#cryo-em

Die Electron Microscopy Data Bank (EMDB) als API, bereitgestellt von EMBL-EBI – das öffentliche Archiv für dreidimensionale elektronenmikroskopische Dichtekarten von Proteinen, Nukleinsäuren und großen makromolekularen Komplexen. EMDB ist das elektronenmikroskopische Gegenstück zur Protein Data Bank und enthält Karten, die durch Einzelpartikel-Kryo-EM, Elektronentomographie und Elektronenkristallographie gelöst wurden – die Technik hinter der jüngsten „Auflösungsrevolution“ in der Strukturbiologie. /v1/search?q=ribosome durchsucht das Archiv und gibt für jeden Treffer die EMDB-ID (z. B. EMD-1010), den Titel, die elektronenmikroskopische Methode und die Auflösung in Ångström zurück. /v1/entry?id=EMD-1010 gibt die Metadaten eines Eintrags zurück – seinen Titel, die EM-Methode (Einzelpartikel, Tomographie, …), den Aggregatzustand, die Auflösung, die untersuchte biologische Probe, Klassifikationsschlüsselwörter, die Daten der Hinterlegung, Kartenfreigabe und letzten Aktualisierung sowie die hinterlegenden Autoren. EMDB-IDs sehen aus wie EMD-1010, und Sie können nur die Nummer übergeben. Ideal für strukturbiologische und Kryo-EM-Werkzeuge, Strukturvergleichs- und Visualisierungs-Apps sowie Bildung. Daten von EMBL-EBI EMDB (Public Domain). Dies ist das Archiv experimenteller elektronenmikroskopischer KARTEN – zu unterscheiden von Atomkoordinatenstrukturen (PDB), vorhergesagten Strukturen (AlphaFold) und Proteinsequenzdatenbanken (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

Die RCSB Protein Data Bank als API — 3D-makromolekulare Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren und Komplexen, unterstützt durch die offiziellen RCSB PDB-Daten und Suchdienste. Rufen Sie einen Struktureintrag anhand seiner 4-stelligen PDB-ID ab für Titel, experimentelle Methode (Röntgen, Kryo-EM, NMR), Auflösung, Schlüsselwörter, Hinterlegungs- und Veröffentlichungsdaten, Autoren, Primärzitat sowie Anzahl der Entitäten und Assemblies; führen Sie eine Volltextsuche über das gesamte Archiv durch, die übereinstimmende PDB-IDs und die Gesamtzahl der Treffer zurückgibt; lesen Sie eine Polymer-Entität für ihren Protein- oder Nukleinsäurenamen, die Einbuchstabensequenz, Länge, Quellorganismus, Ketten und verknüpfte UniProt-IDs aus; lesen Sie eine biologische Assembly für ihren oligomeren Zustand, Symmetrie sowie Ketten- und Atomanzahl; listen Sie die in einer Struktur gebundenen Liganden mit ihren Komponenten-IDs und Namen auf; und schlagen Sie jede chemische Komponente (Ligand) anhand des Codes für Formel, Gewicht, SMILES und InChIKey nach. Ideal für Strukturbiologie- und Wirkstoffforschungs-Tools, molekulare Viewer, Bioinformatik-Pipelines, Bildungs-Apps und Forschungs-Dashboards.

api.oanor.com/pdb-api