Rfam API
Die Rfam-Datenbank nicht-codierender RNA-Familien als API, bereitgestellt von EMBL-EBI. Rfam gruppiert funktionelle RNAs, die einen gemeinsamen evolutionären Ursprung haben, in Familien, die jeweils durch ein Kovarianzmodell modelliert werden, das aus einem kuratierten Seed-Alignment und einer Sekundärstruktur erstellt wurde. Durchsuchen Sie die Familien nach Name, Beschreibung oder RNA-Typ — Riboschalter und andere cis-regulatorische Elemente, Ribozyme, microRNA-Familien, ribosomale RNAs, Transfer-RNAs, kleine nukleäre und kleine nukleoläre RNAs, lange nicht-codierende RNAs und CRISPR-Direct-Repeats — und erhalten Sie die Rfam-Accession, den Namen, die Beschreibung, den RNA-Typ und die Kuratoren jeder Familie; lesen Sie den vollständigen Eintrag einer Familie einschließlich ihrer Beschreibung, RNA-Typ-Klassifizierung, der Kuratoren, die sie erstellt haben, der Anzahl der Sequenzen in ihren vollständigen und Seed-Alignments, der Strukturquelle, des Kuratorenkommentars, des Clans (Gruppe verwandter Familien), zu dem sie gehört, und der Rfam-Version; und durchsuchen Sie die Familien nach RNA-Klasse. Ideal für RNA-Biologie, Bioinformatik-Pipelines, Annotation nicht-codierender RNAs, vergleichende Genomik und Lehre. Familien-Accessions sehen aus wie RF00005 (Transfer-RNA). Daten von EMBL-EBI Rfam. Für Proteinfamilien und -domänen siehe die InterPro API, für Proteinsequenzen UniProt, für Proteomik-Datensätze PRIDE und für Metabolomik MetaboLights.
api.oanor.com/rfam-api
