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Redes de interacción proteína-proteína como una API — impulsada por STRING, la base de datos de asociaciones de proteínas conocidas y predichas que combina evidencia de experimentos de laboratorio, bases de datos de rutas curadas, coexpresión génica, contexto genómico y minería de texto automatizada en una sola puntuación de confianza, en miles de organismos. Obtenga los principales socios de interacción de una proteína (cada uno con la puntuación de confianza combinada y las siete subpuntuaciones de canales de evidencia), la red de interacción entre cualquier conjunto de proteínas como aristas puntuadas y el enriquecimiento funcional para un conjunto de genes: los términos GO sobrerrepresentados, las rutas KEGG, los dominios Pfam y más, cada uno con su valor p, FDR y genes miembros. Pase símbolos de genes (TP53) o identificadores STRING/Ensembl, para humanos (por defecto) o cualquier especie por ID de taxón NCBI. Es una piedra angular de la biología de sistemas — ideal para análisis de redes, genómica funcional, rutas y herramientas de bioinformática. Un recurso de redes de interacción de proteínas — distinto de las rutas biológicas (Reactome), los complejos proteicos curados (Complex Portal) y las anotaciones de ontología génica (QuickGO). Datos abiertos de STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

BioModels como API, impulsado por EMBL-EBI, el repositorio más grande del mundo de modelos matemáticos curados y publicados de sistemas biológicos. BioModels recopila modelos computacionales (principalmente en SBML, el Lenguaje de Marcado de Biología de Sistemas) de metabolismo, señalización celular, redes de regulación genética, ciclo celular, procesos de enfermedades y fisiología, cada uno vinculado a la publicación revisada por pares de la que proviene. /v1/search?query=glycolysis busca en el repositorio y devuelve el id de cada modelo coincidente (como BIOMD0000000012), nombre, formato, remitente y fechas de envío/modificación. /v1/model?id=BIOMD0000000012 devuelve los metadatos de un modelo: su nombre y descripción, el formato de codificación, el enfoque de modelado (por ejemplo, modelo de ecuaciones diferenciales ordinarias), el estado de curación, la publicación detrás de él (título, revista, año, autores) y los archivos del modelo. Los ids de los modelos se ven como BIOMD0000000012 para modelos curados o MODEL1234567890 para envíos no curados; obténgalos del endpoint de búsqueda. Ideal para herramientas de biología de sistemas y modelado computacional, flujos de trabajo de investigación reproducible y reutilización de modelos, y enseñanza. Datos de EMBL-EBI BioModels (CC0). Este es un repositorio de modelos computacionales / biología de sistemas, distinto de las bases de datos de secuencias (UniProt, ENA), estructura (PDB, AlphaFold), rutas y variantes (ClinVar).

api.oanor.com/biomodels-api

La base de datos de interacciones proteína-proteína STRING como API — la red curada y predicha de asociaciones funcionales entre proteínas, impulsada por la API oficial de STRING. Resuelve nombres de genes o proteínas a identificadores de STRING con anotaciones; obtén los principales socios de interacción de una proteína con una puntuación de confianza combinada y evidencia por canal (experimental, bases de datos curadas, coexpresión, minería de texto, fusión génica, vecindad y co-ocurrencia); construye la red de interacción entre un conjunto de proteínas como aristas con puntuación; realiza enriquecimiento funcional de un conjunto de genes sobre Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro y más con valores p y tasas de descubrimiento falso; y puntúa homología entre proteínas. Cubre más de 12,000 organismos (por defecto humano, taxón NCBI 9606). Ideal para pipelines de biología de sistemas y biología de redes, análisis de conjuntos de genes y rutas, investigación de fármacos-diana y genes de enfermedades, y paneles de bioinformática.

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La base de conocimiento de rutas de Reactome como una API — la base de datos abierta y revisada por pares de rutas y reacciones biológicas, impulsada por el Reactome ContentService oficial. Busque en el archivo curado de rutas, reacciones y moléculas; lea cualquier entidad por su ID estable de Reactome (una ruta, reacción, complejo o proteína: nombre, tipo, especie, compartimentos, resumen y bandera de enfermedad); enumere los eventos (sub-rutas y reacciones) contenidos en una ruta; enumere las moléculas que participan en una ruta o reacción con sus identificadores de referencia; obtenga las rutas de nivel superior para cualquier organismo modelo; asigne una proteína UniProt a las rutas en las que participa; y enumere las especies compatibles. Cubre humanos y más de 15 organismos modelo en metabolismo, transducción de señales, ciclo celular, sistema inmunológico, enfermedades y más. Ideal para pipelines de biología de sistemas y bioinformática, herramientas de enriquecimiento de rutas y dianas farmacológicas, aplicaciones de investigación biomédica, recursos educativos y chatbots de ciencias de la vida.

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