#structural-biology

El Banco de Datos de Microscopía Electrónica (EMDB) como API, impulsado por EMBL-EBI — el archivo público de mapas de densidad tridimensionales de microscopía electrónica de proteínas, ácidos nucleicos y grandes complejos macromoleculares. EMDB es la contraparte de microscopía electrónica del Protein Data Bank, que alberga mapas resueltos mediante criomicroscopía electrónica de partícula única, tomografía electrónica y cristalografía electrónica, la técnica detrás de la reciente "revolución de la resolución" en biología estructural. /v1/search?q=ribosoma busca en el archivo y devuelve el ID de EMDB de cada entrada coincidente (p. ej., EMD-1010), título, método de microscopía electrónica y resolución en ångström. /v1/entry?id=EMD-1010 devuelve los metadatos de una entrada: su título, el método de EM (partícula única, tomografía, …), el estado de agregación, la resolución, la muestra biológica estudiada, palabras clave de clasificación, las fechas de depósito, publicación del mapa y última actualización, y los autores depositantes. Los IDs de EMDB tienen el formato EMD-1010, y puede pasar solo el número. Ideal para herramientas de biología estructural y criomicroscopía electrónica, aplicaciones de comparación y visualización de estructuras, y educación. Datos de EMBL-EBI EMDB (dominio público). Este es el archivo de MAPAS experimentales de microscopía electrónica — distinto de las estructuras de coordenadas atómicas (PDB), estructuras predichas (AlphaFold) y bases de datos de secuencias de proteínas (UniProt).

api.oanor.com/emdb-api

La Base de Datos de Estructuras de Proteínas AlphaFold como una API, impulsada por EMBL-EBI y Google DeepMind. AlphaFold predice la estructura tridimensional de una proteína a partir de su secuencia de aminoácidos con precisión a nivel experimental, y la base de datos ahora cubre más de 200 millones de proteínas — casi todas las secuencias en UniProt. Busca el modelo AlphaFold de cualquier proteína por su acceso UniProt y obtén su descripción de gen y proteína, organismo y longitud de secuencia, versión del modelo y fecha de creación, la métrica de confianza global, la secuencia completa de aminoácidos, y enlaces de descarga directa a la estructura predicha como mmCIF, PDB y BinaryCIF junto con la imagen y datos del gráfico de Error Alineado Predicho (PAE); y lee la cobertura estructural de una proteína — el(los) modelo(s) predicho(s) de AlphaFold y cualquier estructura vinculada con su proveedor, categoría de modelo, método y el rango de residuos de UniProt cubierto. Ideal para biología estructural, descubrimiento de fármacos y evaluación de dianas, ingeniería de proteínas, visualización molecular y enseñanza. Las proteínas se identifican por el acceso UniProt (por ejemplo P00520 o P38398). Datos de la Base de Datos AlphaFold (CC-BY 4.0). Para estructuras 3D determinadas experimentalmente, consulta la API de PDB; para secuencias de proteínas y anotación funcional, la API de UniProt; y para familias y dominios, InterPro.

api.oanor.com/alphafold-api

El Portal de Complejos como API, impulsado por EMBL-EBI — una base de datos enciclopédica curada manualmente de complejos macromoleculares estables: ensamblajes de dos o más proteínas (y a veces ácidos nucleicos, ligandos o moléculas pequeñas) que trabajan juntos como una unidad funcional única, como ribosomas, proteasomas, ARN y ADN polimerasas, el espliceosoma, complejos de la cadena respiratoria y miles más en muchas especies. Busque los complejos por palabra clave y opcionalmente por organismo, obteniendo el identificador de acceso del Portal de Complejos (CPX-…), nombre, organismo, descripción y si es predicho computacionalmente; lea el registro completo curado de un complejo, incluyendo sus nombres recomendados y sistemáticos, sinónimos, especie, función biológica, las subunidades participantes cada una con su identificador de molécula (por ejemplo, un identificador UniProt) y estequiometría, cualquier ligando y enfermedad asociados, el tipo de evidencia y referencias cruzadas a UniProt, Gene Ontology, Reactome, Wikidata y más; y obtenga solo la composición de subunidades de un complejo. Ideal para biología estructural y de sistemas, análisis de rutas y redes, investigación de función de proteínas y tuberías bioinformáticas. Los identificadores de acceso de complejos se ven como CPX-6036. Datos del Portal de Complejos de EMBL-EBI (consorcio IMEx, CC-BY). Para redes de interacción proteína-proteína, vea la API de STRING, para secuencias de proteínas UniProt, para rutas biológicas Reactome y para familias y dominios InterPro.

api.oanor.com/complexes-api

El Banco de Datos de Proteínas RCSB como una API — estructuras macromoleculares 3D de proteínas, ácidos nucleicos y complejos, impulsado por los datos y servicios de búsqueda oficiales de RCSB PDB. Obtén una entrada de estructura por su ID de PDB de 4 caracteres para su título, método experimental (rayos X, crio-EM, RMN), resolución, palabras clave, fechas de depósito y publicación, autores, cita principal y recuentos de entidades y ensamblajes; realiza búsquedas de texto completo en todo el archivo devolviendo IDs de PDB coincidentes y el recuento total de resultados; lee una entidad polimérica para su nombre de proteína o ácido nucleico, secuencia de una letra, longitud, organismo fuente, cadenas e IDs de UniProt vinculados; lee un ensamblaje biológico para su estado oligomérico, simetría y recuentos de cadenas y átomos; lista los ligandos unidos en una estructura con sus IDs de componente y nombres; y busca cualquier componente químico (ligando) por código para su fórmula, peso, SMILES e InChIKey. Ideal para herramientas de biología estructural y descubrimiento de fármacos, visores moleculares, tuberías de bioinformática, aplicaciones educativas y paneles de investigación.

api.oanor.com/pdb-api