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Ontology API

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Ontologías biomédicas como API, impulsadas por el Servicio de Búsqueda de Ontologías del EBI (OLS). Busque en más de 280 ontologías seleccionadas: enfermedades (MONDO), fenotipos humanos (HP), la Ontología Génica (GO), anatomía (UBERON), tipos celulares (CL), química (ChEBI), factores experimentales (EFO), el Tesauro del NCI y muchas más — para encontrar términos por nombre; explore el catálogo completo de ontologías con versiones y recuentos de términos; lea cualquier término para obtener su definición, sinónimos exactos, ID OBO, IRI y estado de obsoleto; y recorra la jerarquía de clases a través de los padres e hijos directos de un término. Ideal para armonización y codificación de datos clínicos, búsqueda y autocompletado biomédico, enriquecimiento de grafos de conocimiento, anotación y pipelines de curación, y aplicaciones de investigación y EHR que necesiten vocabularios estándar. Los IDs OBO se ven como MONDO:0005148 o GO:0008150.

#ontology #biomedical #terminology #vocabulary #mondo #gene-ontology #reference
api.oanor.com/ontology-api
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/api/ontology-api/openapi.json
/api/ontology-api/llms.txt

Individuazione: GET /api/index.json elenca ogni API.

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OLS Ontology API

EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) jako API — jeden punkt dostępu do ponad 280 biomedycznych i naukowych ontologii oraz kontrolowanych słowników w jednym miejscu: Gene Ontology (GO), Human Disease Ontology (DOID), Human Phenotype Ontology (HP), ChEBI (jednostki chemiczne), Uberon (anatomia), Experimental Factor Ontology (EFO), Mondo, NCIt i wiele innych. /v1/search?q=diabetes wyszukuje terminy we wszystkich ontologiach (lub ogranicza do jednej za pomocą ontology=doid), zwracając etykietę, identyfikator OBO (np. DOID:9351 lub GO:0008150), ontologię, IRI oraz krótką definicję każdego dopasowania. /v1/term?ontology=doid&id=DOID:9351 zwraca szczegóły pojedynczego terminu — jego etykietę, definicję, IRI, synonimy oraz informację, czy jest przestarzały. /v1/ontologies przegląda dostępne ontologie z ich identyfikatorem, tytułem, opisem i liczbą terminów. Identyfikatory OBO wyglądają jak DOID:9351, GO:0008150, HP:0000118 lub CHEBI:15377. Idealne do biomedycznego przetwarzania języka naturalnego, adnotacji i harmonizacji danych, autouzupełniania terminologii naukowej oraz narzędzi semantycznych i grafów wiedzy. Dane z EMBL-EBI OLS (otwarte). Jest to ogólne wyszukiwanie ontologii/kontrolowanych słowników obejmujące wiele dziedzin — szersze niż pojedynczy tezaurus medyczny, taki jak MeSH.

api.oanor.com/ols-api

MeSH API

Medical Subject Headings (MeSH) como API, alimentado pelo serviço oficial MeSH RDF da U.S. National Library of Medicine. MeSH é o vocabulário controlado autoritativo da NLM usado para indexar a literatura biomédica no PubMed — um tesauro curado de doenças, anatomia, produtos químicos e drogas, organismos, psiquiatria e psicologia, técnicas analíticas e diagnósticas, assistência médica e muito mais. Cada conceito é um "descritor" com um ID único estável (ex. D003920), um nome preferido, um conjunto de termos de entrada (sinônimos e variantes leigas) e uma lista de qualificadores permitidos (subcabeçalhos como farmacoterapia, diagnóstico ou epidemiologia). /v1/search?q=diabetes pesquisa descritores pelo nome preferido (correspondência=contém, exato ou começa com) e retorna o ID e rótulo de cada descritor. /v1/term?q=heart attack resolve um termo leigo ou sinônimo para o(s) descritor(es) MeSH ao(s) qual(is) pertence, então a linguagem coloquial mapeia para o vocabulário controlado (heart attack para Myocardial Infarction). /v1/descriptor?id=D003920 retorna o registro completo de um descritor — seu nome preferido, todos os termos de entrada (sinônimos), os qualificadores permitidos e referências cruzadas veja-também, com um link para o navegador MeSH. Ideal para processamento de linguagem natural biomédica e mineração de texto, etiquetagem e indexação de literatura, construção de ferramentas de busca clínica e de pesquisa, preenchimento automático sobre terminologia médica e mapeamento de texto livre para uma ontologia padrão. Dados do NLM MeSH (domínio público). Para nomenclatura clínica e interações específicas de drogas, veja a API RxNorm.

api.oanor.com/mesh-api

Cellosaurus API

Cellosaurus como API, impulsado por el SIB Instituto Suizo de Bioinformática — la enciclopedia de referencia de líneas celulares utilizadas en investigación biomédica. Con más de 150,000 entradas que abarcan líneas celulares cancerosas, hibridomas, células madre pluripotentes inducidas y líneas de cientos de especies, Cellosaurus es el catálogo autorizado que los investigadores utilizan para identificar y validar las líneas celulares detrás de experimentos publicados. Busque líneas celulares por nombre o palabra clave, obteniendo el accession de Cellosaurus de cada línea (CVCL_…), nombre, categoría, especie y enfermedad; y lea el registro completo de una línea celular: su nombre y sinónimos, categoría (por ejemplo, línea celular cancerosa, hibridoma, célula madre), especie con ID de taxonomía de NCBI, sexo, edad, la enfermedad de la que deriva con identificadores de ontología NCIt, el tejido o sitio anatómico de origen, su línea celular parental y el número de líneas hijas derivadas, el número de referencias bibliográficas y las múltiples referencias cruzadas (a ATCC, DSMZ, ECACC, Wikidata y más), páginas web relevantes y — críticamente para la reproducibilidad de la investigación — si la línea está marcada como PROBLEMÁTICA, lo que significa que ha sido mal identificada o contaminada cruzadamente, junto con las notas explicativas. Ideal para control de calidad en laboratorio y autenticación de líneas celulares, investigación biomédica y oncológica, curación de datos y comprobaciones de reproducibilidad. Los accessions se ven como CVCL_0030 (HeLa). Datos de Cellosaurus (CC-BY 4.0).

api.oanor.com/cellosaurus-api

Europe PMC API

Europe PMC como API, alimentado por EMBL-EBI — un repositorio abierto de literatura biomédica y de ciencias de la vida que cubre más de 45 millones de resúmenes y más de 9 millones de artículos a texto completo extraídos de PubMed, PubMed Central, servidores de preprints (bioRxiv y medRxiv), patentes y Agricola. Busque en la literatura con una rica sintaxis de campos (por autor, título, revista, término MeSH, año de publicación o estado de acceso abierto), ordenando los resultados por relevancia, fecha o número de citas, y opcionalmente restringiendo solo a preprints; lea los metadatos completos y el resumen de un artículo — sus autores, revista, volumen y páginas, DOI, identificadores de PubMed y PMC, términos MeSH, palabras clave, subvenciones de financiación y enlaces al texto completo gratuito; y recorra la red de citas en ambas direcciones: los artículos que citan un trabajo dado y los trabajos que ese mismo artículo referencia. Juntos, estos le permiten medir el impacto académico, construir gráficos de citas, rastrear un tema de investigación a través de preprints y artículos revisados por pares, y alimentar evidencia en herramientas bibliométricas, de revisión sistemática y de inteligencia de investigación. Los identificadores de artículos son IDs de PubMed (numéricos), IDs de PMC (PMC…) o IDs de preprint (PPR…); la fuente predeterminada es PubMed (MED). Datos de EMBL-EBI Europe PMC.

api.oanor.com/europepmc-api

Domande frequenti

Risposte rapide su prezzi, quote e integrazione.

Come ottengo una chiave API per Ontology API?
Registrati gratuitamente su oanor.com, genera una chiave API dalla dashboard sviluppatore e chiama Ontology API con l'header x-oanor-key. Nessuna carta di credito richiesta per il piano gratuito.
Qual è il limite di velocità di Ontology API?
Il piano gratuito consente 1 richiesta al secondo. I piani a pagamento arrivano fino a 50 richieste al secondo nel piano Mega. I limiti rigorosi restituiscono HTTP 429 oltre la quota — nessuna spesa imprevista.
Quanto costa Ontology API?
Ontology API ha un piano gratuito con 100 chiamate / mese. I piani a pagamento partono da €6.80 / mese con quote più alte e limiti di velocità più rapidi.
Posso cancellare l'abbonamento in qualsiasi momento?
Sì. I piani sono fatturati mensilmente e puoi cancellare in qualsiasi momento dalla dashboard di fatturazione. Nessun contratto a lungo termine e nessuna penale di cancellazione.
Ontology API è conforme al GDPR?
Tutte le richieste a Ontology API passano attraverso il nostro gateway in UE. La tua chiave upstream non lascia mai il nostro server e nessun dato personale viene condiviso con il fornitore upstream oltre alla richiesta inviata.

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curl https://api.oanor.com/ontology-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/ontology-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/ontology-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/ontology-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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