#reference-genome

Ensamblajes genómicos de referencia como una API — impulsada por NCBI Assembly, el registro de construcciones genómicas para organismos en todo el árbol de la vida. Busque ensamblajes por organismo (o texto libre) y consulte los metadatos de cualquier ensamblaje: su acceso (GCF_… RefSeq o GCA_… GenBank), nombre (ej. GRCh38.p14), organismo e ID de taxón, nivel de ensamblaje (genoma completo, cromosoma, andamio o contig), estadísticas de contigüidad (N50 de contig y andamio), cobertura de secuenciación, categoría RefSeq, nombres UCSC y Ensembl, la organización que lo envió, fecha de publicación y rutas de descarga FTP. Desde el genoma de referencia humano hasta cualquier microbio, planta o animal secuenciado, convierte el registro de ensamblajes genómicos en una API limpia de búsqueda y obtención. Un registro de ensamblajes genómicos — distinto de las bases de datos de secuencias (ENA), anotación genómica (Ensembl), variantes (ClinVar, dbVar) y expresión génica (GEO). Datos abiertos de NCBI Assembly (dominio público).

api.oanor.com/genomes-api

El Navegador del Genoma UCSC como API — datos de genomas de referencia para cientos de especies, del renombrado Navegador del Genoma UCSC en UC Santa Cruz. /v1/genomes lista los más de 220 ensamblajes genómicos que UCSC aloja, cada uno con su id de ensamblaje (como hg38 para humano, mm39 para ratón, danRer11 para pez cebra), organismo, descripción y fuente de datos. /v1/chromosomes?genome=hg38 devuelve los cromosomas y secuencias de un ensamblaje con sus tamaños en pares de bases, del más grande al más pequeño. /v1/sequence?genome=hg38&chrom=chrM&start=0&end=100 recupera la secuencia de ADN cruda de cualquier región genómica (inicio basado en 0, final semiabierto; las regiones están limitadas a 100,000 bases por llamada). Los ids de ensamblaje provienen de /v1/genomes y los nombres de cromosomas se ven como chr1, chrX o chrM. Ideal para pipelines bioinformáticos, herramientas de visualización de genomas y diseño de cebadores, búsquedas de regiones y secuencias, genómica comparativa y enseñanza. Datos del Navegador del Genoma UCSC (gratuito para uso académico, sin fines de lucro y personal). Este es el ensamblaje del navegador del genoma y la secuencia de referencia cruda — distinto de las bases de datos de anotación de genes y secuencias de proteínas como Ensembl, UniProt y ENA.

api.oanor.com/ucsc-api