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API · /mgnify-api

API MGnify

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MGnify en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — la plus grande ressource gratuite au monde pour l'analyse et l'archivage des données de séquençage du microbiome, et la sœur métagénomique de PRIDE (protéomique) et MetaboLights (métabolomique). MGnify contient des dizaines de milliers d'études publiques de métagénomique et de métabarcodage couvrant le microbiome intestinal humain, les environnements marins et d'eau douce, les sols, les eaux usées, l'environnement bâti et les communautés associées à l'hôte. Recherchez les études par mot-clé, obtenant pour chaque étude son accession MGnify (MGYS...), son nom, son résumé, son biome, le nombre d'échantillons et le BioProject de séquençage source ; lisez les métadonnées complètes d'une étude, y compris son nom et son résumé, la classification du biome, le nombre d'échantillons, le centre de soumission, le statut public, l'origine des données et la date de dernière mise à jour ; et parcourez l'arbre de classification des biomes de style GOLD — de racine:Associé à l'hôte:Humain:Système digestif à racine:Environnemental:Aquatique:Marin — avec des comptes d'échantillons et d'études par biome, pour la découverte par environnement. Idéal pour la recherche sur le microbiome et la génomique environnementale, la réutilisation des ensembles de données et la méta-analyse, les pipelines bioinformatiques et l'enseignement. Les accessions d'étude ressemblent à MGYS00006862. Données provenant d'EMBL-EBI MGnify.

#mgnify #metagenomics #microbiome #datasets #environmental-genomics #bioinformatics #life-sciences
api.oanor.com/mgnify-api
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Spécification lisible par machine afin que les agents IA puissent intégrer cette API.

/api/mgnify-api/openapi.json
/api/mgnify-api/llms.txt

Découverte: GET /api/index.json répertorie tous les API.

Santé API

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  • 562 appels / mois
  • 2 requêtes / seconde
  • Plafond ferme (429 au-dessus du quota, pas de dépassement)
  • 562 appels/mois
  • 2 req/sec
  • Études, détails et biomes
  • Pas de carte de crédit
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Starter

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  • 21,400 appels / mois
  • 6 requêtes / seconde
  • Plafond ferme (429 au-dessus du quota, pas de dépassement)
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  • 6 req/sec
  • Métadonnées complètes de l'étude
  • Support par e-mail
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Pro

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  • 90,800 appels / mois
  • 15 requêtes / seconde
  • Plafond ferme (429 au-dessus du quota, pas de dépassement)
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  • 15 req/sec
  • Méta-analyse du microbiome
  • Support prioritaire
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Mega

€56.20 /mois

  • 393,000 appels / mois
  • 40 requêtes / seconde
  • Plafond ferme (429 au-dessus du quota, pas de dépassement)
  • 393k appels/mois
  • 40 req/sec
  • Métagénomique à haut débit
  • SLA dédié
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Connexes APIs

Autres APIs avec des balises qui se chevauchent.

API d'expression génique

Expériences de génomique fonctionnelle sous forme d'API — propulsée par NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), le plus grand référentiel public de données d'expression génique. GEO archive des séries d'expression et des ensembles de données organisés provenant d'expériences de puces à ADN et de séquençage à haut débit pour chaque organisme. Recherchez des expériences par mot-clé et éventuellement par organisme, et consultez toute série ou ensemble de données pour obtenir ses métadonnées : titre, résumé, type de test (profilage d'expression par puce ou par séquençage), organisme, nombre d'échantillons, plateforme et publication associée. Des études sur le stress des cellules β à la transcriptomique du cancer chez l'humain et la souris, il transforme l'archive GEO en une API simple de recherche et de récupération pour la transcriptomique, la bioinformatique et la découverte de données de recherche. Un référentiel de données d'expression génique / génomique fonctionnelle — distinct des bases de données de séquences (ENA), de variants (ClinVar, dbVar), de structures (PDB) et d'ontologies. Données ouvertes de NCBI GEO (domaine public).

api.oanor.com/geodatasets-api

API DataCite

DataCite en tant qu'API — le registre mondial des DOI (Digital Object Identifiers) pour les résultats de recherche. Là où Crossref enregistre les DOI pour les articles de revues, DataCite enregistre et décrit les DOI pour les données de recherche, les logiciels, les échantillons, les thèses, les prépublications, les modèles, les images et autres résultats, provenant de référentiels tels que Zenodo, Dryad et des milliers d'institutions. /v1/search?query=climate effectue une recherche en texte intégral dans le registre et peut être affinée par type de ressource (type=dataset, software, text, image, audiovisual, collection, model et plus), renvoyant chaque DOI avec son titre, son type, ses créateurs, son éditeur et son année de publication. /v1/doi?id=10.5281/zenodo.3509134 renvoie les métadonnées complètes d'un seul DOI — titre, type de ressource, créateurs, éditeur, année de publication, description, sujets, version, licence et date d'enregistrement. Les DOI ressemblent à 10.5281/zenodo.3509134 (Zenodo) ou 10.5061/dryad.xxxx (Dryad). Idéal pour la découverte et la citation des données de recherche, les outils de gestion de références et de référentiels de données, les fonctionnalités de citation de logiciels et les flux de travail de reproductibilité. Les métadonnées sont sous licence CC0 de DataCite. Il s'agit du registre des DOI des données de recherche et des logiciels — distinct de l'index des DOI des articles de revues (Crossref) et des services de prépublication et d'accès ouvert.

api.oanor.com/datacite-api

API BioStudies

BioStudies en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — la base de données qui contient les descriptions d'études biologiques et relie leurs données à travers les ressources de l'EBI, y compris l'imagerie (BioImage Archive), la génomique fonctionnelle (ArrayExpress), la protéomique et la littérature (Europe PMC). Chaque étude possède un identifiant, un titre et un résumé, la collection à laquelle elle appartient et des liens vers ses données sous-jacentes et ses publications. /v1/search?query=covid recherche les études et renvoie l'identifiant de chaque correspondance (par exemple S-EPMC8017430), le titre, l'auteur, le type d'étude, la date de publication et les comptes de liens/fichiers. /v1/study?id=S-EPMC8017430 renvoie les métadonnées d'une étude — son identifiant, la collection à laquelle elle appartient (telle que EuropePMC, ArrayExpress ou BioImages), le titre, le résumé, la date de publication, les auteurs et le nombre de ressources liées. Les identifiants ressemblent à S-EPMC8017430 ou S-BSST123 ; obtenez-en un à partir du point de terminaison de recherche. Idéal pour la découverte de données de recherche, la liaison de la littérature à ses ensembles de données sous-jacents, les revues systématiques et les outils de reproductibilité. Données provenant d'EMBL-EBI BioStudies (publiques). Il s'agit d'un index de métadonnées d'études et d'ensembles de données — distinct des bases de données de séquences (UniProt, ENA), de structures (PDB, EMDB), de variants (ClinVar) et d'ontologies.

api.oanor.com/biostudies-api

API Hugging Face

Le Hub Hugging Face en tant qu'API — le registre central et ouvert de modèles et de jeux de données d'apprentissage automatique qui alimente une grande partie de l'écosystème moderne de l'IA. Cette API encapsule le hub public huggingface.co en JSON propre. /v1/models recherche les modèles du Hub et vous permet de filtrer par tâche (pipeline_tag — par exemple text-generation, text-to-image, image-classification, automatic-speech-recognition, sentence-similarity) et par bibliothèque (transformers, diffusers, sentence-transformers, …), triés par téléchargements, likes, dernière modification, date de création ou score de tendance — chaque modèle retourné avec son id, auteur, tâche, bibliothèque, nombre de téléchargements et de likes, licence, tags et horodatages. /v1/model?id=google-bert/bert-base-uncased retourne les métadonnées complètes d'un seul modèle. /v1/datasets recherche les jeux de données ML de la même manière, et /v1/dataset?id=ILSVRC/imagenet-1k retourne les métadonnées d'un seul jeu de données. Les IDs sont sous la forme org/nom (prenez-les depuis les endpoints de recherche). Idéal pour les outils ML et MLOps, les sites de découverte et de comparaison de modèles, les classements et tableaux de bord IA, et les assistants IA qui recommandent des modèles. Les données proviennent du Hub Hugging Face public (gratuit à utiliser). Il s'agit du hub de modèles et de jeux de données IA/ML — distinct des registres de paquets logiciels (npm, PyPI, Maven, NuGet) et des index d'articles académiques (arXiv).

api.oanor.com/huggingface-api

Questions fréquentes

Réponses rapides sur les tarifs, quotas et l'intégration.

Comment obtenir une clé API pour API MGnify ?
Inscris-toi gratuitement sur oanor.com, génère une clé API depuis le tableau de bord développeur et appelle API MGnify avec l'en-tête x-oanor-key. Aucune carte bancaire requise pour le forfait gratuit.
Quelle est la limite de débit de API MGnify ?
Le forfait gratuit permet 1 requête par seconde. Les forfaits payants montent jusqu'à 50 requêtes par seconde sur le palier Mega. Les limites strictes renvoient HTTP 429 au-delà du quota — sans frais surprises.
Combien coûte API MGnify ?
API MGnify dispose d'un forfait gratuit avec 100 appels / mois. Les forfaits payants commencent à €6.50 / mois avec des quotas plus élevés et des limites de débit plus rapides.
Puis-je résilier mon abonnement à tout moment ?
Oui. Les abonnements sont facturés mensuellement et tu peux résilier à tout moment depuis le tableau de bord de facturation. Aucun engagement à long terme ni frais de résiliation.
API MGnify est-il conforme au RGPD ?
Toutes les requêtes vers API MGnify transitent par notre passerelle européenne. Ta clé API upstream ne quitte jamais notre serveur et aucune donnée personnelle n'est partagée avec le fournisseur upstream au-delà de la requête envoyée.

Choisissez un point de terminaison dans la liste de gauche pour voir ses détails et essayez-le.

Extraits de code

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curl https://api.oanor.com/mgnify-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/mgnify-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/mgnify-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/mgnify-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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