#ebi

La base de données de structures protéiques AlphaFold sous forme d'API, propulsée par EMBL-EBI et Google DeepMind. AlphaFold prédit la structure tridimensionnelle d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés avec une précision de niveau expérimental, et la base de données couvre désormais plus de 200 millions de protéines — presque toutes les séquences d'UniProt. Recherchez le modèle AlphaFold pour n'importe quelle protéine par son accession UniProt et obtenez sa description de gène et de protéine, son organisme et sa longueur de séquence, la version du modèle et sa date de création, la métrique de confiance globale, la séquence complète d'acides aminés, et des liens de téléchargement directs vers la structure prédite au format mmCIF, PDB et BinaryCIF ainsi que l'image et les données du tracé de l'erreur alignée prédite (PAE) ; et lisez la couverture structurale d'une protéine — le(s) modèle(s) prédit(s) par AlphaFold et toute structure liée avec leur fournisseur, catégorie de modèle, méthode et la plage de résidus UniProt couverte. Idéal pour la biologie structurale, la découverte de médicaments et l'évaluation de cibles, l'ingénierie des protéines, la visualisation moléculaire et l'enseignement. Les protéines sont identifiées par l'accession UniProt (par exemple P00520 ou P38398). Données provenant de la base de données AlphaFold (CC-BY 4.0). Pour les structures 3D déterminées expérimentalement, voir l'API PDB, pour les séquences protéiques et l'annotation fonctionnelle, l'API UniProt, et pour les familles et domaines, InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

Le Complex Portal en tant qu'API, propulsé par EMBL-EBI — une base de données encyclopédique et organisée manuellement de complexes macromoléculaires stables : assemblages de deux protéines ou plus (et parfois d'acides nucléiques, de ligands ou de petites molécules) qui fonctionnent ensemble comme une unité fonctionnelle unique, tels que les ribosomes, les protéasomes, les ARN et ADN polymérases, le spliceosome, les complexes de la chaîne respiratoire et des milliers d'autres à travers de nombreuses espèces. Recherchez les complexes par mot-clé et éventuellement par organisme, obtenant pour chaque complexe son accession Complex Portal (CPX-…), son nom, son organisme, sa description et s'il est prédit par calcul ; lisez l'enregistrement complet d'un complexe, y compris ses noms recommandés et systématiques, synonymes, espèces, fonction biologique, les sous-unités participantes avec chacune son identifiant de molécule (par exemple une accession UniProt) et sa stœchiométrie, les ligands et maladies associés, le type de preuve et les références croisées vers UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata et plus encore ; et extrayez simplement la composition en sous-unités d'un complexe. Idéal pour la biologie structurale et des systèmes, l'analyse des voies et des réseaux, la recherche sur la fonction des protéines et les pipelines bioinformatiques. Les accessions de complexes ressemblent à CPX-6036. Données du Complex Portal d'EMBL-EBI (consortium IMEx, CC-BY). Pour les réseaux d'interactions protéine-protéine, voir l'API STRING, pour les séquences protéiques UniProt, pour les voies biologiques Reactome et pour les familles et domaines InterPro.

api.oanor.com/complexes-api