#reference-genome

Συναρμολογήσεις γονιδιώματος αναφοράς ως API — με τη δύναμη του NCBI Assembly, του καταλόγου γονιδιωματικών κατασκευών για οργανισμούς σε όλο το δέντρο της ζωής. Αναζητήστε συναρμολογήσεις ανά οργανισμό (ή ελεύθερο κείμενο) και δείτε τα μεταδεδομένα οποιασδήποτε συναρμολόγησης: την πρόσβασή της (GCF_… RefSeq ή GCA_… GenBank), το όνομα (π.χ. GRCh38.p14), τον οργανισμό και το αναγνωριστικό taxon, το επίπεδο συναρμολόγησης (πλήρες γονιδίωμα, χρωμόσωμα, σκαλωσιά ή contig), στατιστικά συνέχειας (N50 contig και scaffold), κάλυψη αλληλούχισης, κατηγορία RefSeq, ονόματα UCSC και Ensembl, τον οργανισμό υποβολής, ημερομηνία κυκλοφορίας και διαδρομές λήψης FTP. Από το ανθρώπινο γονιδίωμα αναφοράς έως οποιονδήποτε αλληλουχημένο μικροοργανισμό, φυτό ή ζώο, μετατρέπει τον κατάλογο συναρμολογήσεων γονιδιώματος σε ένα καθαρό API αναζήτησης και λήψης. Ένας κατάλογος συναρμολογήσεων γονιδιώματος — διακριτός από βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (ENA), γονιδιωματικής σχολιασμού (Ensembl), παραλλαγών (ClinVar, dbVar) και γονιδιακής έκφρασης (GEO). Ανοικτά δεδομένα από το NCBI Assembly (δημόσιος τομέας).

api.oanor.com/genomes-api

Το UCSC Genome Browser ως API — δεδομένα γονιδιώματος αναφοράς για εκατοντάδες είδη, από το διάσημο UCSC Genome Browser στο UC Santa Cruz. Το /v1/genomes παραθέτει τις 220+ συναρμολογήσεις γονιδιώματος που φιλοξενεί το UCSC, καθεμία με το αναγνωριστικό συναρμολόγησης (όπως hg38 για άνθρωπο, mm39 για ποντίκι, danRer11 για ψάρι ζέβρα), οργανισμό, περιγραφή και πηγή δεδομένων. Το /v1/chromosomes?genome=hg38 επιστρέφει τα χρωμοσώματα και τις αλληλουχίες μιας συναρμολόγησης με τα μεγέθη τους σε ζεύγη βάσεων, από το μεγαλύτερο στο μικρότερο. Το /v1/sequence?genome=hg38&chrom=chrM&start=0&end=100 ανακτά την ακατέργαστη αλληλουχία DNA οποιασδήποτε γονιδιωματικής περιοχής (έναρξη βάσει 0, ημι-ανοιχτό τέλος· οι περιοχές περιορίζονται σε 100.000 βάσεις ανά κλήση). Τα αναγνωριστικά συναρμολόγησης προέρχονται από το /v1/genomes και τα ονόματα χρωμοσωμάτων μοιάζουν με chr1, chrX ή chrM. Ιδανικό για βιοπληροφορικές αγωγούς, εργαλεία οπτικοποίησης γονιδιώματος και σχεδιασμού εκκινητών, αναζητήσεις περιοχών και αλληλουχιών, συγκριτική γονιδιωματική και διδασκαλία. Δεδομένα από το UCSC Genome Browser (δωρεάν για ακαδημαϊκή, μη κερδοσκοπική και προσωπική χρήση). Πρόκειται για τις συναρμολογήσεις και την ακατέργαστη αλληλουχία αναφοράς του προγράμματος περιήγησης γονιδιώματος — διακριτό από βάσεις δεδομένων γονιδιακής σήμανσης και πρωτεϊνικής αλληλουχίας όπως Ensembl, UniProt και ENA.

api.oanor.com/ucsc-api