#systems-biology

Δίκτυα αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης-πρωτεΐνης ως API — υποστηρίζεται από το STRING, τη βάση δεδομένων γνωστών και προβλεπόμενων συσχετίσεων πρωτεϊνών που συνδυάζει στοιχεία από εργαστηριακά πειράματα, επιμελημένες βάσεις δεδομένων μονοπατιών, γονιδιακή συνεκφραση, γονιδιωματικό πλαίσιο και αυτοματοποιημένη εξόρυξη κειμένου σε μια ενιαία βαθμολογία εμπιστοσύνης, σε χιλιάδες οργανισμούς. Λάβετε τους κορυφαίους συνεργάτες αλληλεπίδρασης μιας πρωτεΐνης (καθένας με τη συνδυασμένη βαθμολογία εμπιστοσύνης και τις επτά υποβαθμολογίες καναλιών απόδειξης), το δίκτυο αλληλεπίδρασης μεταξύ οποιουδήποτε συνόλου πρωτεϊνών ως βαθμολογημένες ακμές και λειτουργικό εμπλουτισμό για ένα σύνολο γονιδίων — τους υπερ-αντιπροσωπευόμενους όρους GO, μονοπάτια KEGG, τομείς Pfam και άλλα, το καθένα με την p-τιμή, το FDR και τα μέλη γονίδιά του. Περάστε σύμβολα γονιδίων (TP53) ή αναγνωριστικά STRING/Ensembl, για άνθρωπο (προεπιλογή) ή οποιοδήποτε είδος με αναγνωριστικό ταξινομίας NCBI. Είναι ακρογωνιαίος λίθος της συστημικής βιολογίας — ιδανικό για ανάλυση δικτύων, λειτουργική γονιδιωματική, μονοπάτια και εργαλεία βιοπληροφορικής. Ένας πόρος δικτύου αλληλεπίδρασης πρωτεϊνών — διακριτός από βιολογικά μονοπάτια (Reactome), επιμελημένα σύμπλοκα πρωτεϊνών (Complex Portal) και σχολιασμούς Γονιδιακής Οντολογίας (QuickGO). Ανοιχτά δεδομένα από το STRING (CC BY 4.0).

api.oanor.com/stringdb-api

BioModels ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — το μεγαλύτερο αποθετήριο στον κόσμο επιμελημένων, δημοσιευμένων μαθηματικών μοντέλων βιολογικών συστημάτων. Το BioModels συλλέγει υπολογιστικά μοντέλα (κυρίως σε SBML, τη Γλώσσα Σήμανσης Συστημάτων Βιολογίας) μεταβολισμού, σηματοδότησης κυττάρων, γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων, κυτταρικού κύκλου, διαδικασιών ασθενειών και φυσιολογίας, το καθένα συνδεδεμένο με την αξιολογημένη από ομοτίμους δημοσίευση από την οποία προέρχεται. Το /v1/search?query=glycolysis αναζητά στο αποθετήριο και επιστρέφει κάθε ταιριαστό μοντέλο με το id του (όπως BIOMD0000000012), όνομα, μορφή, υποβολέα και ημερομηνίες υποβολής/τροποποίησης. Το /v1/model?id=BIOMD0000000012 επιστρέφει τα μεταδεδομένα ενός μοντέλου — το όνομα και την περιγραφή του, τη μορφή κωδικοποίησης, την προσέγγιση μοντελοποίησης (π.χ. μοντέλο συνήθων διαφορικών εξισώσεων), την κατάσταση επιμέλειας, τη δημοσίευση πίσω από αυτό (τίτλος, περιοδικό, έτος, συγγραφείς) και τα αρχεία μοντέλου. Τα id μοντέλων μοιάζουν με BIOMD0000000012 για επιμελημένα μοντέλα ή MODEL1234567890 για μη επιμελημένες υποβολές· λάβετε τα από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για εργαλεία συστημικής βιολογίας και υπολογιστικής μοντελοποίησης, ροές εργασίας αναπαραγώγιμης έρευνας και επαναχρησιμοποίησης μοντέλων, και διδασκαλία. Δεδομένα από EMBL-EBI BioModels (CC0). Πρόκειται για ένα αποθετήριο συστημικής βιολογίας / υπολογιστικών μοντέλων — διακριτό από βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (UniProt, ENA), δομής (PDB, AlphaFold), μονοπατιών και παραλλαγών (ClinVar).

api.oanor.com/biomodels-api

Η βάση δεδομένων αλληλεπιδράσεων πρωτεϊνών STRING ως API — το επιμελημένο και προβλεπόμενο δίκτυο λειτουργικών συσχετίσεων μεταξύ πρωτεϊνών, που υποστηρίζεται από το επίσημο STRING API. Επιλύστε ονόματα γονιδίων ή πρωτεϊνών σε αναγνωριστικά STRING με σχολιασμούς· λάβετε τους κορυφαίους συνεργάτες αλληλεπίδρασης μιας πρωτεΐνης με συνδυασμένη βαθμολογία εμπιστοσύνης και ανά κανάλι αποδείξεις (πειραματικές, επιμελημένες βάσεις δεδομένων, συνέκφραση, εξόρυξη κειμένου, γονιδιακή σύντηξη, γειτνίαση και συν-εμφάνιση)· δημιουργήστε το δίκτυο αλληλεπιδράσεων μεταξύ ενός συνόλου πρωτεϊνών ως ακμές με βαθμολογία· εκτελέστε λειτουργικό εμπλουτισμό ενός συνόλου γονιδίων σε Gene Ontology, KEGG, Reactome, Pfam, InterPro και άλλα με p-τιμές και ποσοστά ψευδούς ανακάλυψης· και βαθμολογήστε ομολογία μεταξύ πρωτεϊνών. Καλύπτει 12.000+ οργανισμούς (προεπιλογή άνθρωπος, NCBI taxon 9606). Ιδανικό για συστημική βιολογία και δίκτυα βιολογίας, ανάλυση γονιδιακών συνόλων και μονοπατιών, έρευνα φαρμακευτικών στόχων και γονιδίων ασθενειών, και πίνακες ελέγχου βιοπληροφορικής.

api.oanor.com/string-api

Η βάση γνώσεων μονοπατιών Reactome ως API — η ανοιχτή, αξιολογημένη από ομοτίμους βάση δεδομένων βιολογικών μονοπατιών και αντιδράσεων, που υποστηρίζεται από την επίσημη Υπηρεσία Περιεχομένου Reactome. Αναζητήστε την επιμελημένη συλλογή μονοπατιών, αντιδράσεων και μορίων· διαβάστε οποιαδήποτε οντότητα με το σταθερό αναγνωριστικό Reactome (ένα μονοπάτι, αντίδραση, σύμπλοκο ή πρωτεΐνη: όνομα, τύπος, είδος, διαμερίσματα, περίληψη και δείκτης ασθένειας)· λίστα γεγονότων (υπο-μονοπάτια και αντιδράσεις) που περιέχονται σε ένα μονοπάτι· λίστα μορίων που συμμετέχουν σε ένα μονοπάτι ή αντίδραση με τα αναγνωριστικά αναφοράς τους· λάβετε τα κορυφαία μονοπάτια για οποιονδήποτε οργανισμό-μοντέλο· αντιστοιχίστε μια πρωτεΐνη UniProt στα μονοπάτια στα οποία συμμετέχει· και λίστα των υποστηριζόμενων ειδών. Καλύπτει ανθρώπους και 15+ οργανισμούς-μοντέλα σε μεταβολισμό, μεταγωγή σήματος, κυτταρικό κύκλο, ανοσοποιητικό σύστημα, ασθένειες και άλλα. Ιδανικό για συστημική βιολογία και βιοπληροφορικές ροές εργασίας, εργαλεία εμπλουτισμού μονοπατιών και φαρμακευτικών στόχων, εφαρμογές βιοϊατρικής έρευνας, εκπαιδευτικούς πόρους και chatbots επιστημών ζωής.

api.oanor.com/reactome-api