#proteomics

L'archive protéomique PRIDE sous forme d'API, propulsée par l'archive PRIDE de l'EMBL-EBI — le plus grand dépôt public mondial de données de protéomique par spectrométrie de masse et membre fondateur de ProteomeXchange. Recherchez les expériences protéomiques publiques par mot-clé (renvoyant l'accession, le titre, les organismes, les maladies et les instruments de chaque projet) ; lisez les métadonnées complètes d'un projet, y compris sa description, ses mots-clés, ses organismes et parties d'organismes, ses instruments de spectrométrie de masse, ses logiciels, les modifications protéiques identifiées, les protocoles de traitement des échantillons et des données, les soumetteurs, les affiliations et la publication liée (DOI et PubMed) ; listez les fichiers de données d'un projet avec leur catégorie, format, taille et un lien de téléchargement direct ; et explorez les facettes — les maladies, organismes, instruments, types d'expériences, logiciels et pays représentés parmi les projets correspondants — pour la découverte. Idéal pour la recherche en protéomique et en biologie des systèmes, la réutilisation d'ensembles de données et la méta-analyse, les pipelines bioinformatiques et les outils intégrant des preuves expérimentales. Les accessions de projet ressemblent à PXD000001. Données de l'EMBL-EBI.

api.oanor.com/pride-api

La base de connaissances protéiques UniProt sous forme d'API, propulsée par le service REST officiel d'UniProt, organisé par EMBL-EBI, SIB et PIR. Recherchez n'importe quelle protéine par son accession UniProt pour obtenir les noms de protéines et de gènes, l'organisme, la longueur, la masse, la fonction, les mots-clés, les termes Gene Ontology (GO) et les structures 3D PDB liées ; effectuez des recherches en texte intégral de protéines filtrées par organisme (identifiant taxonomique NCBI) et par statut de révision Swiss-Prot ; récupérez les séquences d'acides aminés avec FASTA, le poids moléculaire et la somme de contrôle CRC64 ; listez les caractéristiques de séquence telles que les peptides signaux, les chaînes, les domaines, les sites actifs et de liaison, les résidus modifiés et les variants naturels, avec une répartition par type ; résolvez les nœuds de taxonomie NCBI avec leur lignée complète ; et extrayez les protéomes de référence avec les comptes de protéines et les identifiants d'assemblage du génome. Dans tous les règnes du vivant, de l'humain aux bactéries. Idéal pour les pipelines bioinformatiques, les outils de découverte de médicaments et de protéomique, les tableaux de bord d'analyse de séquences, les applications de recherche académique et les chatbots en sciences de la vie.

api.oanor.com/uniprot-api