#cryo-em

La Banque de données de microscopie électronique (EMDB) en tant qu'API, propulsée par EMBL-EBI — l'archive publique de cartes de densité tridimensionnelles de microscopie électronique de protéines, acides nucléiques et grands complexes macromoléculaires. EMDB est l'équivalent en microscopie électronique de la Protein Data Bank, contenant des cartes résolues par cryo-ME à particule unique, tomographie électronique et cristallographie électronique, la technique derrière la récente « révolution de la résolution » en biologie structurale. /v1/search?q=ribosome recherche dans l'archive et renvoie pour chaque entrée correspondante son identifiant EMDB (par exemple EMD-1010), son titre, la méthode de microscopie électronique et la résolution en ångströms. /v1/entry?id=EMD-1010 renvoie les métadonnées d'une entrée — son titre, la méthode ME (particule unique, tomographie, …), l'état d'agrégation, la résolution, l'échantillon biologique étudié, les mots-clés de classification, les dates de dépôt, de publication de la carte et de dernière mise à jour, ainsi que les auteurs du dépôt. Les identifiants EMDB ressemblent à EMD-1010, et vous pouvez passer uniquement le numéro. Idéal pour les outils de biologie structurale et de cryo-ME, les applications de comparaison de structures et de visualisation, et l'éducation. Données provenant d'EMBL-EBI EMDB (domaine public). Il s'agit de l'archive des cartes expérimentales de microscopie électronique — distincte des structures de coordonnées atomiques (PDB), des structures prédites (AlphaFold) et des bases de données de séquences protéiques (UniProt).

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La RCSB Protein Data Bank en tant qu'API — structures macromoléculaires 3D de protéines, acides nucléiques et complexes, alimentées par les données et services de recherche officiels de la RCSB PDB. Récupérez une entrée de structure par son identifiant PDB à 4 caractères pour son titre, sa méthode expérimentale (rayons X, cryo-ME, RMN), sa résolution, ses mots-clés, ses dates de dépôt et de publication, ses auteurs, sa citation principale et les comptes d'entités et d'assemblages ; effectuez une recherche en texte intégral dans l'ensemble des archives, renvoyant les identifiants PDB correspondants et le nombre total de résultats ; lisez une entité polymère pour son nom de protéine ou d'acide nucléique, sa séquence en une lettre, sa longueur, son organisme source, ses chaînes et les identifiants UniProt liés ; lisez un assemblage biologique pour son état oligomérique, sa symétrie et les comptes de chaînes et d'atomes ; listez les ligands liés dans une structure avec leurs identifiants de composants et leurs noms ; et recherchez tout composant chimique (ligand) par code pour sa formule, son poids, son SMILES et son InChIKey. Idéal pour les outils de biologie structurale et de découverte de médicaments, les visualiseurs moléculaires, les pipelines bioinformatiques, les applications éducatives et les tableaux de bord de recherche.

api.oanor.com/pdb-api