#genome

Le navigateur de génome UCSC en tant qu'API — données de génome de référence pour des centaines d'espèces, du célèbre navigateur de génome UCSC à l'Université de Californie à Santa Cruz. /v1/genomes répertorie les 220+ assemblages de génome hébergés par UCSC, chacun avec son identifiant d'assemblage (tel que hg38 pour l'humain, mm39 pour la souris, danRer11 pour le poisson zèbre), organisme, description et source de données. /v1/chromosomes?genome=hg38 retourne les chromosomes et séquences d'un assemblage avec leurs tailles en paires de bases, du plus grand au plus petit. /v1/sequence?genome=hg38&chrom=chrM&start=0&end=100 récupère la séquence brute d'ADN de toute région génomique (début basé sur 0, fin demi-ouverte ; les régions sont limitées à 100 000 bases par appel). Les identifiants d'assemblage proviennent de /v1/genomes et les noms de chromosomes ressemblent à chr1, chrX ou chrM. Idéal pour les pipelines bioinformatiques, les outils de visualisation de génome et de conception d'amorces, les recherches de régions et de séquences, la génomique comparative et l'enseignement. Données du navigateur de génome UCSC (gratuit pour usage académique, à but non lucratif et personnel). Il s'agit des assemblages et de la séquence de référence brute du navigateur de génome — distinct des bases de données d'annotation de gènes et de séquences protéiques telles qu'Ensembl, UniProt et ENA.

api.oanor.com/ucsc-api