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API PDB

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La RCSB Protein Data Bank en tant qu'API — structures macromoléculaires 3D de protéines, acides nucléiques et complexes, alimentées par les données et services de recherche officiels de la RCSB PDB. Récupérez une entrée de structure par son identifiant PDB à 4 caractères pour son titre, sa méthode expérimentale (rayons X, cryo-ME, RMN), sa résolution, ses mots-clés, ses dates de dépôt et de publication, ses auteurs, sa citation principale et les comptes d'entités et d'assemblages ; effectuez une recherche en texte intégral dans l'ensemble des archives, renvoyant les identifiants PDB correspondants et le nombre total de résultats ; lisez une entité polymère pour son nom de protéine ou d'acide nucléique, sa séquence en une lettre, sa longueur, son organisme source, ses chaînes et les identifiants UniProt liés ; lisez un assemblage biologique pour son état oligomérique, sa symétrie et les comptes de chaînes et d'atomes ; listez les ligands liés dans une structure avec leurs identifiants de composants et leurs noms ; et recherchez tout composant chimique (ligand) par code pour sa formule, son poids, son SMILES et son InChIKey. Idéal pour les outils de biologie structurale et de découverte de médicaments, les visualiseurs moléculaires, les pipelines bioinformatiques, les applications éducatives et les tableaux de bord de recherche.

#pdb #protein-structure #structural-biology #crystallography #cryo-em #bioinformatics #rcsb
api.oanor.com/pdb-api
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/api/pdb-api/openapi.json
/api/pdb-api/llms.txt

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Autres APIs avec des balises qui se chevauchent.

API AlphaFold

La base de données de structures protéiques AlphaFold sous forme d'API, propulsée par EMBL-EBI et Google DeepMind. AlphaFold prédit la structure tridimensionnelle d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés avec une précision de niveau expérimental, et la base de données couvre désormais plus de 200 millions de protéines — presque toutes les séquences d'UniProt. Recherchez le modèle AlphaFold pour n'importe quelle protéine par son accession UniProt et obtenez sa description de gène et de protéine, son organisme et sa longueur de séquence, la version du modèle et sa date de création, la métrique de confiance globale, la séquence complète d'acides aminés, et des liens de téléchargement directs vers la structure prédite au format mmCIF, PDB et BinaryCIF ainsi que l'image et les données du tracé de l'erreur alignée prédite (PAE) ; et lisez la couverture structurale d'une protéine — le(s) modèle(s) prédit(s) par AlphaFold et toute structure liée avec leur fournisseur, catégorie de modèle, méthode et la plage de résidus UniProt couverte. Idéal pour la biologie structurale, la découverte de médicaments et l'évaluation de cibles, l'ingénierie des protéines, la visualisation moléculaire et l'enseignement. Les protéines sont identifiées par l'accession UniProt (par exemple P00520 ou P38398). Données provenant de la base de données AlphaFold (CC-BY 4.0). Pour les structures 3D déterminées expérimentalement, voir l'API PDB, pour les séquences protéiques et l'annotation fonctionnelle, l'API UniProt, et pour les familles et domaines, InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

API EMDB

La Banque de données de microscopie électronique (EMDB) en tant qu'API, propulsée par EMBL-EBI — l'archive publique de cartes de densité tridimensionnelles de microscopie électronique de protéines, acides nucléiques et grands complexes macromoléculaires. EMDB est l'équivalent en microscopie électronique de la Protein Data Bank, contenant des cartes résolues par cryo-ME à particule unique, tomographie électronique et cristallographie électronique, la technique derrière la récente « révolution de la résolution » en biologie structurale. /v1/search?q=ribosome recherche dans l'archive et renvoie pour chaque entrée correspondante son identifiant EMDB (par exemple EMD-1010), son titre, la méthode de microscopie électronique et la résolution en ångströms. /v1/entry?id=EMD-1010 renvoie les métadonnées d'une entrée — son titre, la méthode ME (particule unique, tomographie, …), l'état d'agrégation, la résolution, l'échantillon biologique étudié, les mots-clés de classification, les dates de dépôt, de publication de la carte et de dernière mise à jour, ainsi que les auteurs du dépôt. Les identifiants EMDB ressemblent à EMD-1010, et vous pouvez passer uniquement le numéro. Idéal pour les outils de biologie structurale et de cryo-ME, les applications de comparaison de structures et de visualisation, et l'éducation. Données provenant d'EMBL-EBI EMDB (domaine public). Il s'agit de l'archive des cartes expérimentales de microscopie électronique — distincte des structures de coordonnées atomiques (PDB), des structures prédites (AlphaFold) et des bases de données de séquences protéiques (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

API du Complex Portal

Le Complex Portal en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — une base de données encyclopédique et organisée manuellement de complexes macromoléculaires stables : assemblages de deux protéines ou plus (et parfois d'acides nucléiques, de ligands ou de petites molécules) qui fonctionnent ensemble comme une unité fonctionnelle unique, tels que les ribosomes, les protéasomes, les ARN et ADN polymérases, le spliceosome, les complexes de la chaîne respiratoire et des milliers d'autres à travers de nombreuses espèces. Recherchez les complexes par mot-clé et éventuellement par organisme, obtenant pour chaque complexe son accession Complex Portal (CPX-…), son nom, son organisme, sa description et s'il est prédit par calcul ; lisez l'enregistrement complet d'un complexe, y compris ses noms recommandés et systématiques, synonymes, espèces, fonction biologique, les sous-unités participantes avec chacune son identifiant de molécule (par exemple une accession UniProt) et sa stœchiométrie, les ligands et maladies associés, le type de preuve et les références croisées vers UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata et plus encore ; et extrayez simplement la composition en sous-unités d'un complexe. Idéal pour la biologie structurale et des systèmes, l'analyse des voies et des réseaux, la recherche sur la fonction des protéines et les pipelines bioinformatiques. Les accessions de complexes ressemblent à CPX-6036. Données du Complex Portal d'EMBL-EBI (consortium IMEx, CC-BY). Pour les réseaux d'interactions protéine-protéine, voir l'API STRING, pour les séquences protéiques UniProt, pour les voies biologiques Reactome et pour les familles et domaines InterPro.

api.oanor.com/complexes-api

API de cristallographie

Structures cristallines sous forme d'API — propulsé par la Crystallography Open Database (COD), la collection ouverte et publique de plus de 500 000 structures cristallines de composés organiques, inorganiques, métallo-organiques et minéraux. Recherchez dans la base de données par formule chimique (toute casse standard — TiO2, Al2O3, H2O — est normalisée automatiquement) ou par texte libre sur les noms de minéraux, titres et commentaires, puis consultez n'importe quelle structure pour obtenir ses données cristallographiques complètes : formule chimique et de maille, groupe d'espace (Hermann-Mauguin et Hall), la maille élémentaire complète (a, b, c, alpha, bêta, gamma et volume), la publication source (titre, auteurs, revue, année, DOI) et un lien vers le fichier CIF. Du quartz, de la calcite et du diamant à l'anatase, au corindon et au diopside, c'est idéal pour la science des matériaux, la chimie de l'état solide, la minéralogie, l'enseignement de la cristallographie et les outils de recherche. Il s'agit d'une base de données de structures cristallines et de matériaux — distincte des bases de données de propriétés moléculaires (chimie / PubChem) et de structures protéiques (PDB). Données ouvertes de la Crystallography Open Database (CC0 / domaine public).

api.oanor.com/cod-api

Questions fréquentes

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Comment obtenir une clé API pour API PDB ?
Inscris-toi gratuitement sur oanor.com, génère une clé API depuis le tableau de bord développeur et appelle API PDB avec l'en-tête x-oanor-key. Aucune carte bancaire requise pour le forfait gratuit.
Quelle est la limite de débit de API PDB ?
Le forfait gratuit permet 1 requête par seconde. Les forfaits payants montent jusqu'à 50 requêtes par seconde sur le palier Mega. Les limites strictes renvoient HTTP 429 au-delà du quota — sans frais surprises.
Combien coûte API PDB ?
API PDB dispose d'un forfait gratuit avec 100 appels / mois. Les forfaits payants commencent à €7.10 / mois avec des quotas plus élevés et des limites de débit plus rapides.
Puis-je résilier mon abonnement à tout moment ?
Oui. Les abonnements sont facturés mensuellement et tu peux résilier à tout moment depuis le tableau de bord de facturation. Aucun engagement à long terme ni frais de résiliation.
API PDB est-il conforme au RGPD ?
Toutes les requêtes vers API PDB transitent par notre passerelle européenne. Ta clé API upstream ne quitte jamais notre serveur et aucune donnée personnelle n'est partagée avec le fournisseur upstream au-delà de la requête envoyée.

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Extraits de code

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curl https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/pdb-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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