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BioStudies API

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BioStudies as an API, powered by EMBL-EBI — the database that holds the descriptions of biological studies and links their data together across EBI resources, including imaging (BioImage Archive), functional genomics (ArrayExpress), proteomics, and the literature (Europe PMC). Each study has an accession, a title and abstract, the collection it belongs to and links to its underlying data and publications. /v1/search?query=covid searches the studies and returns each match's accession (e.g. S-EPMC8017430), title, author, study type, release date and link/file counts. /v1/study?id=S-EPMC8017430 returns a study's metadata — its accession, the collection it belongs to (such as EuropePMC, ArrayExpress or BioImages), title, abstract, release date, authors and the number of linked resources. Accessions look like S-EPMC8017430 or S-BSST123; get one from the search endpoint. Ideal for research-data discovery, linking literature to its underlying datasets, systematic reviews and reproducibility tooling. Data from EMBL-EBI BioStudies (public). This is a studies and datasets metadata index — distinct from the sequence (UniProt, ENA), structure (PDB, EMDB), variant (ClinVar) and ontology databases.

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DataCite API

DataCite como API — el registro global de DOIs (Identificadores de Objetos Digitales) para resultados de investigación. Mientras que Crossref registra DOIs para artículos de revistas, DataCite registra y describe DOIs para datos de investigación, software, muestras, tesis, preprints, modelos, imágenes y otros resultados, de repositorios como Zenodo, Dryad y miles de instituciones. /v1/search?query=climate realiza búsquedas de texto completo en el registro y se puede acotar por tipo de recurso (type=dataset, software, text, image, audiovisual, collection, model y más), devolviendo cada DOI con su título, tipo, creadores, editorial y año de publicación. /v1/doi?id=10.5281/zenodo.3509134 devuelve los metadatos completos de un solo DOI: título, tipo de recurso, creadores, editorial, año de publicación, descripción, materias, versión, licencia y fecha de registro. Los DOIs tienen el formato 10.5281/zenodo.3509134 (Zenodo) o 10.5061/dryad.xxxx (Dryad). Ideal para herramientas de descubrimiento y citación de datos de investigación, repositorios de datos y gestión de referencias, funciones de citación de software y flujos de trabajo de reproducibilidad. Los metadatos son CC0 de DataCite. Este es el registro de DOIs de datos de investigación y software — distinto del índice de DOIs de artículos de revistas (Crossref) y de los servicios de preprints y acceso abierto.

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BioSamples API

BioSamples como API, impulsado por EMBL-EBI — la base de datos que almacena y vincula los metadatos de muestras biológicas, los especímenes físicos detrás de los experimentos biológicos. Una muestra en BioSamples lleva un acceso estable (como SAMEA3231268) y un rico conjunto de características — organismo, tejido o parte del organismo, tipo celular, sexo, enfermedad, etapa de desarrollo, cepa y cualquier atributo proporcionado por el remitente — y es referenciada por otros archivos de EBI, incluidos el Archivo Europeo de Nucleótidos (ENA), ArrayExpress y PRIDE. /v1/search?q=liver busca muestras por texto libre y devuelve el acceso, nombre, organismo y fecha de publicación de cada coincidencia. /v1/sample?id=SAMEA3231268 devuelve los metadatos de una muestra — su acceso, nombre, ID de taxón NCBI, organismo, fechas de publicación y actualización, el número de relaciones con otras muestras, y sus características aplanadas en un mapa limpio clave→valor. Los accesos tienen el formato SAMEA…, SAMN… o SAMD…; obtenga uno desde el endpoint de búsqueda. Ideal para integración de datos en ciencias de la vida, seguimiento de muestras, armonización de metadatos y vinculación de datos de secuenciación o expresión con su espécimen fuente. Datos de EMBL-EBI BioSamples (público). Este es un registro de metadatos de muestras biológicas — distinto de las bases de datos de estudios (BioStudies), secuencias (ENA), variantes (ClinVar) y estructuras.

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EMDB API

The Electron Microscopy Data Bank (EMDB) as an API, powered by EMBL-EBI — the public archive of three-dimensional electron-microscopy density maps of proteins, nucleic acids and large macromolecular complexes. EMDB is the electron-microscopy counterpart of the Protein Data Bank, holding maps solved by single-particle cryo-EM, electron tomography and electron crystallography, the technique behind the recent "resolution revolution" in structural biology. /v1/search?q=ribosome searches the archive and returns each matching entry's EMDB id (e.g. EMD-1010), title, electron-microscopy method and resolution in ångström. /v1/entry?id=EMD-1010 returns an entry's metadata — its title, the EM method (single particle, tomography, …), the aggregation state, the resolution, the biological sample studied, classification keywords, the deposition, map-release and last-update dates, and the depositing authors. EMDB ids look like EMD-1010, and you may pass just the number. Ideal for structural-biology and cryo-EM tools, structure-comparison and visualisation apps, and education. Data from EMBL-EBI EMDB (public domain). This is the archive of experimental electron-microscopy MAPS — distinct from atomic-coordinate structures (the PDB), predicted structures (AlphaFold) and protein-sequence databases (UniProt).

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BioModels API

BioModels como API, impulsado por EMBL-EBI — el repositorio más grande del mundo de modelos matemáticos curados y publicados de sistemas biológicos. BioModels recopila modelos computacionales (principalmente en SBML, el Lenguaje de Marcado de Biología de Sistemas) de metabolismo, señalización celular, redes de regulación genética, ciclo celular, procesos de enfermedades y fisiología, cada uno vinculado a la publicación revisada por pares de la que proviene. /v1/search?query=glycolysis busca en el repositorio y devuelve el id de cada modelo coincidente (como BIOMD0000000012), nombre, formato, remitente y fechas de envío/modificación. /v1/model?id=BIOMD0000000012 devuelve los metadatos de un modelo: su nombre y descripción, el formato de codificación, el enfoque de modelado (por ejemplo, modelo de ecuaciones diferenciales ordinarias), el estado de curación, la publicación detrás (título, revista, año, autores) y los archivos del modelo. Los ids de modelo se ven como BIOMD0000000012 para modelos curados o MODEL1234567890 para envíos no curados; obténgalos del endpoint de búsqueda. Ideal para herramientas de biología de sistemas y modelado computacional, flujos de trabajo de investigación reproducible y reutilización de modelos, y enseñanza. Datos de EMBL-EBI BioModels (CC0). Este es un repositorio de modelos computacionales / biología de sistemas — distinto de las bases de datos de secuencias (UniProt, ENA), estructuras (PDB, AlphaFold), rutas y variantes (ClinVar).

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Domande frequenti

Risposte rapide su prezzi, quote e integrazione.

Come ottengo una chiave API per BioStudies API?
Registrati gratuitamente su oanor.com, genera una chiave API dalla dashboard sviluppatore e chiama BioStudies API con l'header x-oanor-key. Nessuna carta di credito richiesta per il piano gratuito.
Qual è il limite di velocità di BioStudies API?
Il piano gratuito consente 1 richiesta al secondo. I piani a pagamento arrivano fino a 50 richieste al secondo nel piano Mega. I limiti rigorosi restituiscono HTTP 429 oltre la quota — nessuna spesa imprevista.
Quanto costa BioStudies API?
BioStudies API ha un piano gratuito con 100 chiamate / mese. I piani a pagamento partono da €6.00 / mese con quote più alte e limiti di velocità più rapidi.
Posso cancellare l'abbonamento in qualsiasi momento?
Sì. I piani sono fatturati mensilmente e puoi cancellare in qualsiasi momento dalla dashboard di fatturazione. Nessun contratto a lungo termine e nessuna penale di cancellazione.
BioStudies API è conforme al GDPR?
Tutte le richieste a BioStudies API passano attraverso il nostro gateway in UE. La tua chiave upstream non lascia mai il nostro server e nessun dato personale viene condiviso con il fornitore upstream oltre alla richiesta inviata.

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curl https://api.oanor.com/biostudies-api/SOME_PATH \
  -H "x-oanor-key: oanor_test_..."
const res = await fetch("https://api.oanor.com/biostudies-api/SOME_PATH", {
  headers: { "x-oanor-key": "oanor_test_..." }
});
const data = await res.json();
$ch = curl_init("https://api.oanor.com/biostudies-api/SOME_PATH");
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, true);
curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, ["x-oanor-key: oanor_test_..."]);
$response = curl_exec($ch);
import requests
r = requests.get(
    "https://api.oanor.com/biostudies-api/SOME_PATH",
    headers={"x-oanor-key": "oanor_test_..."},
)
print(r.json())

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