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La Base de Datos de Estructuras de Proteínas AlphaFold como una API, impulsada por EMBL-EBI y Google DeepMind. AlphaFold predice la estructura tridimensional de una proteína a partir de su secuencia de aminoácidos con precisión a nivel experimental, y la base de datos ahora cubre más de 200 millones de proteínas — casi todas las secuencias en UniProt. Busca el modelo AlphaFold de cualquier proteína por su acceso UniProt y obtén su descripción de gen y proteína, organismo y longitud de secuencia, versión del modelo y fecha de creación, la métrica de confianza global, la secuencia completa de aminoácidos, y enlaces de descarga directa a la estructura predicha como mmCIF, PDB y BinaryCIF junto con la imagen y datos del gráfico de Error Alineado Predicho (PAE); y lee la cobertura estructural de una proteína — el(los) modelo(s) predicho(s) de AlphaFold y cualquier estructura vinculada con su proveedor, categoría de modelo, método y el rango de residuos de UniProt cubierto. Ideal para biología estructural, descubrimiento de fármacos y evaluación de dianas, ingeniería de proteínas, visualización molecular y enseñanza. Las proteínas se identifican por el acceso UniProt (por ejemplo P00520 o P38398). Datos de la Base de Datos AlphaFold (CC-BY 4.0). Para estructuras 3D determinadas experimentalmente, consulta la API de PDB; para secuencias de proteínas y anotación funcional, la API de UniProt; y para familias y dominios, InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

El Portal de Complejos como API, impulsado por EMBL-EBI — una base de datos enciclopédica curada manualmente de complejos macromoleculares estables: ensamblajes de dos o más proteínas (y a veces ácidos nucleicos, ligandos o moléculas pequeñas) que trabajan juntos como una unidad funcional única, como ribosomas, proteasomas, ARN y ADN polimerasas, el espliceosoma, complejos de la cadena respiratoria y miles más en muchas especies. Busque los complejos por palabra clave y opcionalmente por organismo, obteniendo el identificador de acceso del Portal de Complejos (CPX-…), nombre, organismo, descripción y si es predicho computacionalmente; lea el registro completo curado de un complejo, incluyendo sus nombres recomendados y sistemáticos, sinónimos, especie, función biológica, las subunidades participantes cada una con su identificador de molécula (por ejemplo, un identificador UniProt) y estequiometría, cualquier ligando y enfermedad asociados, el tipo de evidencia y referencias cruzadas a UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata y más; y obtenga solo la composición de subunidades de un complejo. Ideal para biología estructural y de sistemas, análisis de rutas y redes, investigación de función de proteínas y tuberías bioinformáticas. Los identificadores de acceso de complejos se ven como CPX-6036. Datos del Portal de Complejos de EMBL-EBI (consorcio IMEx, CC-BY). Para redes de interacción proteína-proteína, vea la API de STRING, para secuencias de proteínas UniProt, para rutas biológicas Reactome y para familias y dominios InterPro.

api.oanor.com/complexes-api