αυτά, για κάθε τομέα της ζωής — τον βασικό πόρο για γονιδιωματική, μικροβιολογία, οικολογία, εξέλιξη και κλινική έρευνα. Αυτό το API παρέχει μια καθαρή ροή εργασίας τριών βημάτων πάνω από αυτό το αρχείο. Πρώτα, το /v1/taxon αναλύει ένα όνομα οργανισμού (π.χ. "Homo sapiens") στο αναγνωριστικό taxon NCBI, επιστημονική ονομασία, ταξινομική βαθμίδα και πλήρη γενεαλογία — ή αναζητά ένα taxon απευθείας με αναγνωριστικό. Στη συνέχεια, το /v1/search αναζητά στο αρχείο εγγραφές αυτού του taxon ενός επιλεγμένου τύπου: γονιδιωματικές συναρμολογήσεις (με όνομα συναρμολόγησης, επίπεδο και αριθμό βάσεων), αλληλουχίες αλληλούχησης (με πλατφόρμα, όργανο και αριθμούς αναγνώσεων), βιολογικά δείγματα (με ημερομηνία συλλογής και χώρα), σχολιασμένες αλληλουχίες, πειράματα ανάγνωσης, αναλύσεις, κωδικές και μη κωδικές αλληλουχίες και μελέτες — από προεπιλογή συμπεριλαμβάνοντας όλα τα απόγονα taxa, ή περιορισμένα στο ακριβές taxon. Τέλος, το /v1/record επιστρέφει μια περίληψη για οποιαδήποτε πρόσβαση ENA — συναρμολογήσεις (GCA_…), μελέτες και έργα (PRJ…), δείγματα (SAM…/ERS…), αλληλουχίες αλληλούχησης (ERR…/SRR…) και αλληλουχίες — με τον τίτλο, τον τύπο δεδομένων, το taxon, την επιστημονική ονομασία, τον αριθμό βάσεων και αλληλουχιών και τη δημόσια κατάσταση. Ιδανικό για βιοπληροφορικές σωληνώσεις, ανακάλυψη γονιδιωματικών δεδομένων, συλλογή μεταδεδομένων αλληλούχησης, εργαλεία βιοποικιλότητας και μεταγονιδιωματικής και αναπαραγωγιμότητα έρευνας. Τα αναγνωριστικά taxon μοιάζουν με 9606 (άνθρωπος); οι προσβάσεις όπως GCA_000001405. Δεδομένα από το EMBL-EBI ENA, ένα αρχείο INSDC, δωρεάν για χρήση.
api.oanor.com/ena-api
