#datasets

Πειράματα λειτουργικής γονιδιωματικής ως API — υποστηρίζεται από το NCBI GEO (Gene Expression Omnibus), το μεγαλύτερο δημόσιο αποθετήριο δεδομένων γονιδιακής έκφρασης. Το GEO αρχειοθετεί σειρές έκφρασης και επιμελημένα σύνολα δεδομένων από πειράματα μικροσυστοιχιών και αλληλούχησης υψηλής απόδοσης σε κάθε οργανισμό. Αναζητήστε πειράματα με λέξη-κλειδί και προαιρετικά με οργανισμό, και αναζητήστε οποιαδήποτε σειρά ή σύνολο δεδομένων για να λάβετε τα μεταδεδομένα του: τίτλο, περίληψη, τύπο ανάλυσης (προφίλ έκφρασης με μικροσυστοιχία ή με αλληλούχηση), οργανισμό, αριθμό δειγμάτων, πλατφόρμα και τη δημοσίευση που το υποστηρίζει. Από μελέτες στρες β-κυττάρων έως μεταγραφομική καρκίνου σε άνθρωπο και ποντίκι, μετατρέπει το αρχείο GEO σε ένα απλό API αναζήτησης και ανάκτησης για μεταγραφομική, βιοπληροφορική και ανακάλυψη ερευνητικών δεδομένων. Ένα αποθετήριο συνόλων δεδομένων γονιδιακής έκφρασης / λειτουργικής γονιδιωματικής — διακριτό από βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (ENA), παραλλαγών (ClinVar, dbVar), δομής (PDB) και οντολογιών. Ανοικτά δεδομένα από το NCBI GEO (δημόσιος τομέας).

api.oanor.com/geodatasets-api

Το DataCite ως API — το παγκόσμιο μητρώο DOIs (Ψηφιακών Αναγνωριστικών Αντικειμένων) για ερευνητικά αποτελέσματα. Ενώ το Crossref καταχωρεί DOIs για άρθρα περιοδικών, το DataCite καταχωρεί και περιγράφει DOIs για ερευνητικά δεδομένα, λογισμικό, δείγματα, διατριβές, προεκτυπώσεις, μοντέλα, εικόνες και άλλα αποτελέσματα, από αποθετήρια όπως το Zenodo, το Dryad και χιλιάδες ιδρύματα. Το /v1/search?query=climate πραγματοποιεί αναζήτηση πλήρους κειμένου στο μητρώο και μπορεί να περιοριστεί ανά τύπο πόρου (type=dataset, software, text, image, audiovisual, collection, model και άλλα), επιστρέφοντας κάθε DOI με τον τίτλο, τον τύπο, τους δημιουργούς, τον εκδότη και το έτος δημοσίευσής του. Το /v1/doi?id=10.5281/zenodo.3509134 επιστρέφει τα πλήρη μεταδεδομένα ενός μόνο DOI — τίτλο, τύπο πόρου, δημιουργούς, εκδότη, έτος δημοσίευσης, περιγραφή, θέματα, έκδοση, άδεια και ημερομηνία καταχώρισης. Τα DOIs μοιάζουν με 10.5281/zenodo.3509134 (Zenodo) ή 10.5061/dryad.xxxx (Dryad). Ιδανικό για ανακάλυψη και παραπομπή ερευνητικών δεδομένων, εργαλεία αποθετηρίων δεδομένων και διαχείρισης αναφορών, λειτουργίες παραπομπής λογισμικού και ροές εργασίας αναπαραγωγιμότητας. Τα μεταδεδομένα είναι CC0 από το DataCite. Αυτό είναι το μητρώο DOIs ερευνητικών δεδομένων και λογισμικού — διακριτό από το ευρετήριο DOIs άρθρων περιοδικών (Crossref) και από υπηρεσίες προεκτυπώσεων και ανοικτής πρόσβασης.

api.oanor.com/datacite-api

Το BioStudies ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — η βάση δεδομένων που περιέχει τις περιγραφές βιολογικών μελετών και συνδέει τα δεδομένα τους σε όλους τους πόρους του EBI, συμπεριλαμβανομένων της απεικόνισης (BioImage Archive), της λειτουργικής γονιδιωματικής (ArrayExpress), της πρωτεομικής και της βιβλιογραφίας (Europe PMC). Κάθε μελέτη έχει έναν κωδικό πρόσβασης, έναν τίτλο και μια περίληψη, τη συλλογή στην οποία ανήκει και συνδέσμους προς τα υποκείμενα δεδομένα και τις δημοσιεύσεις της. Το /v1/search?query=covid αναζητά τις μελέτες και επιστρέφει τον κωδικό πρόσβασης κάθε αντιστοιχίας (π.χ. S-EPMC8017430), τον τίτλο, τον συγγραφέα, τον τύπο μελέτης, την ημερομηνία κυκλοφορίας και τον αριθμό συνδέσμων/αρχείων. Το /v1/study?id=S-EPMC8017430 επιστρέφει τα μεταδεδομένα μιας μελέτης — τον κωδικό πρόσβασης, τη συλλογή στην οποία ανήκει (όπως EuropePMC, ArrayExpress ή BioImages), τον τίτλο, την περίληψη, την ημερομηνία κυκλοφορίας, τους συγγραφείς και τον αριθμό των συνδεδεμένων πόρων. Οι κωδικοί πρόσβασης μοιάζουν με S-EPMC8017430 ή S-BSST123· λάβετε έναν από το τελικό σημείο αναζήτησης. Ιδανικό για ανακάλυψη ερευνητικών δεδομένων, σύνδεση βιβλιογραφίας με τα υποκείμενα σύνολα δεδομένων, συστηματικές ανασκοπήσεις και εργαλεία αναπαραγωγιμότητας. Δεδομένα από το EMBL-EBI BioStudies (δημόσια). Πρόκειται για ένα ευρετήριο μεταδεδομένων μελετών και συνόλων δεδομένων — διακριτό από τις βάσεις δεδομένων αλληλουχίας (UniProt, ENA), δομής (PDB, EMDB), παραλλαγών (ClinVar) και οντολογιών.

api.oanor.com/biostudies-api

Το Hugging Face Hub ως API — το κεντρικό, ανοιχτό μητρώο μοντέλων μηχανικής μάθησης και συνόλων δεδομένων που τροφοδοτεί μεγάλο μέρος του σύγχρονου οικοσυστήματος AI. Αυτό το API μετατρέπει το δημόσιο huggingface.co Hub σε καθαρό JSON. Το /v1/models αναζητά τα μοντέλα του Hub και σας επιτρέπει να φιλτράρετε ανά εργασία (pipeline_tag — π.χ. text-generation, text-to-image, image-classification, automatic-speech-recognition, sentence-similarity) και ανά βιβλιοθήκη (transformers, diffusers, sentence-transformers, …), ταξινομημένα ανά λήψεις, likes, τελευταία τροποποίηση, ημερομηνία δημιουργίας ή βαθμολογία δημοτικότητας — κάθε μοντέλο επιστρέφεται με το id, τον συγγραφέα, την εργασία, τη βιβλιοθήκη, τον αριθμό λήψεων και likes, την άδεια χρήσης, τις ετικέτες και τις χρονικές σημάνσεις. Το /v1/model?id=google-bert/bert-base-uncased επιστρέφει τα πλήρη μεταδεδομένα ενός μοντέλου. Το /v1/datasets αναζητά σύνολα δεδομένων ML με τον ίδιο τρόπο, και το /v1/dataset?id=ILSVRC/imagenet-1k επιστρέφει τα μεταδεδομένα ενός συνόλου δεδομένων. Τα Ids είναι σε μορφή org/name (πάρτε τα από τα endpoints αναζήτησης). Ιδανικό για εργαλεία ML και MLOps, ιστότοπους ανακάλυψης και σύγκρισης μοντέλων, πίνακες κατάταξης και πίνακες ελέγχου AI, και βοηθούς AI που προτείνουν μοντέλα. Τα δεδομένα προέρχονται από το δημόσιο Hugging Face Hub (δωρεάν στη χρήση). Αυτός είναι ο κόμβος μοντέλων και συνόλων δεδομένων AI/ML — διακριτός από τα μητρώα πακέτων λογισμικού (npm, PyPI, Maven, NuGet) και τους δείκτες ακαδημαϊκών εργασιών (arXiv).

api.oanor.com/huggingface-api

Το MGnify ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — του μεγαλύτερου δωρεάν πόρου στον κόσμο για την ανάλυση και αρχειοθέτηση δεδομένων αλληλούχισης μικροβιώματος, και της αδελφής μεταγονιδιωματικής πλατφόρμας των PRIDE (πρωτεομική) και MetaboLights (μεταβολομική). Το MGnify περιέχει δεκάδες χιλιάδες δημόσιες μεταγονιδιωματικές και μεταβαρκοδικές μελέτες που καλύπτουν το ανθρώπινο εντερικό μικροβίωμα, θαλάσσια και γλυκά νερά, εδάφη, λύματα, το δομημένο περιβάλλον και κοινότητες που σχετίζονται με ξενιστές. Αναζητήστε μελέτες με λέξη-κλειδί, λαμβάνοντας τον αριθμό πρόσβασης MGnify (MGYS...), όνομα, περίληψη, βίωμα, αριθμό δειγμάτων και το πηγαίο BioProject αλληλούχισης· διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα μιας μελέτης, συμπεριλαμβανομένων του ονόματος και της περίληψής της, της ταξινόμησης βιώματος, του αριθμού δειγμάτων, του κέντρου υποβολής, της κατάστασης δημοσιότητας, της προέλευσης δεδομένων και της ημερομηνίας τελευταίας ενημέρωσης· και περιηγηθείτε στο δέντρο ταξινόμησης βιώματος τύπου GOLD — από root:Host-associated:Human:Digestive system έως root:Environmental:Aquatic:Marine — με μετρήσεις δειγμάτων και μελετών ανά βίωμα, για ανακάλυψη ανά περιβάλλον. Ιδανικό για έρευνα μικροβιώματος και περιβαλλοντικής γονιδιωματικής, επαναχρησιμοποίηση δεδομένων και μετα-ανάλυση, βιοπληροφορικές ροές εργασίας και διδασκαλία. Οι αριθμοί πρόσβασης μελετών μοιάζουν με MGYS00006862. Δεδομένα από EMBL-EBI MGnify.

api.oanor.com/mgnify-api

Η πύλη ανοικτών δεδομένων της Ευρωπαϊκής Ένωσης ως API, που υποστηρίζεται από το data.europa.eu — το επίσημο ενιαίο σημείο πρόσβασης σε περισσότερα από 1,8 εκατομμύρια ανοικτά σύνολα δεδομένων που δημοσιεύονται από τα θεσμικά όργανα της ΕΕ και συλλέγονται από τις εθνικές πύλες ανοικτών δεδομένων και των 27 κρατών μελών (συμπεριλαμβανομένων των data.gov.uk, data.gouv.fr και GovData Germany). Αναζητήστε σύνολα δεδομένων σε κάθε θέμα — ενέργεια, υγεία, μεταφορές, περιβάλλον, γεωργία, οικονομία, δικαιοσύνη και άλλα — με προαιρετικά φίλτρα ανά μορφή αρχείου και ανά χώρα δημοσίευσης, λαμβάνοντας το αναγνωριστικό κάθε συνόλου δεδομένων, τον αγγλικό τίτλο και την περιγραφή, τον εκδότη, την πύλη προέλευσης, τη χώρα, τις διαθέσιμες μορφές, τον αριθμό πόρων, την ημερομηνία τελευταίας τροποποίησης και την άδεια χρήσης· διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα ενός συνόλου δεδομένων μαζί με όλες τις λήψιμες διανομές του (τίτλος, μορφή και άμεση URL κάθε διανομής), καθώς και κατηγορίες, λέξεις-κλειδιά, γλώσσες και χρονική κάλυψη· και εξερευνήστε πτυχές ανακάλυψης για οποιοδήποτε ερώτημα — τις πιο κοινές μορφές αρχείων και τις χώρες που δημοσιεύουν αντίστοιχα σύνολα δεδομένων. Ιδανικό για δημοσιογραφία δεδομένων, εφαρμογές civic-tech και govtech, έρευνα, ανάλυση αγοράς και πολιτικής, και οποιοδήποτε εργαλείο χρειάζεται να βρει και να κατεβάσει ευρωπαϊκές πληροφορίες δημόσιου τομέα. Τα αναγνωριστικά συνόλων δεδομένων προέρχονται από τα αποτελέσματα αναζήτησης· οι τίτλοι και οι περιγραφές επιστρέφονται στα αγγλικά όπου είναι διαθέσιμα. Δεδομένα από το data.europa.eu (οι άδειες χρήσης ποικίλλουν ανά σύνολο δεδομένων· τα περισσότερα είναι CC-BY ή δημόσιος τομέας).

api.oanor.com/eudata-api

Το MetaboLights ως API, με την υποστήριξη του EMBL-EBI — το κορυφαίο ανοιχτό αποθετήριο στον κόσμο για πειράματα μεταβολομικής (φασματοσκοπία NMR και φασματομετρία μάζας) και αδελφός πόρος του PRIDE για πρωτεομική. Αναζητήστε τις δημόσιες μελέτες μεταβολομικής με λέξη-κλειδί (επιστρέφοντας τον κωδικό πρόσβασης, τον τίτλο, την περιγραφή και τον οργανισμό κάθε μελέτης)· διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα μιας μελέτης, συμπεριλαμβανομένης της περίληψης, της κατάστασης, των ημερομηνιών υποβολής και δημοσίευσης, των περιγραφικών παραγόντων σχεδιασμού της μελέτης, των πειραματικών παραγόντων, των αναλυτικών δοκιμασιών με τον τύπο μέτρησης, την τεχνολογία και την πλατφόρμα τους, των συντελεστών και των ρόλων τους, των συνδεδεμένων δημοσιεύσεων με αναγνωριστικά DOI και PubMed, των υποβαλλόντων, του αριθμού δειγμάτων, της διεύθυνσης URL λήψης FTP και της άδειας δεδομένων· επιθεωρήστε την αναλυτική ροή εργασίας — κάθε πρωτόκολλο με το όνομα, τον τύπο, την περιγραφή και τις παραμέτρους του (συλλογή δειγμάτων, εκχύλιση, χρωματογραφία, φασματοσκοπία NMR/MS, μετασχηματισμός δεδομένων και ταυτοποίηση μεταβολιτών)· και καταγράψτε τους οργανισμούς και τα μέρη οργανισμών που μελετήθηκαν με τους όρους οντολογίας τους. Ιδανικό για έρευνα μεταβολομικής και συστημικής βιολογίας, επαναχρησιμοποίηση συνόλων δεδομένων και μετα-ανάλυση, βιοπληροφορικές αγωγούς και εργαλεία που ενσωματώνουν πειραματικές αποδείξεις. Οι κωδικοί πρόσβασης μελετών μοιάζουν με MTBLS1. Δεδομένα από το EMBL-EBI MetaboLights.

api.oanor.com/metabolights-api

Το αρχείο πρωτεομικής PRIDE ως API, που υποστηρίζεται από το EMBL-EBI PRIDE Archive — το μεγαλύτερο δημόσιο αποθετήριο δεδομένων πρωτεομικής φασματομετρίας μάζας στον κόσμο και ιδρυτικό μέλος του ProteomeXchange. Αναζητήστε δημόσια πειράματα πρωτεομικής με λέξη-κλειδί (επιστρέφοντας το accession, τον τίτλο, τους οργανισμούς, τις ασθένειες και τα όργανα κάθε έργου). Διαβάστε τα πλήρη μεταδεδομένα ενός έργου, συμπεριλαμβανομένων της περιγραφής, των λέξεων-κλειδιών, των οργανισμών και των μερών οργανισμών, των οργάνων φασματομετρίας μάζας, του λογισμικού, των ταυτοποιημένων τροποποιήσεων πρωτεϊνών, των πρωτοκόλλων επεξεργασίας δειγμάτων και δεδομένων, των υποβαλλόντων, των συνεργασιών και της συνδεδεμένης δημοσίευσης (DOI και PubMed). Καταγράψτε τα αρχεία δεδομένων ενός έργου με την κατηγορία, τη μορφή, το μέγεθος και έναν άμεσο σύνδεσμο λήψης. Εξερευνήστε πτυχές — τις ασθένειες, τους οργανισμούς, τα όργανα, τους τύπους πειραμάτων, το λογισμικό και τις χώρες που εκπροσωπούνται σε αντίστοιχα έργα — για ανακάλυψη. Ιδανικό για έρευνα πρωτεομικής και συστημικής βιολογίας, επαναχρησιμοποίηση συνόλων δεδομένων και μετα-ανάλυση, βιοπληροφορικές ροές εργασίας και εργαλεία που ενσωματώνουν πειραματικά δεδομένα. Τα accessions έργων μοιάζουν με PXD000001. Δεδομένα από EMBL-EBI.

api.oanor.com/pride-api