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API · /kegg-api

API KEGG

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La base de données moléculaires KEGG sous forme d'API, propulsée par le service REST officiel de KEGG. KEGG (l'Encyclopédie de Kyoto des Gènes et des Génomes) relie les génomes, la chimie et les maladies. Récupérez n'importe quelle entrée KEGG analysée en JSON — un composé métabolique, un groupe d'orthologie KEGG (KO), une enzyme (numéro EC), une réaction, un module, un médicament, une maladie, un glycan, un gène ou une carte de voie métabolique ; recherchez n'importe quelle base de données KEGG par nom ; listez les entrées d'une base de données ; créez des liens croisés entre les entrées des bases de données (un gène vers ses voies métaboliques, une voie métabolique vers ses composés, une enzyme vers ses réactions) ; et convertissez les identifiants KEGG vers et depuis des espaces de noms externes (NCBI Gene/Protein, UniProt, ChEBI, PubChem). Idéal pour les pipelines de biologie des systèmes et de métabolomique, le mappage d'enzymes et d'orthologie, la recherche sur les médicaments et les maladies, l'annotation gène-voie métabolique et la conversion d'identifiants bioinformatiques. Les identifiants KEGG sont préfixés par une lettre (C composé, K orthologie, D médicament, H maladie, M module, R réaction, G glycan) ou codés par organisme (hsa humain, eco E. coli).

#kegg #molecular-biology #compounds #orthology #enzymes #metabolism #bioinformatics
api.oanor.com/kegg-api
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Spécification lisible par machine afin que les agents IA puissent intégrer cette API.

/api/kegg-api/openapi.json
/api/kegg-api/llms.txt

Découverte: GET /api/index.json répertorie tous les API.

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Autres APIs avec des balises qui se chevauchent.

API Chimie

Données de composés chimiques sous forme d'API, propulsées par NIH PubChem (>100 millions de composés). Recherchez n'importe quel composé par nom commun, CID PubChem ou SMILES et obtenez sa formule moléculaire, sa masse moléculaire et exacte, son nom IUPAC, son SMILES canonique, son InChI et InChIKey, ainsi que ses propriétés physicochimiques (XLogP, TPSA, charge formelle, nombre de donneurs/accepteurs de liaisons hydrogène, liaisons rotatives, nombre d'atomes lourds). Listez les synonymes d'un composé et les noms commerciaux/enregistrés, ou résolvez un nom en CIDs PubChem. Idéal pour la chémoinformatique, les logiciels de laboratoire, l'éducation, les outils de découverte de médicaments et les pipelines de données scientifiques.

api.oanor.com/chemistry-api

API Reactome

La base de connaissances des voies de signalisation Reactome sous forme d'API — la base de données ouverte et évaluée par les pairs des voies biologiques et des réactions, propulsée par le service officiel Reactome ContentService. Recherchez dans l'archive organisée des voies, réactions et molécules ; lisez toute entité par son identifiant stable Reactome (une voie, une réaction, un complexe ou une protéine : nom, type, espèce, compartiments, résumé et indicateur de maladie) ; listez les événements (sous-voies et réactions) contenus dans une voie ; listez les molécules participant à une voie ou réaction avec leurs identifiants de référence ; obtenez les voies de premier niveau pour tout organisme modèle ; mappez une protéine UniProt aux voies auxquelles elle participe ; et listez les espèces prises en charge. Couvre l'humain et plus de 15 organismes modèles dans le métabolisme, la transduction du signal, le cycle cellulaire, le système immunitaire, les maladies et plus encore. Idéal pour les pipelines de biologie des systèmes et de bioinformatique, les outils d'enrichissement de voies et de cibles médicamenteuses, les applications de recherche biomédicale, les ressources pédagogiques et les chatbots en sciences de la vie.

api.oanor.com/reactome-api

API des assemblages de génomes

Assemblages de génomes de référence sous forme d'API — alimentée par NCBI Assembly, le registre des constructions de génomes pour les organismes de l'arbre de la vie. Recherchez des assemblages par organisme (ou texte libre) et consultez les métadonnées de tout assemblage : son accession (GCF_… RefSeq ou GCA_… GenBank), son nom (par exemple GRCh38.p14), l'organisme et l'identifiant taxonomique, le niveau d'assemblage (génome complet, chromosome, échafaudage ou contig), les statistiques de contiguïté (N50 des contigs et des échafaudages), la couverture de séquençage, la catégorie RefSeq, les noms UCSC et Ensembl, l'organisation soumettrice, la date de publication et les chemins de téléchargement FTP. Du génome de référence humain à tout microbe, plante ou animal séquencé, il transforme le registre des assemblages de génomes en une API propre de recherche et de récupération. Un registre d'assemblages de génomes — distinct des bases de données de séquences (ENA), d'annotation de génomes (Ensembl), de variants (ClinVar, dbVar) et d'expression génique (GEO). Données ouvertes de NCBI Assembly (domaine public).

api.oanor.com/genomes-api

API d'expression génique

Expériences de génomique fonctionnelle sous forme d'API — propulsée par NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), le plus grand référentiel public de données d'expression génique. GEO archive des séries d'expression et des ensembles de données organisés provenant d'expériences de puces à ADN et de séquençage à haut débit pour chaque organisme. Recherchez des expériences par mot-clé et éventuellement par organisme, et consultez toute série ou ensemble de données pour obtenir ses métadonnées : titre, résumé, type de test (profilage d'expression par puce ou par séquençage), organisme, nombre d'échantillons, plateforme et publication associée. Des études sur le stress des cellules β à la transcriptomique du cancer chez l'humain et la souris, il transforme l'archive GEO en une API simple de recherche et de récupération pour la transcriptomique, la bioinformatique et la découverte de données de recherche. Un référentiel de données d'expression génique / génomique fonctionnelle — distinct des bases de données de séquences (ENA), de variants (ClinVar, dbVar), de structures (PDB) et d'ontologies. Données ouvertes de NCBI GEO (domaine public).

api.oanor.com/geodatasets-api

Questions fréquentes

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Comment obtenir une clé API pour API KEGG ?
Inscris-toi gratuitement sur oanor.com, génère une clé API depuis le tableau de bord développeur et appelle API KEGG avec l'en-tête x-oanor-key. Aucune carte bancaire requise pour le forfait gratuit.
Quelle est la limite de débit de API KEGG ?
Le forfait gratuit permet 1 requête par seconde. Les forfaits payants montent jusqu'à 50 requêtes par seconde sur le palier Mega. Les limites strictes renvoient HTTP 429 au-delà du quota — sans frais surprises.
Combien coûte API KEGG ?
API KEGG dispose d'un forfait gratuit avec 100 appels / mois. Les forfaits payants commencent à €7.25 / mois avec des quotas plus élevés et des limites de débit plus rapides.
Puis-je résilier mon abonnement à tout moment ?
Oui. Les abonnements sont facturés mensuellement et tu peux résilier à tout moment depuis le tableau de bord de facturation. Aucun engagement à long terme ni frais de résiliation.
API KEGG est-il conforme au RGPD ?
Toutes les requêtes vers API KEGG transitent par notre passerelle européenne. Ta clé API upstream ne quitte jamais notre serveur et aucune donnée personnelle n'est partagée avec le fournisseur upstream au-delà de la requête envoyée.

Choisissez un point de terminaison dans la liste de gauche pour voir ses détails et essayez-le.

Extraits de code

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curl https://api.oanor.com/kegg-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/kegg-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/kegg-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/kegg-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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